健康和腹泻成年川金丝猴粪样菌群比较分析

发布时间：2020-07-09 20:12

【摘要】：为探究腹泻川金丝猴与健康川金丝猴肠道菌群差异,进而更好保护川金丝猴,于2014年3-5月在成都动物园采集健康成年川金丝猴粪样15份、腹泻粪样15份(其中3月采集健康粪样7份、腹泻粪样7份,进行PCR-DGGE初步比较分析)。对30份样本应用Illumina平台进行16s rRNA高通量测序,以及Real-time PCR技术对细菌总数,梭菌cluster Ⅳ、梭菌cluster ⅪⅤa、普雷沃氏菌、乳杆菌、肠杆菌科进行定量测定。结果如下：1. PCR-DGGE指纹图谱显示,腹泻组与健康组相比,微生物多样性指数(健康组3.87±0.02、腹泻组3.87±0.01)、丰富度(健康组48±2.16、腹泻组48±2.45)无显著性差异；健康组与腹泻组在聚类图谱上明显分为两簇,相似性为0.78,健康样本间相似性在0.81至0.86之间,腹泻样本间相似性在0.83至0.92之间。2.16s rRNA高通量测序结果：所有样品平均每份样品检测到18912±6527 tags数,其中健康组19172±6806和腹泻组18652±6463差异不显著。利用Mothur计算在97%的相似水平上样品的OTU数量,健康组OTU数量为2598±971个,与腹泻组(2367±825个)差异不显著。健康成年川金丝猴粪样菌群在门分类水平以Firmicutes、 Bacteroidetes为主。腹泻组与健康组相比共有5种菌门、7种菌纲、8种菌目、19种菌科、28种菌属有显著性变化。Flexispira在属分类水平平均占3.43×10-04,总检出率90%(健康组13/15、腹泻组14/15)。3. Real-time PCR结果：健康川金丝猴粪便菌群中细菌总数达5.14×1011cfu/g,梭菌cluster ⅪⅤa、梭菌cluster Ⅳ合计数量达2.11×10 11cfu/g,占细菌总数41%。腹泻组与健康组相比,细菌总数、梭菌cluster Ⅳ、梭菌cluster ⅪⅤa无差异；普氏菌属有所降低,但差异不显著；肠杆菌科显著性升高,而乳杆菌属显著性降低。结论：健康成年川金丝猴粪样菌群数量较多,种类丰富,以厚壁菌门和拟杆菌门为主,梭杆菌属较为丰富。腹泻组与健康组相比,粪样菌群总数及多样性上没有显著性变化,但在部分菌群组成上有显著性差异,腹泻组相比于健康组相比,有益菌(乳杆菌属)显著性降低,而一些病原菌费克蓝姆菌属、丹毒丝菌属、不动杆菌属等定植量显著性升高,危害川金丝猴胃肠道健康。
【学位授予单位】：四川农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S865.31;S858.93

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本文编号：2747924