OMM遗传学特征揭示及其临床意义的研究

发布时间：2023-02-18 22:52

　　目的:口腔黏膜恶性黑色素瘤(Oral Mucosal Melanoma,OMM)是口腔颌面部恶性程度极高的一类肿瘤,患者的五年生存率只有20-25%。与皮肤恶性黑色素瘤相比,系统的OMM遗传学特征研究相对匮乏,这严重制约了个体化治疗在OMM患者中的应用。因此,本研究计划利用高通量测序技术,进一步描绘OMM的基因组图谱并揭示与患者预后或治疗相关的遗传学事件,从而推动精准医疗在OMM患者中的临床应用。方法:1.通过全基因组测序(Whole-genome sequencing,WGS)技术对收集到的65组OMM样本(包括63例肿瘤样本及2例配对淋巴结转移灶样本)进行测序。利用相关生物信息学方法和流程对OMM进行遗传学特征描绘,获得肿瘤全基因组范围内的体细胞单碱基变异(Single-Nucleotide Variant,SNV)、插入缺失(In/Del)、拷贝数变异(Copy Number Variant,CNV)、染色体结构变异(Structural Variation,SV)等信息;2.收集80例OMM患者的石蜡包埋肿瘤组织样本,运用微滴式数字PCR技术进一步验证WGS分析得到的CDK4、...

【文章页数】：97 页

【学位级别】：博士

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摘要
Abstract
缩略语表
前言
第一部分:口腔黏膜恶性黑色素瘤的全基因组测序与分析
    1.1 引言
    1.2 对象与方法
        1.2.1 OMM肿瘤组织样本采集和患者临床信息记录
        1.2.2 全基因组测序
        1.2.3 生物信息学分析
    1.3 结果
        1.3.1 用于WGS测序的OMM样本信息描述。
        1.3.2 原始数据质量评估(QC)
        1.3.3 OMM基因组图谱总体特征描绘
        1.3.4 OMM肿瘤关键信号通路及节点基因改变分析
        1.3.5 OMM显著突变基因(SMG,Significantly Mutated Gene)分析
        1.3.6 OMM染色体结构变异(SV)特征图谱
        1.3.7 OMM拷贝数目改变(CNV)特征图谱
        1.3.8 OMM拷贝数目改变(CNV)和染色体结构变异(SV)相关性分析
        1.3.9 OMM CNV和 SV特征性改变遗传学机制探讨
    1.4 讨论
    1.5 附件表格
第二部分:WGS测序结果及OMM“特征性基因组改变模式”验证
    2.1 引言
    2.2 对象与方法
        2.2.1 OMM肿瘤样本收集及临床信息记录
        2.2.2 主要试剂和耗材
        2.2.3 主要设备和仪器
        2.2.4 OMM肿瘤样本处理设计
        2.2.5 Sanger一代测序
        2.2.6 肿瘤样本切片制备
        2.2.7 常规H&E染色法
        2.2.8 免疫组织化学染色法(IHC)
        2.2.9 荧光原位杂交技术(FISH)检测
        2.2.10 改良H&E染色和显微切割术
        2.2.11 微滴式数字PCR(dd PCR)检测
    2.3 结果
        2.3.1 POM121 基因突变的可视化分析与Sanger测序验证
        2.3.2 5号与12 号染色体之间的SV改变的可视化分析与验证
        2.3.3 5号和12 号染色体CNV改变区域基因扩增验证
        2.3.4 OMM特征性基因组模式验证
    2.4 讨论
    2.5 附加表格
第三部分:OMM靶点选择及PDX模型临床替代性试验
    3.1 引言
    3.2 对象与方法
        3.2.1 材料及设备
        3.2.2 临床肿瘤样本组织取材及临床信息记录
        3.2.3 PDX建立及序列传代
        3.2.4 Palbociclib的药效评估实验
        3.2.5 蛋白质免疫印迹(WB)方法
    3.3 结果
        3.3.1 PDX Trial靶向药物选择和预实验
        3.3.2 OMM PDX模型队列的遗传学信息鉴定
        3.3.3 利用OMM PDX队列开展Palbociclib的 PDX Trial。
        3.3.4 Palbociclib的 PDX Trial结果验证
        3.3.5 PDX Trial中 Palbociclib药物反应预测性生物标志物鉴定
    3.4 讨论
全文总结
参考文献
致谢
学术论文发表情况



本文编号：3745705