基于GWAS解析水稻粒型变异的遗传基础

发布时间：2024-03-23 05:07

　　水稻作为主要的粮食作物,是全球二分之一以上人口的主粮。在保证水稻产量的基础上,培育出品质优良的水稻品种是目前育种的主要目标。水稻粒型作为决定水稻产量与品质的重要农艺性状,已成为研究的焦点。虽然已经有部分水稻粒型相关基因被克隆,但是大多数研究只关注于单一基因的功能,而忽视了不同基因功能变异之间互作关系。本实验基于1488份野生稻品种和全世界的代表性水稻全基因组深度测序,提取控制水稻粒型的187个已克隆基因与水稻长、宽、长宽比和千粒重等粒型形态数据进行关联分析,筛选显著性关联位点,结合群体遗传学分析,选择水稻驯化和育种中受到选择的基因,解析粒型基因的连锁关系和形态效应,从而阐明粒型复杂调控网络。从基因互作的角度解析水稻长、宽、长宽比和千粒重多样性的遗传基础,主要研究结果如下:1.Structure、PCA和NJ等群体遗传结构分析表明,1488份世界有代表性的水稻及野生稻资源可以分成籼稻、粳稻和野生稻,其中野生稻包含1个居群,粳稻群体包含2个居群,籼稻群体包含5个居群。2.水稻粒型表型分析结果显示水稻粒型在籼稻、粳稻两个栽培稻群体中有明显差异,不同年代的品种也在两籼稻、粳稻群体中也呈现出不同...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1实验材料地理分布图

基于GWAS解析水稻粒型变异的遗传基础6第二章材料与方法2.1实验材料本实验选取了世界范围内具有代表性的栽培稻品种和野生近缘种共1488份，并对这些材料进行处理分析，其中籼稻（Oryzasativassp.indica）917份、粳稻（Oryzasativassp.japonic....

图2栽培稻和野生近缘种的居群结构图

基于GWAS解析水稻粒型变异的遗传基础19第三章结果与分析3.1水稻及其近缘野生种的群体遗传结构研究3.1.1群体结构分析采用栽培稻和野生稻的全基因组SNP数据，通过Admixture软件分析栽培稻及其近缘野生种的群体遗传结构。我们关注了k=2~10九种情况下的群体遗传结构，并结....

图3基于水稻基因组单核苷酸多态性的主成分分析图

基于GWAS解析水稻粒型变异的遗传基础21图3基于水稻基因组单核苷酸多态性的主成分分析图Fig.3ThePCAanalysisofricegenomesinglenucleotidepolymorphism注：图A~C是PC1、PC2、PC3主成分之间的二维关系图，图D是三个主成....

图4栽培稻与野生近缘种进化树

基于GWAS解析水稻粒型变异的遗传基础223.1.3邻接法邻接法（neighbor-joining,NJ）是一种利用进化距离建树的方法，基于最小进化原理，将遗传关系近的样本聚集在一起，且待合并的样本进化距离要大于已合并的材料，是一种运算速度较快的建树方法[63]。图4栽培稻与野生....

本文编号：3935506