鸡lncRNA-pouBW1基因鉴定及其SNP多态性研究
发布时间：2021-12-11 09:12
家禽的生长速率一直是科学工作者研究的热点。本实验室在前期研究固始鸡和安卡鸡生长速度的过程中,发现了一个新基因。为了进一步研究该基因的生物学特性及功能,本研究首先通过连接T载体对该基因进行了分子克隆,利用实时荧光定量PCR（Quantitative real-time Polymerase Chain Reaction,qPCR）研究了其在鸡体内的组织表达情况,并在固始鸡-安卡鸡F2代资源群对该基因进行了SNP多态性与经济性状的关联分析。得到了如下试验结果:①克隆得到了该lncRNA基因的长918bp的完全开放阅读框(（open reading frame,ORF）,并将克隆得到的序列提交至GenBank（accession no.KP147948）,命名为pouBW1基因。通过生物信息学分析,发现该基因不含内含子结构,属于lncRNA家族,且位于鸡的2号染色体上;然后在NCBI中进行该基因的同源性比对,仅仅在鸡体内发现了该基因的存在。②对鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胸肌和腿肌等十四种组织进行了定量分析,结果显示该基因在鸡体内呈广泛性表达,在脾脏和肺脏中的相对表达量最高,在胸肌和腿肌中的...
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
1.文献综述
1.1 lncRNA简介
1.1.1 lncRNA的发现
1.1.2 lncRNA的结构与分类
1.1.3 lncRNA的作用机制
1.1.4 lncRNA的研究方法
1.1.5 lncRNA的功能
1.1.6 lncRNA研究问题与展望
1.2 新基因研究策略
1.2.1 基因克隆
1.2.1.1 生物学克隆
1.2.1.2 电子克隆
1.2.2 生物信息学分析
1.2.2.1 编码产物预测分析
1.2.2.2 序列同源性分析
1.2.2.3 染色体定位
1.2.2.4 基因结构分析
1.2.3 新基因的体内表达规律研究
1.2.4 蛋白质水平的表达分析
1.2.5 转基因技术
1.2.6 基因敲除和基因敲减
2.前言
3.鸡pouBW1基因完全开放阅读框（Open reading frame,ORF）的克隆
3.1 试验材料
3.1.1 样品采集
3.1.2 主要试剂及溶液配置
3.2 试验方法
3.2.1 引物的设计与合成
3.2.2 总RNA的提取
3.2.3 普通PCR反应 和琼脂糖凝胶电泳检测
3.2.4 PCR产物的回收
3.2.5 基因的克隆与测序
3.2.5.1 连接转化
3.2.5.2 菌液PCR鉴定
3.2.5.3 菌液测序
3.2.6 长链非编码RNA鉴定
3.3 主要仪器设备
3.4 实验结果与分析
3.4.1 总RNA提取
3.4.2 菌液PCR检测
3.4.3 完全开放阅读框（ORF）克隆
3.4.4 生物信息学分析
3.5 讨论与小结
4.鸡pouBW1基因的表达分析
4.1 试验材料
4.1.1 试验动物
4.1.2 样品的采集
4.1.3 试剂及溶液配制
4.1.4 荧光定量试验仪器
4.2 试验方法
4.2.1 总RNA提取和反转录
4.2.2 荧光定量PCR引物设计
4.2.3 实时荧光定量PCR(qPCR)
4.2.4 数据处理
4.3 结果与分析
4.3.1 cDNA质量及引物特异性检测
4.3.2 1日龄表达谱分析
4.3.3 6周龄表达谱分析
4.3.4 16周龄表达谱分析
4.3.5 不同发育阶段的表达谱分析
4.4 讨论与小结
5.固始鸡-安卡鸡F2代资源群pouBW1基因多态性分析
5.1 试验材料
5.1.1 试验动物
5.1.1.1 资源群体
5.1.1.2 饲养管理及测量指标
5.1.2 试验主要试剂及配制
5.1.3 主要仪器设备
5.2 试验方法
5.2.1 基因组DNA的提取方法
5.2.2 SNP筛选
5.2.2.1 混池构建
5.2.2.2 引物设计、PCR扩增和SNP扫描
5.2.3 最适PCR反应体系的确立
5.2.4 酶切分型
5.2.5 基因型统计与分析
5.2.5.1 基因型频率与基因频率的统计
5.2.5.2 群体遗传多态性的分析
5.2.5.3 突变位点基因型与经济性状的关联分析模型
5.2.6 连锁不平衡分析
5.3 结果与分析
5.3.1 SNP突变位点扫描
5.3.2 pouBW1基因SNP位点基因型频率及基因频率统计
A位点不同基因型与不同性状的关联分析"> 5.3.3 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与不同性状的关联分析
