专利申请文件中非人物种SNP检索的新思路

发布时间：2021-03-25 21:30

　　SNP分子标记是生物领域专利申请文件中一类常见的主题。本文总结了专利申请中四种常见的以SNP分子标记为对象的权利要求撰写方式,并将其检索方式归结为rs号检索和序列比对两类。Ensembl数据库具有涵盖生物物种多、基因组数据丰富和定期更新的特点。针对目前非人物种SNP检索资源匮乏的现状,本文通过深度挖掘Ensembl数据库,提供了一种以序列比对为基础的SNP位点检索的新思路,精准快速定位目标SNP位点,并能给出准确的公开日期。本文所提供的检索方法,可以为科技工作者进行SNP主题的专利申请查新或是专利审查人员对该主题专利申请的审查工作提供帮助。 

【文章来源】：中国发明与专利. 2020,17(07)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

SNP检索结果

检索过程：本文对案例1的检索主要涉及SNP的确认步骤，未覆盖对其用途的检索。首先，在图1所示的Ensembl数据库VEP检索工具界面下，输入或上传SNP分子标记的rs号，即rs317682933进行查找。其次，VEP检索默认的物种是人，在物种框内删除并键入待检索SNP所属物种的英文chicken，即可自动联想并插入其拉丁名(Gallus gallus)。最后点击页面下端的RUN，即可检索获得如图2所示的SNP结果。还需指出的是，Ensembl数据库除提供了rs号输入方式外，也可以采用该SNP位点的其他表达方式，例如Ensembl default格式、VCF文件、或是HGVS命名进行检索，通过点选格式，可以查看所输入内容的格式是否符合要求，这在很大程度上为使用者提供了方便。图2 SNP检索结果

检索过程：由于该案例对于要求保护的多个SNP位点仅给出了一段包含突变位点的核苷酸序列，故序列比对是唯一可行的途径。在Ensembl提供的“BLAST/BLAT search”工具下，通过所输入的序列可直接定位其上包含的SNP。如图3所示，在序列数据框中输入上述SEQ ID Nos所示的序列，并在物种框中选择猪，运行BLAT，就可快速定位到所输入核苷酸序列在基因组的位置，并且所输入序列上的SNP位点也以对应的氨基酸替换的阴影浮框“M”凸显，这提供了可供点击的链接。点击图4所示的阴影处的氨基酸，即可进入相应的SNP结果界面。图4 输入序列中所包含的SNP位点的链接

【参考文献】：
期刊论文
[1]浅谈SNP类专利申请在NCBI、UCSC、ENSEMBL数据库的检索[J]. 代月函,吕小蒙.  中国发明与专利. 2019(05)



本文编号：3100360