鳗弧菌感染相关的鮸鱼差异表达基因的miRNA调控研究
发布时间：2022-01-20 13:39
在长期的进化进程中,为抵抗病原生物进化出免疫系统。脊椎动物的免疫系统分为先天性免疫系统（Innate immunity）和获得性免疫系统（Acquired immunity）。Toll/IL-1受体超家族（Toll/IL-1 receptor superfamily）是由TLR家族和IL-1R家族组成。这个新受体家族中的成员都含有Toll同源结构域的TH结构域,是由含有128个氨基酸残基的10段保守序列组成的。这一信号通路成员是重要的模式识别受体,在对抗外来入侵病原体的天然免疫中发挥着重要的作用。MicroRNA（miRNA）是约含22核苷酸的内生非编码的小分子RNA,作为一类负转录调控因子,其可以调控基因的转录后水平。miRNA可以通过特定的结合位点与mRNA的3’非翻译区（3’UTR）通过不完全的互补配对方式引起该基因翻译受阻或者直接降解mRNA,在转录后水平调控基因的表达。在本研究中,通过鮸鱼转录组测序分析获得病原菌感染后的差异表达基因,并对差异表达的Toll/IL-1受体超家族中成员进行了miRNA调控研究,研究结论如下:1.我们通过对鮸鱼感染鳗弧菌前后的脾脏cDNA进行转录组...
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 鱼类免疫学研究进展
1.1.1 鱼类免疫学发展概况
1.1.2 鱼类的免疫系统
1.1.3 鱼类的免疫机制
1.1.4 鮸鱼概况
1.2 Toll/IL-1 受体超家族
1.2.1 Toll/IL-1R家族来源
1.2.2 Toll/IL-1R家族成员
1.2.3 Toll/IL-1R信号通路
1.3 miRNA的研究进展
1.3.1 miRNA的内源合成
1.3.2 miRNA的作用机制
1.3.3 miRNA的功能
1.3.4 miRNA与免疫系统
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 菌种
2.1.3 细胞及转染相关材料
2.1.4 载体构建所需材料及载体
2.1.5 引物
2.1.6 miRNA模拟体及抑制体
2.1.7 实验仪器
2.1.8 分子生物学软件
2.2 实验方法
2.2.1 鮸鱼巨噬细胞的分离
2.2.2 病原菌感染实验
2.2.3 RNA提取
2.2.4 cDNA合成
2.2.5 cDNA文库构建及测序
2.2.6 Clean read数据的获得与组装
2.2.7 Unigene基因注释及功能分类
2.2.8 基因差异表达分析
2.2.9 miRNA的筛选及靶基因的预测
2.2.10 实时荧光定量PCR分析
2.2.11 质粒构建
2.2.12 转染
2.2.13 双荧光素酶报告基因分析
2.2.14 数据分析
第三章 结果与讨论
3.1 鳗弧菌感染鮸鱼脾脏前后转录组分析
3.1.1 测序产量的统计
3.1.2 序列组装结果与生物信息学分析
3.1.3 基因定量的分析
3.1.4 差异表达基因筛选
3.1.5 差异表达基因GO富集和基因通路富集分析
3.1.6 与免疫相关的差异表达基因
3.2 鮸鱼IL-1RI的miRNA调控分析
3.2.1 预测和筛选靶向IL-1RI基因的miRNA
3.2.2 鮸鱼miR-192 的特征分析
3.2.3 鮸鱼miR-192 与IL-1RI 3'UTR作用位点的确定
3.2.4 鮸鱼miR-192 与IL-1RI表达分析
3.2.5 讨论
3.3 鮸鱼TLR1的miRNA调控分析
3.3.1 预测和筛选靶向TLR1基因的miRNA
3.3.2 鮸鱼TLR1的表达分析
3.3.3 miR-217 与TLR13'UTR作用位点的确定
3.3.4 miR-217 前体与TLR13'UTR双荧光素酶检测分析
3.3.5 鮸鱼miR-217 的表达分析
3.3.6 讨论
结论
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]鮸鱼名称辨析[J]. 杨秀英. 齐鲁师范学院学报. 2014(02)
[2]海水养殖鱼类细菌性疾病研究概况[J]. 钱云霞,王国良,邵健忠. 海洋湖沼通报. 2001(02)
[3]鲇鱼淋巴样器官的发育[J]. 钟明超,黄浙. 水产学报. 1995(03)
