栽培稻和野生稻间可变剪切的全基因组差异研究

发布时间：2024-04-14 06:49

　　水稻(Oryza sativa L.)属禾本科稻属植物,是世界一半人口的主要食物。水稻在长期的驯化过程中,野生稻与栽培稻之间以及栽培稻两个亚种粳稻和籼稻之间在形态学特征和生理生化等方面都发生了一定的分化。而与农艺性状相关的遗传分化一直是水稻研究的重要内容。可变剪切是生物形成不同转录本的直接原因,对动植物的生长、发育、信号转导等生物学过程具有重要意义。本研究以野生稻和两种栽培稻作为研究对象,选取具有代表性的66个水稻品种,利用转录组测序技术,对野生稻和栽培稻的可变剪切进行全基因组差异研究。在此基础上,使用rMATS分析了野生稻和栽培稻的可变剪切事件,筛选出野生稻与栽培稻之间,栽培稻中粳稻和籼稻之间的差异可变剪切基因并做了GO富集分析,同时对与农艺性状相关的重点基因进行了注释分析。主要研究结果:1.基于野生稻和两种栽培稻的转录组数据,过滤后经与参考基因组比对,野生稻有76.28%能比对到参考基因组上,粳稻有84.54%能比对到参考基因组上,籼稻有77.87%能比对到参考基因组上。2.在栽培稻两大亚种粳稻与籼稻中,共有7301个基因发生了可变剪切事件,其中外显子跳跃为主要类型。其中121个为...

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1水稻的驯化过程

饕?澄铩Ｋ?荆∣ryza）属禾本科稻属植物。目前全球具有23个种，大部分是野生种，主要的栽培种有普通栽培稻（Oryzasativa）和非洲栽培稻（Oryzaglaberrima）两大品种[1]。其中普通栽培稻又称为亚洲栽培稻，分为两个亚种——粳亚种（O.sativassp.Jap....

图2以分子生物学技术为基础的测序技术发展史Fig.2Developmenthistoryofsequencingtechnologybasedonmolecularbiologytechnology

野生稻和栽培稻间可变剪切的全基因组差异研究3图2以分子生物学技术为基础的测序技术发展史Fig.2Developmenthistoryofsequencingtechnologybasedonmolecularbiologytechnology1.2.2转录组测序的应用转录组测序在....

图3可变剪切的七种类型Fig.3Seventypesofalternativesplicing

野生稻和栽培稻间可变剪切的全基因组差异研究3图3可变剪切的七种类型Fig.3Seventypesofalternativesplicing注：其中白色图形是组成型外显子，黑色图形是可变外显子，连接的线条表示剪切方式，其中Skippedexon表示外显子跳跃(SE)，Alterna....

图4TopHat2的算法示意图[31]

野生稻和栽培稻间可变剪切的全基因组差异研究13图4TopHat2的算法示意图[31]Fig.4TopHat2algorithmdiagram

本文编号：3954284