基于多维液相色谱质谱组合分析的痢疾杆菌蛋白质基因组学

发布时间：2017-08-23 23:10

  本文关键词：基于多维液相色谱质谱组合分析的痢疾杆菌蛋白质基因组学

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【摘要】：目的应用多维液相色谱质谱组合体系为基础的蛋白质组学方法对福氏痢疾杆菌基因组注释进行完善。方法痢疾杆菌福氏2a型301株(Sf2a301)的全菌蛋白经胰酶消化,二维液相色谱分离后进行MALDI-TOF/TOF和ESI-MS/MS组合鉴定,质谱数据分别应用MASCOT和SEQUEST软件检索基于Sf2a301全基因组构建的6个读码框数据库,完成对原基因组注释的验证和补充。结果研究表明多维液相色谱质谱组合体系能够增加鉴定蛋白的覆盖率,共鉴定Sf2a301的1231个蛋白编码基因产物,涵盖了COGs数据库22个功能分类组中的20个,包含306个功能未知的假定蛋白。发现了9个未注释的基因,得到RT-PCR和Northern blot的进一步验证。新基因大多数是重叠基因,包含3个嵌套基因。结论多维液相色谱质谱组合体系相对于单一的串联质谱技术能够更加有效验证、补充痢疾杆菌的基因组注释,更新后的基因组注释库为今后开展痢疾杆菌功能研究提供更多的靶点。
【作者单位】： 华北理工大学生命科学学院;
【关键词】： 福氏痢疾杆菌 基质辅助激光解吸电离 电喷雾电离 蛋白质基因组学 基因组注释
【基金】：国家自然科学基金(No.81302323) 河北省高等学校科学技术研究项目(No.QN20131059) 华北理工大学培育基金项目(No.GP201518);华北理工大学博士科研启动基金联合资助~~
【分类号】：R378.25
【正文快照】： 痢疾杆菌(Shigella)是一种引起人类和灵长类动物细菌性痢疾的革兰氏阴性杆菌。细菌性痢疾是世界上尤其是发展中国家高发的急性肠道传染病,每年有超过100万人死亡。福氏痢疾杆菌(S.flexneri)是发展中国家引起菌痢的主要菌种,在我国福氏痢疾杆菌引起的感染占60%[1]。我国于2001

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本文编号：727825