[4]鱼类免疫学研究进展[J]. 李亚南,陈全震,邵健忠,毛树坚,王冀平. 动物学研究. 1995(01)
[5]银鲫白细胞及鳃颗粒细胞的超微结构[J]. 周炳升,李连祥. 水生生物学报. 1992(01)
[6]鱼类免疫学研究的进展[J]. 杨先乐. 水产学报. 1989(03)
博士论文
[1]牙鲆免疫系统形态结构、发育和感染病理反应的研究[D]. 刘云.中国海洋大学 2003
硕士论文
[1]基于转录组数据的鮸鱼分子标记筛选及基因差异表达分析[D]. 车荣波.浙江海洋学院 2015
本文编号：3598921
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 鱼类免疫学研究进展
1.1.1 鱼类免疫学发展概况
1.1.2 鱼类的免疫系统
1.1.3 鱼类的免疫机制
1.1.4 鮸鱼概况
1.2 Toll/IL-1 受体超家族
1.2.1 Toll/IL-1R家族来源
1.2.2 Toll/IL-1R家族成员
1.2.3 Toll/IL-1R信号通路
1.3 miRNA的研究进展
1.3.1 miRNA的内源合成
1.3.2 miRNA的作用机制
1.3.3 miRNA的功能
1.3.4 miRNA与免疫系统
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 菌种
2.1.3 细胞及转染相关材料
2.1.4 载体构建所需材料及载体
2.1.5 引物
2.1.6 miRNA模拟体及抑制体
2.1.7 实验仪器
2.1.8 分子生物学软件
2.2 实验方法
2.2.1 鮸鱼巨噬细胞的分离
2.2.2 病原菌感染实验
2.2.3 RNA提取
2.2.4 cDNA合成
2.2.5 cDNA文库构建及测序
2.2.6 Clean read数据的获得与组装
2.2.7 Unigene基因注释及功能分类
2.2.8 基因差异表达分析
2.2.9 miRNA的筛选及靶基因的预测
2.2.10 实时荧光定量PCR分析
2.2.11 质粒构建
2.2.12 转染
2.2.13 双荧光素酶报告基因分析
2.2.14 数据分析
第三章 结果与讨论
3.1 鳗弧菌感染鮸鱼脾脏前后转录组分析
3.1.1 测序产量的统计
3.1.2 序列组装结果与生物信息学分析
3.1.3 基因定量的分析
3.1.4 差异表达基因筛选
3.1.5 差异表达基因GO富集和基因通路富集分析
3.1.6 与免疫相关的差异表达基因
3.2 鮸鱼IL-1RI的miRNA调控分析
3.2.1 预测和筛选靶向IL-1RI基因的miRNA
3.2.2 鮸鱼miR-192 的特征分析
3.2.3 鮸鱼miR-192 与IL-1RI 3'UTR作用位点的确定
3.2.4 鮸鱼miR-192 与IL-1RI表达分析
3.2.5 讨论
3.3 鮸鱼TLR1的miRNA调控分析
3.3.1 预测和筛选靶向TLR1基因的miRNA
3.3.2 鮸鱼TLR1的表达分析
3.3.3 miR-217 与TLR13'UTR作用位点的确定
3.3.4 miR-217 前体与TLR13'UTR双荧光素酶检测分析
3.3.5 鮸鱼miR-217 的表达分析
3.3.6 讨论
结论
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]鮸鱼名称辨析[J]. 杨秀英. 齐鲁师范学院学报. 2014(02)
[2]海水养殖鱼类细菌性疾病研究概况[J]. 钱云霞,王国良,邵健忠. 海洋湖沼通报. 2001(02)
[3]鲇鱼淋巴样器官的发育[J]. 钟明超,黄浙. 水产学报. 1995(03)
[4]鱼类免疫学研究进展[J]. 李亚南,陈全震,邵健忠,毛树坚,王冀平. 动物学研究. 1995(01)
[5]银鲫白细胞及鳃颗粒细胞的超微结构[J]. 周炳升,李连祥. 水生生物学报. 1992(01)
[6]鱼类免疫学研究的进展[J]. 杨先乐. 水产学报. 1989(03)
博士论文
[1]牙鲆免疫系统形态结构、发育和感染病理反应的研究[D]. 刘云.中国海洋大学 2003
硕士论文
[1]基于转录组数据的鮸鱼分子标记筛选及基因差异表达分析[D]. 车荣波.浙江海洋学院 2015
本文编号：3598921
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/zaizhiyanjiusheng/3598921.html
