中国沿海真帽贝分类及美女蛤隐存种研究

发布时间：2017-04-01 20:06

  本文关键词：中国沿海真帽贝分类及美女蛤隐存种研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：1.中国沿海真帽贝形态学研究真帽贝,即Patellogastropoda目的帽贝,隶属于软体动物门(Mollusca)、腹足纲(Gastropoda),广泛分布于世界各地的海洋沿岸的岩石潮间带,深海中亦有分布。本研究对采自中国沿海的真帽贝样品进行了基于贝壳的形态学鉴定,描述了每个种的贝壳特征,主要包括贝壳的基本参数、形状、颜色、壳表的纹理等,并记录了每一种真帽贝的拉丁学名、采集地。最终,所有样品被鉴定到2个科(笠贝科、花帽贝科),4个属(Lottia、Patelloida、Nipponacmea、Cellana),其中鉴定到种水平的共有11个种,只鉴定到属水平的有2个种。2.基于COI基因的中国沿海真帽贝DNA条形码研究目前,根据形态特征鉴定真帽贝种存在着不确定性和复杂性。采用更加有效和准确的物种鉴定方法来鉴定真帽贝这种普遍的,小型的,壳多变的海洋软体动物就显得非常的必要。DNA条形码技术是一门高效的,非常有用的物种鉴定工具。这种技术将能够为真帽贝的识别和鉴定效率带来显著的提高。本研究中,我们利用线粒体细胞色素c氧化酶亚单位I(COI)基因序列上的一个片段作为DNA条形码来评估DNA条形码技术用于鉴定和区分真帽贝物种的可行性。135条COI序列来源于中国沿海的花帽贝科和笠贝科的13个种。这些序列经过拼接比对之后的分析结果表明真帽贝的线粒体COl基因序列中存在碱基插入现象。13个种种内的以及4个属属内不同种间的基于Kimura双参数模型计算的遗传距离的平均值分别为0.03%-0.21%(最大值1.01%),18.96%-31.30%(最大值37.80%),它们之间存在一条明显的条形码间隙。所有的种都能够在每种系统树中以较高的支持度被明显的区分出来。基于特征的条形码分析法能够将所有的真帽贝种成功鉴定出,在属水平的鉴别上也发挥了很好的作用。本研究的结果证明了基于COI基因的DNA条形码技术能够快速而准确的鉴定真帽贝的物种。3.基于COI基因的南中国海美女蛤隐存多样性研究该研究以南中国海的海南陵水、海南临高、海南三亚、广东阳江、广西北海5个海域共89个美女蛤样品作为研究对象,通过对线粒体DNA(Mitochondrial DNA)的COI基因序列的分析对美女蛤进行了隐存种的探究。经过PCR扩增与测序,以及对所得序列进行比对校正后,获得COI基因片段序列长590bp,检测到87个变异位点,其中有46个简约信息位点,核苷酸多样性为0.02729。89条序列共定义25个单倍型,单倍型多样性为0.843。单倍型Hap7可能是由杂交引起的,排除此单倍型,遗传距离和系统进化树都显示美女蛤分为3个进化支,其中进化支3仅有一个单倍型Hap25,进化支间遗传距离为3.67%-8.55%,远大于进化支内最大遗传距离0.85%。并且,运用特征法分析的结果显示进化支1、2、3的特征碱基数分别为17,16,24个,也与距离法和单系法的分析结果一致。本研究表明,基于COI的DNA条形码技术能够运用于美女蛤隐存种的探究,三种分析方法都提示中国沿海分布的美女蛤可能至少具有2个隐存种,即中国沿海的美女蛤至少为3个不同种组成的复合种。
【关键词】：物种鉴定 隐存种 形态学 DNA条形码 COI 真帽贝 美女蛤
【学位授予单位】：中国海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S917.4
【目录】：

• 摘要5-7
• Abstract7-13
• 第一章 文献综述13-26
• 1. 真帽贝(Patellogastropod)的概况13-17
• 1.1 真帽贝的形态特征14
• 1.2 真帽贝的生态习性14-15
• 1.3 真帽贝的分类学研究进展15-17
• 2. 美女蛤(Circe scripta)的概况17-20
• 2.1 外部形态特征17
• 2.2 地理分布17
• 2.3 生态习性17-18
• 2.4 传统形态分类所存在的争议18-20
• 3. DNA条形码20-26
• 3.1 DNA条形码技术的研究步骤20-22
• 3.2 DNA条形码位点(locus)的选择22-23
• 3.3 DNA条形码技术的成果23-24
• 3.4 DNA条形码技术的现状和展望24-26
• 第二章 真帽贝形态学分类研究26-41
• 0 引言26-27
• 1 材料与方法27
• 1.1 实验样品的采集27
• 1.2 主要形态特征的观察27
• 2 结果27-41
• 第三章 基于COI基因的中国沿海真帽贝DNA条形码分析41-63
• 0 引言41-42
• 1 材料与方法42-47
• 1.1 实验样品的采集42
• 1.2 分子数据的采集42-46
• 1.2.1 DNA提取42
• 1.2.2 PCR扩增与测序42-46
• 1.3 DNA条形码分析46-47
• 2 结果47-60
• 2.1 形态学鉴定结果47-48
• 2.2 条形码测序结果48
• 2.3 序列特征分析结果48
• 2.4 遗传距离分析结果48-49
• 2.5 系统进化树分析结果49-50
• 2.6 特征法分析结果50-60
• 3 讨论60-62
• 3.1 COI引物在本研究中的表现60
• 3.2 基于COI的DNA条形码技术的效率60-61
• 3.3 Patellogastropoda帽贝COI基因中的插入现象61-62
• 4 结论62-63
• 第四章 基于DNA条形码的南中国海美女蛤(Circe scripta)隐存多样性研究63-80
• 0 引言63-64
• 1 材料与方法64-72
• 1.1 实验样品64-69
• 1.2 DNA提取及PCR扩增69
• 1.3 序列下载69-70
• 1.4 数据分析70-72
• 2 结果72-78
• 2.1 美女蛤类COI基因序列特征72
• 2.2 遗传距离分析及支系间分化时间72-77
• 2.3 系统发生分析及单倍型网络图77
• 2.4 特征法分析77-78
• 3 讨论78-80
• 参考文献80-90
• 致谢90-91
• 个人简历91-92
• 硕士期间学术成果92

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 张丽娜;荣昌鹤;何远;关琼;何彬;朱兴文;刘佳妮;陈红菊;;常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰[J];动物学研究;2013年06期

2 陈军;李琪;孔令锋;郑小东;于瑞海;;基于COI序列的DNA条形码在中国沿海缀锦蛤亚科贝类中的应用分析[J];动物学研究;2010年04期

3 孙宝超;杨建敏;孙国华;刘相全;刘丽娟;王卫军;郑小东;;中国沿海长蛸(Octopus variabilis)自然群体线粒体COI基因遗传多样性研究[J];海洋与湖沼;2010年02期

4 王志铮,吴常文,刘祖毅;浙江北部沿海嫁Cellana toreuma(Reeve)生态习性的初步研究[J];浙江海洋学院学报(自然科学版);2001年01期

  本文关键词：中国沿海真帽贝分类及美女蛤隐存种研究，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：281201