基于重测序揭示猪基因组中的选择信号

发布时间：2023-08-11 17:13

　　自9,000年前野猪被人类驯化,在不同的自然和人工的选择条件下,全世界范围内形成了 300多个具有不同特性的猪种。相较于野猪群体,家猪在耐热/冷性、疾病抗性、繁殖、毛色、体型等性状有较大差异。这些差异可能是在野猪进化及驯化过程中,由于选择的作用而成。这种选择会在基因组上留下明显的特征,即选择信号。检测驯养动物的选择信号对于阐明自然和人类技术在进化过程中的参与及二者共同影响现代动物基因组、进而为改善家畜育种提供很重要的基础。皖南黑猪作为中国地方猪种在安徽南部经历了长期的选择育种,以繁殖、抗逆性和耐粗饲方面特点著名,同时,尤卡坦微型猪(YMP)是一种天然的小型品种,在炎热干旱的尤卡坦半岛驯化,具有温和,智能,抗病,相对缺乏气味等特点。尤卡坦猪作为医学模型在世界范围内广泛应用,本研究旨在通过对这两个猪种的遗传变异检测进而探讨其种质特性的遗传基础。皖南黑猪全基因组遗传变异及选择信号检测:20头皖南黑猪共得到501.52G原始数据,平均每个个体测序深度达到9.43X,平均基因组覆盖度达到84.74%。通过联合两种提取遗传变异的软件(GATK和Samtools)在全基因组范围内共检测到21M SN...

【文章页数】：112 页

【学位级别】：博士

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致谢
摘要
ABSTRACT
缩略词表
第一章 文献综述
    1.1 猪的起源及驯化
    1.2 测序发展史
        1.2.1 第一代测序技术
        1.2.2 第二代测序技术
        1.2.3 第三代测序技术
    1.3 选择和选择信号
    1.4 选择信号检测方法及影响因素
        1.4.1 基于单点频率的方法
        1.4.2 基于群体分化的方法
        1.4.3 基于连锁不平衡的方法
    1.5 选择信号的研究进展
    1.6 本研究的目的与意义
第二章 皖南黑猪群体遗传结构和选择信号分析
    2.1 前言
    2.2 实验材料
        2.2.1 试验动物伦理及道德说明
        2.2.2 试验样本及采集
        2.2.3 主要仪器、软件、数据库和网站
    2.3 试验方法
        2.3.1 DNA提取
        2.3.2 DNA浓度和纯度检测
        2.3.3 DNA文库构建与测序
        2.3.4 基因组内遗传变异检测
        2.3.5 群体遗传学分析
    2.4 结果分析
        2.4.1 皖南黑猪DNA质量与浓度
        2.4.2 测序数据及遗传变异
        2.4.3 群体结构
        2.4.4 选择信号
    2.5 讨论
        2.5.1 试验群体的选择
        2.5.2 试验策略的选择
        2.5.3 选择信号分析
    2.6 小结
第三章 尤卡坦猪X染色体的选择信号研究
    3.1 前言
    3.2 材料方法
        3.2.1 数据来源
        3.2.2 数据处理
        3.2.3 结果分析
    3.3 讨论
        3.3.1 试验群体的选择
        3.3.2 试验策略的选择
        3.3.3 选择信号分析
    3.4 小结
全文结论
参考文献
附录
    附表
个人简介



本文编号：3841437