A位点不同基因型与肉质性状的关联分析"> 5.3.3.1 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与肉质性状的关联分析
A位点不同基因型与生长性状的关联分析"> 5.3.3.2 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与生长性状的关联分析
A位点不同基因型与屠体性状的关联分析"> 5.3.3.3 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与屠体性状的关联分析
A位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析"> 5.3.3.4 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析
A位点不同基因型与血液参数性状的关联分析"> 5.3.3.5 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与血液参数性状的关联分析
A位点加性显性效应分析"> 5.3.4 pou BW1基因n.830G>A位点加性显性效应分析
T位点不同基因型与不同性状的关联分析"> 5.3.5 pou BW1基因n.594 C>T位点不同基因型与不同性状的关联分析
T位点不同基因型与肉质性状的关联分析"> 5.3.5.1 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与肉质性状的关联分析
T位点不同基因型与生长性状的关联分析"> 5.3.5.2 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与生长性状的关联分析
T位点不同基因型与屠体性状的关联分析"> 5.3.5.3 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与屠体性状的关联分析
T位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析"> 5.3.5.4 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析
T位点不同基因型与血液参数性状的关联分析"> 5.3.5.5 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与血液参数性状的关联分析
T位点加性显性效应分析"> 5.3.6 pou BW1基因n.594C>T位点加性显性效应分析
5.3.7 单倍型构建
5.3.8 两个SNP位点的单倍型组合与F2代资源群经济性状的关联分析
5.4 小结与讨论
6. 全文总结
参考文献
ABSTRACT
【参考文献】：
期刊论文
[1]长非编码RNA以及与疾病发生的研究进展[J]. 唐珍,王含彦,易芳,郭冬梅,罗蓉. 西南师范大学学报(自然科学版). 2015(01)
[2]长链非编码RNA研究进展[J]. 宿娅,张晨芳,魏强,李广林. 西北植物学报. 2014(11)
[3]肌肉发育相关LncRNA的研究进展[J]. 魏彩虹,吴明明,刘瑞凿,赵福平,张莉,杜立新. 中国农业科学. 2014(20)
[4]小细胞肺癌组织中lncRNA表达谱的差异[J]. 王亚芳,卢强,赵晋波,钟代星,冯征,程少毅,贠宇辉,蒋梦龙,王艳,周勇安. 现代肿瘤医学. 2014(06)
[5]小豆遗传差异、群体结构和连锁不平衡水平的SSR分析[J]. 白鹏,程须珍,王丽侠,王素华,陈红霖. 作物学报. 2014(05)
[6]长链非编码RNA的生物学功能研究进展[J]. 王国强,卫宁,王禹,庞卫军. 家畜生态学报. 2014(03)
[7]非编码RNA与基因表达调控[J]. 杨福兰,饶周舟,陈汉春. 生命的化学. 2014(01)
[8]长链非编码RNA在生物体中的调控作用[J]. 李灵,宋旭. 遗传. 2014(03)
[9]水稻产量分子设计育种研究进展[J]. 张分云,李宏,周向阳,王重荣,周德贵,赖穗春,陈立云,周少川. 分子植物育种. 2013(06)
[10]长链非编码RNA研究进展[J]. 杨峰,易凡,曹慧青,梁子才,杜权. 遗传. 2014(05)
博士论文
[1]中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）基因组SNP标记的开发与应用[D]. 张建勇.中国海洋大学 2011
硕士论文
