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猪卵巢全转录组基因调控网络构建及关键分子互作机制研究

发布时间:2021-06-29 00:50
  母猪繁殖力是养猪业最重要的经济参数之一,直接决定着猪场的盈利水平,然而种群个体之间的繁殖效率存在很大差异,提高母猪繁殖效率是育种者和生产者孜孜以求的目标。猪的繁殖调控是一个十分复杂的过程,涉及到多个组织器官的调控。卵巢的主要功能是产生卵子、合成并分泌卵巢激素,卵巢上卵泡的发生、排卵、黄体形成以及消退呈周期变化,因而作为最重要的生殖器官对调节猪的繁殖过程有着不可替代的作用。目前研究已证实,非编码RNA(lncRNA、circRNA和miRNA)在哺乳动物卵巢发育过程中发挥着重要作用。尽管先前的研究报道了猪卵巢组织中miRNA表达谱,但关于猪卵巢组织非编码RNAs(ncRNAs)所介导的繁殖调控的研究还比较匮乏。本研究以黄体期(Luteal phase,L)和卵泡期(Follicular phase,F)的高产仔数(High,H)和低产仔数(Low,L)大白母猪为研究对象,基于RNA-seq和small RNA-seq技术,旨在获取不同时期高产和低产大白猪卵巢组织的全转录组表达谱数据,挖掘调控繁殖力的关键基因,并采用双荧光素酶报告系统、过表达、RNA干扰、Western Blot等技术深入... 

【文章来源】:河北农业大学河北省

【文章页数】:171 页

【学位级别】:博士

【部分图文】:

猪卵巢全转录组基因调控网络构建及关键分子互作机制研究


图2-1?circRNA形成示意图??

凝胶电泳,样品,样本,卵巢


果与分析??3.1卵巢组织总RNA质量检测??采集了黄体期(L)和卵泡期(F)的高(H)和低产仔数(L)大白母猪的卵巢组织共16个样??品,其中LH1、LH2、LH3和LH4分别代表LH组四个样本;LL1、LL2、LL3和LL4分别代表??LL组四个样本:FHl、FH2、FH3和FH4分别代表FH组四个样本;FL1、FL2、FL3和FL4分??别代表FL组四个样本。采用TRZol法分别提取总RNA,并利用1%琼脂糖凝胶电泳对其进行检??测,结果显示每个样本的总RNA条带清晰,无拖尾(图3-丨和3-2),即总RNA无降解现象。??M?1?2?3?4?5?6?7?8??注:M:?DNAMarker2000:卜4:?LH?组?RNA?样品:5?8:?LL?组?RNA?样品??Note:?M:?DNA?Marker?2000;?1?'4:?RNA?samples?for?LH?group;?5^8:?RNA?samples?for?LL?group??图3-1?RNA样品凝胶电泳图??Figure?3-1?The?electrophoretogram?of?total?RNA??注:M:?DNA?Marker?2000;卜4:?FH?组?RNA?样品;5?8:?FL?组?RNA?样品??Note:?M:?DNA?Marker?2000:?1??4:?RNA?samples?for?FH?group:?5?8:?RNA?samples?for?FL?group??图3-2?RNA样品凝胶电泳图??Figure?3-2?The?electrophoretogram?of?total?RNA??利用Nanodrop?2000检测各样品总R

分布图,测序,碱基,序列


AJe^?AuU8SiM?m?n?jU^V?nMeCVp??FIJI?FH2?FH3?FIf4??i|?s?案?|??<?||?.宝?|?,.??A?If....??、.?.:?...■:"?.二…?气,..?^?r..????■■二二'??-??".'-??F1.1?FL2?FL4??-I??|?4?-|???i??|?s;??:.'???\?■?■■■' ̄ ̄、?■,?????-?????.V...??图3-4测序序列中碱基分布图??Figure?3-4?Base?distributions?of?sequencing?reads??3_2.2?miRNA-seq测序数据分析??1)原始数据质控??从16个卵巢组织miRNAs测序文库中共获得了?433,792,963个raw?reads。原始数据经过滤后??约74.75%?88.31%的clean?reads被保留下来,其中每个样品的详细信息见表3-3。此外,由表3-3??可见,16个样品中Q20均大于98%,Q30均大于97%,GC含量介于43.73%?49.35%之间。以??上分析结果均表明测序数据优良,可以满足后续分析。??表3-3?miRNAs文库测序数据信息??Table?3-3?Summary?of?sequencing?data?from?miRNAs?library??样品?过滤后reads?过滤后碱基?GC含量(%)?长度(bp)??Q20?(%)?Q30?(%)??Sample?Clean?reads?Clean?bases?GC?content/%?Leng

【参考文献】:
硕士论文
[1]lncRNA和miRNA在奶牛乳品质调控中的作用[D]. 王学辉.东北农业大学 2017



本文编号:3255379

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