肠道Prevotella菌的系统发育与比较基因组学分析
发布时间：2021-09-19 21:39
Prevotella属是人肠道微生物三大肠型代表菌之一,同时也是人肠道微生物的核心菌属之一。多项研究表明Prevotella属或P.copri与胰岛素抵抗、类风湿关节炎和高血压等疾病呈正相关,而与运动障碍症帕金森病和自闭症等呈负相关。然而对于如此重要的肠道微生物,对其分类学和基础生物学研究存在许多不足乃至空白。一方面,对该属甚至该科的系统发生关系和分类学缺乏系统认识,另一方面对其基因组成特征、代谢特性和人群分布差异等问题也亟待回答。综合以上因素,本研究以Prevotella菌为研究对象,通过生物信息学手段结合厌氧纯培养实验,利用公开发表的数据和本实验室的调查实验,在全球范围内对人肠道Prevotella菌的系统发生和宿主分布特征进行研究,对P.copr 物种做比较基因组学分析,并且针对Prevotella属不同分类学精度进行引物设计,结果表明:1)综合利用16SrRNA基因和来自人肠道IGC数据库的gyrB基因进行系统发生分析,结果首次展示了在哺乳动物肠道内特异性共生且在Prevotella属内相对独立的P.copri系统群的存在。2)基于对IGC数据库数据的深入挖掘和本研究在福州和厦...
【文章来源】：厦门大学福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：110 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－２?７６份样品的（ｉ多样性
库（ｎ＝５５８）、其他研究的分离菌株（ｎ＝２）和本研宄分离菌株（ｎ＝５）。经过质控??等步骤后，共有５２７条序列进入后续系统发生分析。我们分别使用ＭＥＧＡ?６．０６??中的邻接法和最大似然法构建了?Ｐｒｅｖｏｆｃ／／ｆｌ属的系统发生树（图３－５），结果都显??Ｉ??７Ｋ户组成ｆ?Ｐｒｅｖｏｔｅ／／ａ属内的相对独ａｌ演化的一个系统发生群（ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ??ｃｌａｄｅ）。该系统群共由来自本实验室的分离菌株和其他研宄的４０条序列组成，群??外与群内Ｚ３?ｃｏｐｒ／最接近的１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因序列相似度小于９３％，基本上己达到??属间差异［１５６］。然而需要特别指出的是，虽然该系统群内来自本实验室的两株菌??（Ｙ７ＸＰ和Ｙ７ＦＧ）以及来自印度的ＮＭＰＺ０１菌株［１２６］与Ｐ?ｃｏｐｒ／?ＤＳＭ?１８２０５的??１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因相似度约为９８％，但如图３－４所示，它们基因组间平均核苷酸一??致性已低于同种的９５％?（与ＤＳＭ?１８２０５的基因组数据ＡＮＩ值８４％左右，且它们??之间也并非同种），这表明该系统群并非由单一物种组成，其中存在被错误划分??为户的潜在新种。??（―?Ｙ８ＣＳ?▲??Ｌ－ＯＳＭ１８２０５?＞＜?９６，４?＞??ｒ￣??ｒ?ＹＦ２?Ｘ＾＇Ｘ?８４８?乂８５１?入??Ｌ??Ｌ?ＹＧ５??８４７?８Ｓ．２?８４．８?＾??—?Ｙ７ＦＧ?Ｘ?＞＜?８４?９?Ｘ??—?＊＊］＞－：??—Ｙ７ＸＰ?＾＾?８７８?Ｖ??今
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【参考文献】：
期刊论文
[1]肠道菌群与健康、疾病和药物作用的影响[J]. 刘昌孝. 中国抗生素杂志. 2018(01)
[2]肠道菌群与人体健康的研究热点与进展[J]. 陈卫,田培郡,张程程,翟齐啸. 中国食品学报. 2017(02)
[3]肠道微生物与人体健康的研究进展[J]. 翟齐啸,田丰伟,王刚,陈卫. 食品科学. 2013(15)
[4]环境微生物培养新技术的研究进展[J]. 王保军,刘双江. 微生物学通报. 2013(01)
[5]30株大肠杆菌的泛基因组学特征分析[J]. 付静,秦启伟. 遗传. 2012(06)
[6]海藻工具酶——褐藻胶裂解酶研究进展[J]. 李丽妍,管华诗,江晓路,郝剑君. 生物工程学报. 2011(06)
[7]利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定[J]. 喻国辉,牛春艳,陈远凤,陈燕红,杨紫红. 中国生物防治. 2010(02)
[8]gyrB基因在细菌分类和检测中的应用[J]. 安然,易图永,肖启明,邓子牛. 江西农业学报. 2010(04)
博士论文
[1]以健康人和大熊猫为模型的哺乳动物肠道菌群多样性分布与核心功能种属的研究[D]. 薛正晟.上海交通大学 2015
[2]固氮类芽胞杆菌的分离鉴定及比较基因组学研究[D]. 谢剑波.中国农业大学 2015
[3]褐藻胶裂解酶系的酶化学、产物分析及应用研究[D]. 李丽妍.中国海洋大学 2011
硕士论文
[1]不同野生动物肠道微生物多样性分析及功能初步研究[D]. 赵晗旭.吉林农业大学 2015
本文编号：3402379
【文章来源】：厦门大学福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：110 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－２?７６份样品的（ｉ多样性
