新疆柯尔克孜族人群PPARG基因重组热点遗传定位及糖尿病关联研究

发布时间：2017-05-25 00:07

  本文关键词：新疆柯尔克孜族人群PPARG基因重组热点遗传定位及糖尿病关联研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：真核生物减数分裂过程中基因组某些区域会发生较其他区域高的重组频率,这些区域被称作重组热点。重组热点对连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)的形成有极大的影响,利用LD进行遗传作图,有助于识别致病基因,从而有效识别引起人类疾病及其对药物反应的遗传易感基因或变异位点,为临床疾病的诊治提供科学依据。本课题研究PPARG基因31个遗传标记(SNP)位点在柯尔克孜族对照组与病例组间发生的重组事件及特征,同时对表现型正常的对照组和病例组在31个SNP位点上出现不同的基因型频率来进行关联研究,推测所研究基因的遗传标记多态性和糖尿病易感位点之间是否存在因果关系。本论文工作包括以下两部分内容:1.新疆柯尔克孜族人群PPARG基因重组热点遗传定位及其特性分析本研究首先在从“Hap Map ENCODE区”中选取具较多重组热点、已深入研究过的,国内外糖尿病研究领域关注的PPARG基因来进行研究,以使本项目的结果具有可比性。下一步,选择遗传间隔、分布位置适当、被验证过的、MAF≥0.05的31个SNPs作为本研究的遗传标记。(1)采用飞基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)来检测SNP位点,Mass ARRAY分子量分型技术来基因分型;(2)采用Hotspot Fisher法进行重组率推断,结果显示,在染色体某些区域同一位点上的重组率变化与重组强度在同一种族的不同组别间和不同人群间存在很大的差异,并在某些区域的重组率变化存在明显性别差异;(3)采用haploview软件分析重组图谱,结果在Hap Map示意图中我们所研究区域内发现了6个重组热点,不过在我们资料组只有最后5个SNPs出现一个重组热点;(4)采用Hap Map软件来进行连锁不平衡(LD)分析,结果在柯尔克孜族病例组五个单体域的连锁不平衡系数D′为0.91,D′1说明两个位点间发生了历史重组,完全LD被破坏;柯尔克孜族对照组和维吾尔族对照组中五个单体域的连锁不平衡系数D′为1,D′=1说明两个位点没有被重组分开,处于完全的连锁不平衡状态。2.柯尔克孜族人群PPARG基因31个SNP位点多态性与2型糖尿病关联研究首先借于MAF值来进行Hardy—Weinberg遗传平衡定律检验,结果所选的31个SNPs中23个SNPs具有群体代表性(P≥0.05);(1)采用SPSS软件t检验来进行对照组和病例组间基本临床信息比较,结果显示,两组间在血压(SBP、DBP)、腰臀比值、血糖、总胆固醇、低密度脂蛋白水平差异有统计学意义,(P≤0.01);(2)SPSSχ2检验来分析PPARG基因23个SNPs在对照组和病例组间的基因型和等位基因频率,结果显示rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162位点基因型和等位基因频率在两组间均有显著统计学差异,(P≤0.05);(3)χ2检验来分析柯尔克孜族男女对照组和病例组间的基因型和等位基因型频率,结果显示,rs6782475位点基因型和等位基因频率在男性和女性对照组间有统计学差异,(P≤0.05);rs4684846、rs7615916位点基因型频率在男性和女性病例组间有统计学差异,(P≤0.05),等位基因频率差异没达到统计学意义;(4)χ2检验来分析单个SNP位点不同遗传模型下在对照组和病例组间的基因型频率分布,结果显示,rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2921190、rs2959272、rs1875796、rs4135275、rs1151999位点在不同遗传模型下基因型频率分布在两组间差异有统计学意义,P≤0.05;(5)统计分析维吾尔族健康对照组人群PPARG基因23个SNPs的基因型和等位基因频率,并采用χ2检验来分析维吾尔族男女两组间的基因型和等位基因频率,结果男女两组间差异没达到统计学意义;(6)χ2检验来分析柯尔克孜和维吾尔族、CHB(北京汉族)、CEU(欧洲北部和西部犹他州居民)、YRI(伊巴丹尼日利亚人)人群间的基因型和等位基因频率比较,结果显示,rs1175540、rs17036242、rs2881654、rs2959273、rs2972162、rs4135275、rs709151、rs9310401、rs1801282位点在柯尔克孜族和维吾尔族人群间基因型和等位基因分布频率均有显著统计学差异(P≤0.05);rs2292101、rs3856806、rs7626560位点在柯尔克孜族和CHB人群间基因型和等位基因分布频率均有显著统计学差异(P≤0.05);rs2292101、rs2959273、rs3856806、rs4684846、rs6782475、rs7615916、rs7626560、rs9817428位点在柯尔克孜族与CEU人群间基因型和等位基因分布频率差异有统计学意义,(P≤0.01);在rs1151999、rs1175540、rs1875796、rs1899951、rs2292101,rs2881654、rs2921190、rs2938397、rs2959272、rs2959273、rs2972162、rs3856806、rs4135247、rs4135275、rs4684846、rs6782475、rs709151、rs7626560、rs1801282,位点在柯尔克孜族与YRI人群间基因型和等位基因分布频率有显著统计学差异,(P≤0.05)。