基于二代测序的Lynch综合征遗传谱系研究

发布时间：2018-05-31 05:41

  本文选题：Lynch综合征 + 二代测序　； 参考：《北京协和医学院》2017年博士论文

【摘要】：研究背景Lynch综合征(Lynch综合征)又称遗传性非息肉性结直肠癌(HNPCC),是遗传性结直肠癌常见的易感综合征,主要由错配修复基因MMR(Mismatch Repair:MLH1,MSH2,MSH6和PMS2)的生殖细胞突变导致,其中MLH1和MSH2基因突变占90%,同时导致肿瘤组织微卫星不稳定性(MSI)。Lynch综合征会显著增加结直肠癌的患病风险,且多发生在右半结肠,同时增加子宫、卵巢、胃、小肠等肿瘤的患病风险。除此之外,Lynch综合征有一种亚型为家族性结直肠癌X型(FCCTX),临床上符合Lynch综合征诊断,但不存在MMR基因突变,肿瘤组织呈微卫星稳定性(MSS),其发病机制和基因致病性暂无统一定论,研究成果较少且皆指向高度异质性,有待进一步深入研究。目前临床采用的Amsterdam Ⅱ和Bethesda诊断标准对Lynch综合征和FCCTX皆有较高的漏诊率,已知MMR基因突变致病外也仍有大量未知基因突变有待发现。为了更深入研究Lynch综合征以及其亚型FCCTX的致病机理并指导临床诊疗,本研究拟通过二代测序等基因检测方式对临床收集的Lynch综合征家系进行遗传谱系研究,并建立临床Lynch综合征数据库,以规范化该病的诊疗及完善后续长期随访。研究内容1.收集协和医院近28个月结直肠及妇科肿瘤手术病理免疫组化MMR缺失病例并进行病例回顾和整理,选取可疑Lynch病人召回复查并留取外周血样。2.通过二代测序基因检测对可疑Lynch综合征家系先证者行结直肠癌基因Panel筛查,检测出的新发突变基因在相应家系中进行共分离验证。3.对结直肠癌基因Panel筛查中未检测出新发突变基因但有明确家族史的家系进行全外显子组测序。4.建立协和医院基本外科Lynch综合征数据库。研究方法1.整理近28个月在北京协和医院行结直肠癌手术及妇科肿瘤手术患者病理标本免疫组化dMMR的病人及临床收集阳性家族史病人共150例,进行病历回顾和电话随访。从中选取23名可疑Lynch综合征患者,召回复查并抽取外周血并提取DNA,通过二代测序进行常见结直肠癌基因Panel筛查。2.对结直肠癌基因Panel筛查中检测出的新发突变家系进行全家系患病人群及未患病人群外周血样抽取,通过实验室提取DNA,按照先证者可疑突变设计引物并通过Sanger测序进行新发突变基因共分离验证。3.对结直肠癌基因Panel筛查中未检测出可疑突变但存在典型家族史的FCCTX病人及家系成员进行全外显子组测序。4.通过北京医渡云公司网络数据库建立北京协和医院Lynch综合征数据库并录入可疑及确诊Lynch病人23例,该数据库将继续投入临床使用以规范化诊疗和完善长期随访。结果1.在23名可疑Lynch综合征家系先证者中有11位存在MMR基因突变,分别为4个MSH2基因突变,3个MLH1基因突变(4个家系),1个PMS2基因突变,1个BRCA2基因突变和1个PALB2突变。2.在新发 MSH2 基因 c.1676_1679delTAAA(p.N560Kfs*29)突变和 MLH1 基因c.893_894insAC(p.S299Pfs*69)突变的家系1和5中验证家系成员共分离。3.在家系12中的11位成员进行了全外显子测序,发现以正常人突变数据库(1KGP,ESP6500,ExAC,BGlinhouse 1500)作为对照,以 freq0.005,impact=HIGH | MODERATE,SIFT,Polyphen-2 预测有害,该家系中 6 位患病成员均携带有BCLAF1,SDK1,PSPH和KCNJ18突变。查阅相关文献资料后,后续重点关注BCLAF1和PSPH基因。4.建立了已收集23名Lynch综合征患者家系的数据库并建立了临床诊疗规范化流程。结论Lynch综合征主要由错配修复基因突变引起,临床上先进行先证者常见结直肠癌基因Panel筛查再进行家系成员Sanger测序验证共分离及提示家系成员防治的诊疗流程有很大的可行性和较高的性价比。另外,临床病理MMR免疫组化染色结果并不能完全提示MMR胚系基因突变的情况,Lynch综合征仍需由MMR基因检测来确诊。临床规范化对有家族史的结直肠癌病人的诊疗流程对病人及其家系均有较大益处。
[Abstract]:In order to study the pathogenesis of Lynch ' s syndrome and its subtype FCCTX and to guide the clinical diagnosis and treatment . 浠，

本文编号：1958509