基于转录组学分析预测潜在的γ-和β-珠蛋白基因表达调控因子

发布时间：2025-03-17 21:30

　　 目的预测潜在的γ-和β-珠蛋白表达调控因子,为珠蛋白基因表达调控研究提供新的思路。方法从GEO数据库中下载γ-和β-珠蛋白基因差异表达相关的两组RNA-seq数据,利用分化各时期共同存在的不同组织来源细胞间的差异表达基因及其预测出的上游调控因子,通过STRING数据库、Centiscape软件进行潜在调控因子的预测。结果除预测到BCL11A、NF-E2、YY1和GATA1等已知的γ-和β-珠蛋白基因表达调控因子外,从两组数据共同预测出14个潜在调控因子。结论分析预测出的包括MAPK1、TNF和IFNG等潜在的调控因子可能调控γ-和β-珠蛋白基因表达,需要近一步的分子生物学实验证实。

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【部分图文】：

图1外周血与胎肝来源间差异表达基因及上游调控因子间的蛋白质间相互作用网络图Fig1Protein-proteininteractionnetworkofdifferentiallyexpressedgenesandupstreamregulatorsderivedfromperipheralbloodandfetalliver

基础医学与临床Basic＆ClinicalMedicine2018.38(11)行上游调控因子的预测，共预测出30个，如表2所示前20个。2.3γ-和β-珠蛋白基因表达调控因子的预测过STＲING数据库和Cytoscape对外周血与胎肝来源间不同分化时期共有的635个差异表达基因....

图２胎肝期Ｙ－珠蛋白向成年型ｐ－珠蛋白基因表达转换的调控网络示意图??众多转录因子和辅助因子参与到了胎肝期７－珠蛋白向Ｐ－珠蛋白基因表达转换过程中

使ＬＣＲ与ｙ－珠蛋白基因启动子相互靠近；在成年期红细胞中，ＬＣＲ会与Ｐ－珠??蛋白基因启动子相互靠近［２２］。??如图２所示，众多调控Ｙ－和（３－珠蛋白基因表达的转录因子并不是独立地调控??珠蛋白基因表达，而是各因子间相互协调，在多层次的调控网络中发挥调控功??能。??Ｉ??丄?....

图３本研究实验设计的技术路线图??

图３本研究实验设计的技术路线图??

图６红系分化第１１天和第１４天外周血与胎肝来源细胞间差异表达基因的筛选和聚类分析??（Ａ）分化第〗１天，外周血与胎肝来源相比有４０９个基因表达上调，３１７个基因表达下??调；分化第１１天，外周血与胎肝来源相比有７１８个基因表达上调，７９８个基因表达下调??（Ｂ）?（Ｃ）利用红系分化第１１天和第１４天的外周血与胎肝来源间的差异表达基因绘制??热图和韦?

图６红系分化第１１天和第１４天外周血与胎肝来源细胞间差异表达基因的筛选和聚类分析??（Ａ）分化第〗１天，外周血与胎肝来源相比有４０９个基因表达上调，３１７个基因表达下??调；分化第１１天，外周血与胎肝来源相比有７１８个基因表达上调，７９８个基因表达下调??（Ｂ）?（Ｃ）利用红系分....

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