本研究结果进一步可以证明不同人群中在染色体某些区域的重组率变化可能存在很大差异,可能存在种群特异性的重组热点/或同一热点位置的重组强度各不相同,可能在某些区域的重组率变化存在性别差异。关联分析中发现rs1801282、rs1899951、rs2881654位点多态性可能是新疆克尔克孜人群2型糖尿病的易感基因位点。
【关键词】：重组热点 PPARG基因 SNP 柯尔克孜族
【学位授予单位】：新疆大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R587.1;R394
【目录】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第一部分 新疆柯尔克孜族人群PPARG基因重组热点遗传定位及其特性分析9-41
• 一.引言9-14
• 1.重组热点研究意义9-10
• 2.重组热点研究进展10-11
• 3.重组热点的方法学研究进展11-12
• 4.基因重组与连锁不平衡关系12-13
• 5.确定待检染色体区段及所采用的分子标记13-14
• 二.材料与方法14-25
• 1.标本的采集14-15
• 1.1 研究对象14
• 1.2 体格检查及临床生化指标检测14
• 1.3 纳入标准14-15
• 1.4 血标本处理15
• 1.5 建立T2DM遗传资源数据库15
• 2.基因组DNA的提取15-17
• 2.1 主要试剂及来源15
• 2.2 血液样品基因组提取步骤15-16
• 2.3 实验仪器16-17
• 3.PPARG基因多态性检测17-21
• 3.1 纳入研究的T2DM易感基因17
• 3.2 SNPs分子标记筛选17
• 3.3 SNPs基因型分析17-18
• 3.4 主要仪器与试剂18-19
• 3.5 基因分型的技术路线19
• 3.6 引物设计19-20
• 3.7 PCR反应20-21
• 3.8 树脂纯化21
• 4. 重组热点计算步骤21-25
• 三.结果与分析25-35
• 3.1 分析柯尔克孜族人群对照组和病例组，维吾尔族对照组间的重组率25
• 3.2 柯尔克孜族人群男女病例组间的重组率比较25
• 3.3 维吾尔族人群男女对照组间的重组率比较25-30
• 3.4 PPARG基因的重组热点和连锁不平衡分析30-35
• 四.讨论35-38
• 五.参考文献38-41
• 第二部分 柯尔克孜族人群PPARG基因 31个SNP位点的多态性与2型糖尿病的关联研究41-65
• 一.引言41-43
• 1.糖尿病概况41
• 2.单核苷酸多态性研究41-42
• 3.PPARG基因结构与功能42-43
• 二.材料与方法43-44
• 1.标本的采集43
• 2.基因组DNA的提取（同第一部分，材料与方法 2 ）43
• 3.PPARG基因多态性检测（同第一部分，材料与方法 3 ）43
• 4.统计学处理43-44
• 三.结果44-59
• 1.对照组-病例组间临床信息比较44-45
• 2.Hardy—Winberg平衡吻合度检验45-46
• 3.31个SNP位点在柯尔克孜族对照组和病例组间的基因型分布频率46-47
• 4.23个SNP位点在柯尔克孜族对照组和病例组间的等位基因分布频率47-48
• 5.23个SNP在柯尔克孜族男女对照组间的基因型和等位基因型分布特征48-49
• 6.23个SNP位点在柯尔克孜族男女病例组间的基因型和等位基因分布49-50
• 7.单个SNP位点在不同遗传模型下基因型频率分布50-53
• 8.23个SNP位点在维吾尔族健康对照组的基因型和等位基因分布特征53-54
• 9.23个SNP位点维吾尔族男女对照组间的基因型和等位基因频率54-55
• 10.23个SNP位点柯尔克孜族和维吾尔族人群间基因型和等位基因频率比较55-56
• 11.23个SNPs柯尔克孜族人群与CHB、CEU、YRI人群的基因型和等位基因型频率比较56-59
• 四.讨论59-61
• 五.参考文献61-65
• 附件1基因分型plot图65-68
• 附件 2 LD图68-70
• 附录3英文缩写70-71
• 论文发表情况71-72
• 致谢72-73

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前2条

1 王娟;;人类基因组SNPs的研究现状及应用前景[J];生命科学;2006年04期

2 姬森林;黄青阳;;PPARγ变异与复杂疾病[J];遗传;2006年08期

  本文关键词：新疆柯尔克孜族人群PPARG基因重组热点遗传定位及糖尿病关联研究，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：392289