[1]蓝白斑筛选技术的改进及其生物医学应用[D]. 潘韵芝.苏州大学 2014
[2]鸡PNPLA3基因多态性及组织表达规律的研究[D]. 苏玲.河南农业大学 2012
[3]应用SNP标记区分云南瑞丽野生枸橼个体和柚SNP标记开发初探[D]. 李翀.西南大学 2011
[4]Fank1基因敲减小鼠模型的建立及其在雄性小鼠生殖功能中的研究[D]. 董婉维.中国医科大学 2010
[5]基因组扫描定位鸡的2、5、7染色体上有关屠体性状QTLs[D]. 赵云航.河南农业大学 2008
[6]基因组扫描定位鸡2、5和7号染色体上肉质性状的QTLs[D]. 梁敏.河南农业大学 2008
本文编号：3534406
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
1.文献综述
1.1 lncRNA简介
1.1.1 lncRNA的发现
1.1.2 lncRNA的结构与分类
1.1.3 lncRNA的作用机制
1.1.4 lncRNA的研究方法
1.1.5 lncRNA的功能
1.1.6 lncRNA研究问题与展望
1.2 新基因研究策略
1.2.1 基因克隆
1.2.1.1 生物学克隆
1.2.1.2 电子克隆
1.2.2 生物信息学分析
1.2.2.1 编码产物预测分析
1.2.2.2 序列同源性分析
1.2.2.3 染色体定位
1.2.2.4 基因结构分析
1.2.3 新基因的体内表达规律研究
1.2.4 蛋白质水平的表达分析
1.2.5 转基因技术
1.2.6 基因敲除和基因敲减
2.前言
3.鸡pouBW1基因完全开放阅读框（Open reading frame,ORF）的克隆
3.1 试验材料
3.1.1 样品采集
3.1.2 主要试剂及溶液配置
3.2 试验方法
3.2.1 引物的设计与合成
3.2.2 总RNA的提取
3.2.3 普通PCR反应 和琼脂糖凝胶电泳检测
3.2.4 PCR产物的回收
3.2.5 基因的克隆与测序
3.2.5.1 连接转化
3.2.5.2 菌液PCR鉴定
3.2.5.3 菌液测序
3.2.6 长链非编码RNA鉴定
3.3 主要仪器设备
3.4 实验结果与分析
3.4.1 总RNA提取
3.4.2 菌液PCR检测
3.4.3 完全开放阅读框（ORF）克隆
3.4.4 生物信息学分析
3.5 讨论与小结
4.鸡pouBW1基因的表达分析
4.1 试验材料
4.1.1 试验动物
4.1.2 样品的采集
4.1.3 试剂及溶液配制
4.1.4 荧光定量试验仪器
4.2 试验方法
4.2.1 总RNA提取和反转录
4.2.2 荧光定量PCR引物设计
4.2.3 实时荧光定量PCR(qPCR)
4.2.4 数据处理
4.3 结果与分析
4.3.1 cDNA质量及引物特异性检测
4.3.2 1日龄表达谱分析
4.3.3 6周龄表达谱分析
4.3.4 16周龄表达谱分析
4.3.5 不同发育阶段的表达谱分析
4.4 讨论与小结
5.固始鸡-安卡鸡F2代资源群pouBW1基因多态性分析
5.1 试验材料
5.1.1 试验动物
5.1.1.1 资源群体
5.1.1.2 饲养管理及测量指标
5.1.2 试验主要试剂及配制
5.1.3 主要仪器设备
5.2 试验方法
5.2.1 基因组DNA的提取方法
5.2.2 SNP筛选
5.2.2.1 混池构建
5.2.2.2 引物设计、PCR扩增和SNP扫描
5.2.3 最适PCR反应体系的确立
5.2.4 酶切分型
5.2.5 基因型统计与分析
5.2.5.1 基因型频率与基因频率的统计
5.2.5.2 群体遗传多态性的分析
5.2.5.3 突变位点基因型与经济性状的关联分析模型
5.2.6 连锁不平衡分析
5.3 结果与分析
5.3.1 SNP突变位点扫描
5.3.2 pouBW1基因SNP位点基因型频率及基因频率统计
A位点不同基因型与不同性状的关联分析"> 5.3.3 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与不同性状的关联分析
A位点不同基因型与肉质性状的关联分析"> 5.3.3.1 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与肉质性状的关联分析
A位点不同基因型与生长性状的关联分析"> 5.3.3.2 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与生长性状的关联分析
A位点不同基因型与屠体性状的关联分析"> 5.3.3.3 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与屠体性状的关联分析
