肠道EV71病毒感染与SCARB2受体结合miRNA生物信息学预测分析

发布时间：2020-11-09 02:13

　　 目的应用生物信息学相关软件和技术预测分析靶向结合细胞表面肠道71型病毒(enterovirus 71,EV71)受体溶酶体整合膜蛋白2型(lysosomal integral membrane protein 2,SCARB2)的miRNA分子,为探索miRNA分子在EV71感染宿主细胞的机制研究提供理论基础。方法应用生物信息学网站软件miRWalk 2.0首先预测分析靶向结合于SCARB2的miRNA,对得到的miRNA进行验证评价,然后在GEO数据库中查找相关的miRNA差异表达芯片数据进行分析,寻找差异表达较高有意义的miRNA分子。结果通过预测分析能够与靶基因SCARB2结合的miRNA153个,同时运用R语言对在GEO数据库中检索到的芯片表达矩阵数据进行差异分析,得到1 246个差异表达miRNA分子。其中与预测到的153个miRNA交集得到79个,上调的15个,miR-1827上调最显著;下调的10个,miR-182-5p和miR-125a-5p下调最显著,与靶基因的结合特异性也很好。结论 miR-1827、miR-182-5p和miR-125a-5p能够特异性结合靶基因EV71病毒受体SCARB2,并且在EV71感染前后表达差异显著,可为临床提供诊疗依据。
【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 运用miRWalk
        1.2.2 矩阵分析
        1.2.3 对预测到miRNA与靶基因结合的稳定性和特异性分析并与GEO数据对比
2 结果
    2.1 与受体SCARB2结合的miRNA
    2.2 GEO数据库芯片表达矩阵差异表达基因
    2.3 分析结果
3 讨论

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本文编号：2875721