山羊椎间盘退变相关基因Sox9密码子偏爱性分析

发布时间：2021-08-25 10:43

　　为了明确Sox9基因密码子的使用特征,揭示山羊和其他物种Sox9基因的进化规律,为建立骨科腰椎间盘退变动物模型提供基础研究试验依据,此研究利用生物信息学软件CodonW、Usage Codon和DNAMAN分析山羊Sox9基因完全编码区密码子偏爱性,比较不同物种Sox9基因密码子偏爱指标,基于完整编码区序列生成了亲缘关系进化聚类图,计算出每个物种Sox9基因的总变异值。分析显示山羊Sox9基因中有26个偏好使用密码子以G/C为第三位碱基;夜猴、家犬、原鸡、大猩猩、人、恒河猴、小家鼠、家兔、绵羊、黑猩猩、婆罗洲猩猩和褐家鼠等12个物种在密码子使用上与山羊Sox9基因基本相似,但是在编码丙氨酸、脯氨酸和苏氨酸等个别氨基酸时,原鸡和小家鼠及褐家鼠与其他物种的密码子偏爱性存在差异。Sox9基因偏好使用以G/C结尾的密码子。亲缘关系进化聚类图和不同物种RSCU值显示Sox9基因密码子偏好性与亲缘关系的远近存在关联性。 

【文章来源】：家畜生态学报. 2019,40(12)北大核心

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

不同物种Sox9基因CDS区的聚类树状图括号中数值为物种的总变异值

【参考文献】：
期刊论文
[1]山羊BMPR-IB基因密码子偏好性及聚类分析[J]. 杨佳栋,刘月琴,张英杰.  生物技术. 2017(02)
[2]Sox9在临床常见疾病中的研究进展[J]. 冯爽,隋晓栋,李丹,张莉,杨志诚.  中华临床医师杂志(电子版). 2016(24)
[3]甜瓜蔗糖转化酶基因的密码子偏好性分析[J]. 赵莉,李思怡,张立虎,李冠.  生物信息学. 2016(02)
[4]普通羊肚菌密码子偏好性分析[J]. 吕贝贝,吴潇,蒋玮,于海龙,金剑锋,陈雷,谭琦,唐雪明.  食用菌学报. 2016(01)
[5]兰科植物FT基因的密码子偏性分析[J]. 罗火林,张亚楠,罗丽萍,熊冬金,杨柏云.  分子植物育种. 2016(01)
[6]真菌漆酶基因的密码子偏好性分析[J]. 段庆虎,张应香,龚凤萍,竹玮,韩玉玲,尹川川,祁玉良,段仁周.  江西农业学报. 2015(05)
[7]Sox9和Ⅱ型胶原蛋白在人腰椎间盘退变中的表达及意义[J]. 黄秀芳,原向伟.  中国医药科学. 2014(03)
[8]脊柱椎体切除融合山羊模型的建立[J]. 武云涛,朱庆三,侯庆先,李然.  中国老年学杂志. 2011(04)
[9]几种植物waxy基因的密码子用法特性分析[J]. 刘汉梅,赵耀,顾勇,张怀渝,黄玉碧.  核农学报. 2010(03)
[10]密码子偏性的分析方法及相关研究进展[J]. 吴宪明,吴松锋,任大明,朱云平,贺福初.  遗传. 2007(04)

硕士论文
[1]重组腺病毒介导Sox9表达对人椎间盘细胞退变的影响[D]. 邱如标.郑州大学 2016
[2]SOX9基因与人颈椎间盘退变相关性的初步研究[D]. 程勇军.第二军医大学 2012



本文编号：3361966