绵羊痘病毒与山羊痘病毒感染细胞的转录组和蛋白组差异及K3L在羊痘病毒宿主范围差异中的作用研究
发布时间：2021-11-16 23:06
山羊痘病毒属（CPV）病毒是重要的动物痘病毒之一,其成员包括绵羊痘病毒（SPV）、山羊痘病毒（GPV）和牛的结节性疹病毒（LSDV）。在自然状态下,GPV可感染绵羊和山羊,大多数SPV毒株仅感染绵羊,LSDV仅感染牛,三者间的宿主范围差异机制目前尚不清楚。本研究以Vero细胞为模型,以高通量转录组测序技术和SILAC结合MS/MS定量蛋白组技术为手段,从宿主角度系统地分析SPV和GPV感染后Vero细胞的转录组和蛋白组差异。然后从病毒角度,通过分子生物学试验和生物信息学技术,分析SPV感染对宿主PKR信号通路的影响,以及K3L在SPV和GPV宿主范围差异中的作用。主要研究结果如下:1.采用Affymetrix全转录本表达谱芯片,开展SPV与GPV感染Vero细胞后细胞的转录本表达谱芯片的分析。在总共45763个分子被测到信号中,GPV与SPV在感染早期均引起细胞转录组发生了明显的变化,但是二者之间引起的细胞转录组差异并不明显。与阴性对照组相比,病毒感染组差异分子的信号有明显的不同,而且感染后随着时间的增加差异分子逐渐增多。GPV感染组和SPV感染组差异分子之间也有不同,并随着感染时间的...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：159 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
GPV和SPV在Vero细胞中的病毒感染动力学Figure2.1.ViralinfectionkineticsofGPVandSPVinVerocells用GPV和SPV感染Vero细胞，MOI=1，感染后不同时间进行显微镜观察细胞病变情况
科学院博士学位论文 第二章 SPV 与 GPV 感染 Vero 细胞的转录NA 提取及检测别在感染后 24 h、48 h、72 h 和 96 h 用预冷的 PBS 洗涤细胞后，加入 TRIzol 进入解并收集全细胞提取 RNA，通过测定所提取的 RNA 的浓度并进行甲醛变性胶电完整性。结果（表 2.13）显示所测得到的全部样品的 RNA 总量均大于 10 μg，可试验的求；RNA 纯度显示 A260/280≥1.90，也达到了试验的要求。经甲醛变性胶（图 2.2）表明，提取的 RNA 样品的电泳条带清晰，28 S 和 18 S rRNA 的条带亮度近 2：1，说明 RNA 的质量达到了表达谱芯片试验的要求，可进行下一步试验。
国农业科学院博士学位论文 第二章 SPV 与 GPV 感染 Vero2.3.3 SPV 感染宿主转录组变化经对 SPV 感染后细胞的转录组信息分析发现，总共有 45763 个分子被测到组 C24 相比，在 24h 时感染组上调（≥2 倍）的分子 235 个，下调（≤0.5 倍见附表 1）。45763 个被测到信号的分子中，所有样品的信号值归一化后进行了聚类分析示，与对照组相比，差异分子感染组的信号与对照组有明显的不同，而且随着呈明显变化。经对 SPV 感染后的细胞的转录组信息分析发现，与对照组 C24 相比，24h子 235 个，下调（≤0.5 倍）的分子 242 个；48h 上调（≥2 倍）的分子 683）的分子 1073 个；72h 上调（≥2 倍）的分子 1051 个，下调（≤0.5 倍）的些分子进行信号散点图分析（图 2.4）也发现，与 C24 相比，SPV 感染后随着子逐渐增多。
【参考文献】：
硕士论文
[1]PKR抗羊痘病毒作用及与K3L蛋白作用关系的研究[D]. 吴娜.中国农业科学院 2016
本文编号：3499736
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：159 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
GPV和SPV在Vero细胞中的病毒感染动力学Figure2.1.ViralinfectionkineticsofGPVandSPVinVerocells用GPV和SPV感染Vero细胞，MOI=1，感染后不同时间进行显微镜观察细胞病变情况
科学院博士学位论文 第二章 SPV 与 GPV 感染 Vero 细胞的转录NA 提取及检测别在感染后 24 h、48 h、72 h 和 96 h 用预冷的 PBS 洗涤细胞后，加入 TRIzol 进入解并收集全细胞提取 RNA，通过测定所提取的 RNA 的浓度并进行甲醛变性胶电完整性。结果（表 2.13）显示所测得到的全部样品的 RNA 总量均大于 10 μg，可试验的求；RNA 纯度显示 A260/280≥1.90，也达到了试验的要求。经甲醛变性胶（图 2.2）表明，提取的 RNA 样品的电泳条带清晰，28 S 和 18 S rRNA 的条带亮度近 2：1，说明 RNA 的质量达到了表达谱芯片试验的要求，可进行下一步试验。
国农业科学院博士学位论文 第二章 SPV 与 GPV 感染 Vero2.3.3 SPV 感染宿主转录组变化经对 SPV 感染后细胞的转录组信息分析发现，总共有 45763 个分子被测到组 C24 相比，在 24h 时感染组上调（≥2 倍）的分子 235 个，下调（≤0.5 倍见附表 1）。45763 个被测到信号的分子中，所有样品的信号值归一化后进行了聚类分析示，与对照组相比，差异分子感染组的信号与对照组有明显的不同，而且随着呈明显变化。经对 SPV 感染后的细胞的转录组信息分析发现，与对照组 C24 相比，24h子 235 个，下调（≤0.5 倍）的分子 242 个；48h 上调（≥2 倍）的分子 683）的分子 1073 个；72h 上调（≥2 倍）的分子 1051 个，下调（≤0.5 倍）的些分子进行信号散点图分析（图 2.4）也发现，与 C24 相比，SPV 感染后随着子逐渐增多。
【参考文献】：
硕士论文
[1]PKR抗羊痘病毒作用及与K3L蛋白作用关系的研究[D]. 吴娜.中国农业科学院 2016
本文编号：3499736
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/3499736.html
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