问号钩端螺旋体GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学分析

发布时间：2021-02-09 13:51

　　目的分析问号钩端螺旋体（钩体）环二鸟苷酸（Cyclic dimeric-GMP,c-di-GMP）调节相关的GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学结果,为后续的功能研究奠定基础。方法 PSI-BLAST方法分析编码GGDEF和EAL/HDGYP结构域蛋白的基因;利用相应生物信息学软件对蛋白信号肽序列、跨膜序列、蛋白结构、同源性进行分析并构建目的蛋白进化树。结果问号钩体中22个蛋白分别含有GGDEF或EAL/HD-GYP结构域,多数蛋白均有感受器结构域和跨膜区。7个具有PAS输入感受器的GGDEF结构域蛋白进化较为独立,位于单独的一个分支,其余6个GGDEF结构域蛋白则分散在不同的分支上。4个EAL结构域蛋白和2个HD-GYP结构域蛋白进化上也较为独立,分别处于同一进化分支。3个GGDEF和EAL结构域耦合的蛋白在进化关系上更趋向于PDE活性蛋白。结论钩体具有多拷贝的合成和降解c-di-GMP相关蛋白编码基因,表明在钩体中c-di-GMP网络具有高度复杂性,同时反映出钩体对环境条件的改变具有复杂的应对机制。 

【文章来源】：中国人兽共患病学报. 2016,32(02)北大核心

【文章页数】：5 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1钩体基因组
    1.2蛋白序列分析
    1.3进化树构建
2 结果
    2.1 GGDEF和EAL结构域蛋白编码基因的多样性
    2.2预测的GGDEF结构域蛋白催化活性
    2.3 GGDEF和EAL/HD-GYP蛋白中的传感器结构域
    2.4 GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白的进化分析
3 结论



本文编号：3025731