A位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析"> 5.3.3.4 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析
A位点不同基因型与血液参数性状的关联分析"> 5.3.3.5 pouBW1基因n.830G>A位点不同基因型与血液参数性状的关联分析
A位点加性显性效应分析"> 5.3.4 pou BW1基因n.830G>A位点加性显性效应分析
T位点不同基因型与不同性状的关联分析"> 5.3.5 pou BW1基因n.594 C>T位点不同基因型与不同性状的关联分析
T位点不同基因型与肉质性状的关联分析"> 5.3.5.1 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与肉质性状的关联分析
T位点不同基因型与生长性状的关联分析"> 5.3.5.2 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与生长性状的关联分析
T位点不同基因型与屠体性状的关联分析"> 5.3.5.3 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与屠体性状的关联分析
T位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析"> 5.3.5.4 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与肌纤维性状的关联分析
T位点不同基因型与血液参数性状的关联分析"> 5.3.5.5 pouBW1基因n.594C>T位点不同基因型与血液参数性状的关联分析
T位点加性显性效应分析"> 5.3.6 pou BW1基因n.594C>T位点加性显性效应分析
5.3.7 单倍型构建
5.3.8 两个SNP位点的单倍型组合与F2代资源群经济性状的关联分析
5.4 小结与讨论
6. 全文总结
参考文献
ABSTRACT
【参考文献】：
期刊论文
[1]长非编码RNA以及与疾病发生的研究进展[J]. 唐珍,王含彦,易芳,郭冬梅,罗蓉. 西南师范大学学报(自然科学版). 2015(01)
[2]长链非编码RNA研究进展[J]. 宿娅,张晨芳,魏强,李广林. 西北植物学报. 2014(11)
[3]肌肉发育相关LncRNA的研究进展[J]. 魏彩虹,吴明明,刘瑞凿,赵福平,张莉,杜立新. 中国农业科学. 2014(20)
[4]小细胞肺癌组织中lncRNA表达谱的差异[J]. 王亚芳,卢强,赵晋波,钟代星,冯征,程少毅,贠宇辉,蒋梦龙,王艳,周勇安. 现代肿瘤医学. 2014(06)
[5]小豆遗传差异、群体结构和连锁不平衡水平的SSR分析[J]. 白鹏,程须珍,王丽侠,王素华,陈红霖. 作物学报. 2014(05)
[6]长链非编码RNA的生物学功能研究进展[J]. 王国强,卫宁,王禹,庞卫军. 家畜生态学报. 2014(03)
[7]非编码RNA与基因表达调控[J]. 杨福兰,饶周舟,陈汉春. 生命的化学. 2014(01)
[8]长链非编码RNA在生物体中的调控作用[J]. 李灵,宋旭. 遗传. 2014(03)
[9]水稻产量分子设计育种研究进展[J]. 张分云,李宏,周向阳,王重荣,周德贵,赖穗春,陈立云,周少川. 分子植物育种. 2013(06)
[10]长链非编码RNA研究进展[J]. 杨峰,易凡,曹慧青,梁子才,杜权. 遗传. 2014(05)
博士论文
[1]中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）基因组SNP标记的开发与应用[D]. 张建勇.中国海洋大学 2011
硕士论文
[1]蓝白斑筛选技术的改进及其生物医学应用[D]. 潘韵芝.苏州大学 2014
[2]鸡PNPLA3基因多态性及组织表达规律的研究[D]. 苏玲.河南农业大学 2012
[3]应用SNP标记区分云南瑞丽野生枸橼个体和柚SNP标记开发初探[D]. 李翀.西南大学 2011
[4]Fank1基因敲减小鼠模型的建立及其在雄性小鼠生殖功能中的研究[D]. 董婉维.中国医科大学 2010
[5]基因组扫描定位鸡的2、5、7染色体上有关屠体性状QTLs[D]. 赵云航.河南农业大学 2008
[6]基因组扫描定位鸡2、5和7号染色体上肉质性状的QTLs[D]. 梁敏.河南农业大学 2008
本文编号：3534406
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