Cryptococcus podzolicus及其相关分离菌株的综合系统分类和重命名研究

发布时间：2017-03-18 10:04

  本文关键词：Cryptococcus podzolicus及其相关分离菌株的综合系统分类和重命名研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的:1、比较和探讨多位点测序分型技术(MLST)和基质辅助激光解吸—飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)在银耳科(Tremellaceae)的属间、种间及种内分类研究的稳定性和可靠性。2、对本研究所使用全部菌株进行规范化命名的验证及更新。3、确定课题组前期分离的4株与Cryptococcus podzolicus相邻的菌株在分类学上的位置。方法:1、选取20株含Cryptococcus podzolicus在内及邻近菌属的菌株,以模式菌株Cryptococcus neoformans CBS 132T作为outgroup,以5个管家基因(ITS,D1/D2,rpb1,rpb2,tef1)的扩增序列为研究对象,通过Bayesian法(MrBayes3.2.1)、最大似然法、邻接法(MEGA 6.0软件)分别构建MLST复合基因树及D1/D2基因序列的系统发育树;应用MALDI-TOF-MS采集蛋白指纹图谱,在BrukerDaltonics数据库(BDAL)和CBS真菌保藏中心数据库信息的基础上,对20株菌进行聚类分型,构建聚类分型树状图。2、以上述研究为基础,结合生理生化特征,综合比较分析近期发表的关于Cryptococcus podzolicus及与之相邻的其他菌属的分类关系的研究结果。3、对4株课题组分离的待测菌株进行表型、生化及分子综合系统分类鉴定。结果:1、三种方法所得到的树状图在种间的层面上,均出现了A、B、C三个分化枝,而在种内的层面上,特别是A这一分化枝,均为Cryptococcus podzolicus,单一D1/D2区域所构建的系统发育树上该菌种各菌株的进化距离基本为零,而MLST及MALDI-TOF MS所得到的树状图中,可以明显观察到菌株间亲缘距离各不相同。2、所研究的标准菌株在系统发育树上的位置与近期文献建议的最新分类系统吻合,依据文献中提出的规范化命名方案,更名如下:Cryptococcus podzolicus更名为Saitozyma podzolica,Cryptococcus flava更名为Saitozyma flava,Bullera ninhbinhensis更名为Saitozyma ninbinhensis,Cryptococcus paraflava更名为Saitozyma paraflava,Bullera miyagiana更名为Sugitazyma miyagiana,Bullera sakaeratica更名为Trimorphomyces sakaeratica。3、4株课题组前期分离的待测菌株镜下细胞呈柠檬形,有出芽形成,在L-DOPA琼脂培养基上产生巧克力样的棕黑色色素,适宜生长温度是25-40℃,交配试验没有观察到子实体产生,抗真菌药物敏感性试验显示对两性霉素B及咪康唑敏感,对5-氟胞嘧啶中度敏感,对氟康唑及米卡芬净耐药,碳源、氮源利用试验及分子试验显示其归属Saitozyma,但又有别于Saitozyma属下已知的菌种。结论:1、MLST及MALDI-TOF MS均可作为隐球菌属中菌株分类鉴别中有效的辅助鉴别的分子生物学方法,相比于传统的生理生化试验及间隔区和核糖体大亚基序列,能更可靠地揭示隐球菌属中各菌种的种间及种内的遗传进化关系;相比于MLST技术较长的实验周期及某些基因扩增和测序的不确定性,MALDI-TOF-MS技术则更为快捷准确。2、本研究进一步验证了近期白逢彦、T.Boekhout等提出的Cryptococcus podzolicus及与之相邻的其他菌属的分类关系的准确性和合理性。3、通过综合系统分类分析,确定了4株待测菌株归为Saitozyma属,我们拟将其命名为Saitozyma cassia。
【关键词】：多位点测序分型技术 基质辅助激光解吸—飞行时间质谱 Cryptococcus podzolicus Saitozyma 分子分类方法 系统发育进化树
【学位授予单位】：贵州医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R379.5
【目录】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-10
• 略缩词表10-12
• 引言12-15
• 第一部分 MLST及MALDI-TOF MS在Cryptococcus podzolicus分类中的应用研究15-29
• 1、材料与方法15-23
• 2、结果23-26
• 3、讨论26-28
• 4、结论28-29
• 第二部分 Cryptococcus podzolicus及其相邻菌株的规范化命名研究29-34
• 1、材料与方法29
• 2、结果29-32
• 3、讨论32-33
• 4、结论33-34
• 第三部分 Saitozyma cassiae sp. nov. 的鉴定及描述34-50
• 1、材料与方法34-42
• 2、结果42-48
• 3、讨论48-49
• 4、结论49-50
• 参考文献50-54
• 综述54-69
• 参考文献64-69
• 作者简历69-70
• 致谢70-71
• 学位论文数据集71

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  本文关键词：Cryptococcus podzolicus及其相关分离菌株的综合系统分类和重命名研究，，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：254273