呼吸道病毒核酸捕获与富集技术研究

发布时间：2021-02-10 02:55

　　呼吸道病毒是引起呼吸道感染的主要病原,其变异频繁。突变可增加病毒传播力、致病性,产生耐药,形成新的型别,是导致新发突发传染病的重要病原。因此,在呼吸道传染病防控中,检测并鉴定其基因组序列信息,是明确基因变异特征,评估病毒潜在流行传播特征和致病性的关键。下一代测序技术突破了传统的分离培养和基于已知序列设计引物鉴定病原的局限性,已广泛用于各种样本中病原基因组序列的获取。但高丰度的宿主基因组使得深度测序从临床样本中中获取病毒基因组序列受到很大干扰,近年发展了多种富集技术,以提高深度测序对临床样本中病毒基因组的获取,其中基于二代测序的的靶向捕获富集探针体系被认为是开启了分子检测的新时代。目前有两篇报道提出病毒捕获体系设计策略,在测序灵敏度和基因组覆盖度上均具有较好结果。由于其针对所有脊椎动物病毒,受限于当前商品化合成探针最高为200兆库容限制,探针设计仅用各物种中的一条或几条基因组序列作为参考,不足以鉴定基因多态性。因此,针对不同感染症候群病毒病原设计针对性的富集捕获体系成为趋势。呼吸道病毒由于其序列多态性强,如何优化探针的设计,采用何种探针合成策略,如何优化建库条件是建立这一富集体系需要解决... 

【文章来源】：北京协和医学院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：83 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略词表
引言
1. 实验材料与方法
    1.1 实验材料
        1.1.1 样本
        1.1.2 主要试剂
        1.1.3 主要仪器设备
        1.1.4 生物信息分析软件
    1.2 实验方法
        1.2.1 探针设计
        1.2.2 捕获富集探针的样本制备
        1.2.3 建库样本DNA制备
        1.2.4 二代测序建库
        1.2.5 杂交捕获建库
        1.2.6 测序与数据前处理
        1.2.7 统计分析
2. 结果
    2.1 探针序列库的建立
        2.1.1 小RNA病毒科肠道病毒属
        2.1.2 冠状病毒
        2.1.3 流感病毒
        2.1.4 副流感病毒
        2.1.5 呼吸道合胞病毒、偏肺病毒、博卡病毒和腺病毒
    2.2 探针的设计
        2.2.1 去冗余的序列相似度阈值分析
        2.2.2 过滤去除与宿主基因组相似的探针序列
        2.2.3 信息质控
    2.3 探针库靶向富集效率分析
        2.3.1 测试库制备
        2.3.2 富集捕获效率分析
    2.4 富集探针在临床样本中的捕获效率分析
讨论
小结
附录
参考文献
在学期间发表的学术论文
致谢



本文编号：3026671