基于高通量测序技术的恶性疟原虫Plasmodium falciparum3D7虫株红内期新的长链非编码RNA的分析与初步

发布时间：2020-11-14 02:40

　　 疟疾是由疟原虫引起的一种严重的寄生虫病。其中,恶性疟原虫是导致人类疟疾感染致死率最高的病原体。恶性疟原虫的生活史包括在人体内的无性繁殖阶段(红外期和红内期)以及在蚊体内的有性繁殖期(蚊期)。恶性疟原虫在红细胞内期的裂体增殖是疟疾发作的基础,包括从裂殖子侵入红细胞开始的裂殖子期、环状体期、早期和晚期滋养体期直至裂殖体期。研究恶性疟原虫在红细胞内的生长发育过程具有非常重要的意义。长链非编码RNA是一类长度大于200核苷酸并且不具有蛋白编码能力的转录本,占全部非编码RNA的近80%。研究表明,lncRNA可通过繁复的机制参与有机体的各种活动,如表观遗传学修饰、转录和翻译调控以及剪切拼接控制细胞周期、细胞分化和细胞凋亡等。恶性疟原虫基因组转录大量的lncRNA,但这些lncRNA在恶性疟原虫的增殖发育过程中的作用却知之甚少。为了探索恶性疟原虫红内期不同发育阶段的lncRNA表达谱及其特异性。本研究采用山梨醇连续多次处理体外培养并处于环状体的恶性疟原虫虫株,获得高度同步化、窗口小、虫血率高并处于不同生长阶段的恶性疟原虫虫株,选取环期以及裂殖体期构建了2个时期的链特异性文库,并进行Illumina/Solexa双末端测序。通过进一步对环期与裂殖体期的测序数据进行生物信息学分析,序列比对、序列拼接、编码潜能分析预测了55条在红内期特异性表达的lncRNA。其中13条lncRNA通过RT-PCR得到验证,为后期进一步研究恶性疟原虫红内期期特异性表达的lncRNAs的功能提供了基本的数据信息。
【学位单位】：北京协和医学院
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2015
【中图分类】：R382
【部分图文】：

完成其生活史，包括Ｗ下两个阶段：第一阶段：在蚊体内的有性生殖阶段，完成配??子生殖（ｇａｍｅｔｏｇｏｎｙ），继而进行抱子増殖（ｓｐｏｒｏｇｏｎｙ）［５，?６］；第二阶段；在人体??内的无性繁殖阶段，先后寄生于肝细胞和红细胞内（图１）。??Ｓｐ＞ｏｒｏｚｏｉｔｏ?ｇｌａｎｄ??Ｉ?Ｗ?Ｓｐｏｒｏｚｏｉｔｅｓ??盼？?Ｗ??Ｇａｍｅｔｏｃｙｔｅｓ．?＊??图１追原虫生活史模式图巧］??拒原虫在人体肝细胞内发育的阶段称红细胞外期（ｅｘ〇－ｅ巧ｔｈｒｏ巧ｔｉｃ巧ｃｌｅ，??简称红外期），红细胞内的发育阶段称红内期（ｅｒｒｔｈｒｏ＾ｔｉｃ巧ｃｌｅ）。红内斯是从??红细胞外期的裂殖子侵入红细胞开始的，侵入的裂殖子先形成环状体，摄取营养，??生长发育，经滋养体、未成熟裂殖体，最后形成含有一定数量裂殖子的成熟裂殖体。??红细胞破裂后，裂殖子释出，其中一部分被巨隨细胞吞隨，其余再侵入其他正常红??细胞，重复其红细胞内期的裂体增殖过程（图２）?［７，引。??５??

经滋养体、未成熟裂殖体，最后形成含有一定数量裂殖子的成熟裂殖体。??红细胞破裂后，裂殖子释出，其中一部分被巨隨细胞吞隨，其余再侵入其他正常红??细胞，重复其红细胞内期的裂体增殖过程（图２）?［７，引。??５??

（ｌｏｎｇＲＮＡｓ，ｌＲＮＡｓ）在全部ＲＮＡ中所占的比例在９４．７％，其中７９．６％是位于细胞??核中，１５．１％定位于细胞质中，这部分ＩＲＮＡｓ有大约４．?５％左右会剪切成转录本长度??小于２００ｎｔ的ＲＮＡ?（ｓｈｏｒｔ?ＲＮＡｓ，ｓＲＮＡｓ）?［２６］（见图３），此类推，可知在哺孰??动物所有的非编码转录本中ＬｎｃＲＮＡ所占的比例最高。??Ｂ?ＭｉｒｒｏｇａＭ?Ｐｏｒｔｉｏｎ?ｏｆ?Ｇｃｎｏｍ??｜４１Ｖ１．２ＳＳｉ７１．１Ｓ４ｎｔｓ）??Ｉ??ＮｏｍｔｄｕｍＵｎｔ?Ｕｎｉｏｎ?ｏｆ?Ｔｎｎｔｃｒｉｂｅｄ?ＮｕｃｌｅｏｔｉｄＭ?Ｏｂｓ？ｆｖ？ｄ?ｉｎ?Ｌｃａ９?ａｎｄ?Ｓｈｏｒｔ?ＲＨＡｓ?ｉｎ?Ｔｗｏ?Ｃｅｉｌ?Ｌｉｎｅｓ??（１５Ｂ．７ＳＯ．妨化?１２７?％?ｏｆ?伽ｒｒ〇９ａｔｅ＜ｔ?６？ｎｏｍｅ＞??Ｅ?化山化?ｅｆｙ?Ｌｏｎｇ?Ｎｕｃｌｗ?ＲＮＡ?Ｌｗｇ?ｈｃｌｕｓｉｖａｌｙ??泌ｏｒｔＲＮＡｓ?Ｉ?＊１＊?Ｖ＊ｉ?Ｃｙｔｏｓｏ化ＲＮＡ??■?７９．６％??５前?化??ＬｏｎｇＥｘｄｕｗｖｅｉｙ?Ｉ?？?ＪＴ§?ｆｉｕｃｌｅｔｒＷ??Ｉ?Ｍ．３％?ｉＣｙｔｏｗＵｃＲＮＡ??？？?ｙ?ｒ?Ｔ??１?ｉ?ｉ??Ｖ，?Ｉ?＞?ｆ??＾?ｉｖｋ?ｍ?１０％??Ｘ?？?？?丄??、＊■．Ｉ．１：－＇：?＇?Ｉ?？??＇?卑游奸觀??？?１?？＊．－?ｉ?－?．?Ｉ??Ｉ??ＴｏＷ?Ｓｈｏｒｔ?ＲＮＡｉ??９９％??图３转录本长度大于２（Ｘ）ｎｔ的ＩＲＮＡ在基因姐中比例（引自参考文献［２引）??ＩｎｃＲＮＡ可由基因组上的任意位点转录产生［２引
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本文编号：2882970