库（ｎ＝５５８）、其他研究的分离菌株（ｎ＝２）和本研宄分离菌株（ｎ＝５）。经过质控??等步骤后，共有５２７条序列进入后续系统发生分析。我们分别使用ＭＥＧＡ?６．０６??中的邻接法和最大似然法构建了?Ｐｒｅｖｏｆｃ／／ｆｌ属的系统发生树（图３－５），结果都显??Ｉ??７Ｋ户组成ｆ?Ｐｒｅｖｏｔｅ／／ａ属内的相对独ａｌ演化的一个系统发生群（ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ??ｃｌａｄｅ）。该系统群共由来自本实验室的分离菌株和其他研宄的４０条序列组成，群??外与群内Ｚ３?ｃｏｐｒ／最接近的１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因序列相似度小于９３％，基本上己达到??属间差异［１５６］。然而需要特别指出的是，虽然该系统群内来自本实验室的两株菌??（Ｙ７ＸＰ和Ｙ７ＦＧ）以及来自印度的ＮＭＰＺ０１菌株［１２６］与Ｐ?ｃｏｐｒ／?ＤＳＭ?１８２０５的??１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因相似度约为９８％，但如图３－４所示，它们基因组间平均核苷酸一??致性已低于同种的９５％?（与ＤＳＭ?１８２０５的基因组数据ＡＮＩ值８４％左右，且它们??之间也并非同种），这表明该系统群并非由单一物种组成，其中存在被错误划分??为户的潜在新种。??（―?Ｙ８ＣＳ?▲??Ｌ－ＯＳＭ１８２０５?＞＜?９６，４?＞??ｒ￣??ｒ?ＹＦ２?Ｘ＾＇Ｘ?８４８?乂８５１?入??Ｌ??Ｌ?ＹＧ５??８４７?８Ｓ．２?８４．８?＾??—?Ｙ７ＦＧ?Ｘ?＞＜?８４?９?Ｘ??—?＊＊］＞－：??—Ｙ７ＸＰ?＾＾?８７８?Ｖ??今
库（ｎ＝５５８）、其他研究的分离菌株（ｎ＝２）和本研宄分离菌株（ｎ＝５）。经过质控??等步骤后，共有５２７条序列进入后续系统发生分析。我们分别使用ＭＥＧＡ?６．０６??中的邻接法和最大似然法构建了?Ｐｒｅｖｏｆｃ／／ｆｌ属的系统发生树（图３－５），结果都显??Ｉ??７Ｋ户组成ｆ?Ｐｒｅｖｏｔｅ／／ａ属内的相对独ａｌ演化的一个系统发生群（ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ??ｃｌａｄｅ）。该系统群共由来自本实验室的分离菌株和其他研宄的４０条序列组成，群??外与群内Ｚ３?ｃｏｐｒ／最接近的１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因序列相似度小于９３％，基本上己达到??属间差异［１５６］。然而需要特别指出的是，虽然该系统群内来自本实验室的两株菌??（Ｙ７ＸＰ和Ｙ７ＦＧ）以及来自印度的ＮＭＰＺ０１菌株［１２６］与Ｐ?ｃｏｐｒ／?ＤＳＭ?１８２０５的??１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因相似度约为９８％，但如图３－４所示，它们基因组间平均核苷酸一??致性已低于同种的９５％?（与ＤＳＭ?１８２０５的基因组数据ＡＮＩ值８４％左右，且它们??之间也并非同种），这表明该系统群并非由单一物种组成，其中存在被错误划分??为户的潜在新种。??（―?Ｙ８ＣＳ?▲??Ｌ－ＯＳＭ１８２０５?＞＜?９６，４?＞??ｒ￣??ｒ?ＹＦ２?Ｘ＾＇Ｘ?８４８?乂８５１?入??Ｌ??Ｌ?ＹＧ５??８４７?８Ｓ．２?８４．８?＾??—?Ｙ７ＦＧ?Ｘ?＞＜?８４?９?Ｘ??—?＊＊］＞－：??—Ｙ７ＸＰ?＾＾?８７８?Ｖ??今
【参考文献】：
期刊论文
[1]肠道菌群与健康、疾病和药物作用的影响[J]. 刘昌孝. 中国抗生素杂志. 2018(01)
[2]肠道菌群与人体健康的研究热点与进展[J]. 陈卫,田培郡,张程程,翟齐啸. 中国食品学报. 2017(02)
[3]肠道微生物与人体健康的研究进展[J]. 翟齐啸,田丰伟,王刚,陈卫. 食品科学. 2013(15)
[4]环境微生物培养新技术的研究进展[J]. 王保军,刘双江. 微生物学通报. 2013(01)
[5]30株大肠杆菌的泛基因组学特征分析[J]. 付静,秦启伟. 遗传. 2012(06)
[6]海藻工具酶——褐藻胶裂解酶研究进展[J]. 李丽妍,管华诗,江晓路,郝剑君. 生物工程学报. 2011(06)
[7]利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定[J]. 喻国辉,牛春艳,陈远凤,陈燕红,杨紫红. 中国生物防治. 2010(02)
[8]gyrB基因在细菌分类和检测中的应用[J]. 安然,易图永,肖启明,邓子牛. 江西农业学报. 2010(04)
博士论文
[1]以健康人和大熊猫为模型的哺乳动物肠道菌群多样性分布与核心功能种属的研究[D]. 薛正晟.上海交通大学 2015
[2]固氮类芽胞杆菌的分离鉴定及比较基因组学研究[D]. 谢剑波.中国农业大学 2015
[3]褐藻胶裂解酶系的酶化学、产物分析及应用研究[D]. 李丽妍.中国海洋大学 2011
硕士论文
[1]不同野生动物肠道微生物多样性分析及功能初步研究[D]. 赵晗旭.吉林农业大学 2015
本文编号：3402379
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