VNTR位点对结核分枝杆菌基因分型的研究

发布时间：2018-06-06 00:52

  本文选题：结核分枝杆菌 + 基因分型　； 参考：《浙江预防医学》2014年03期

【摘要】：目的初步评价15个可变串联重复序列(VNTR)位点对结核分枝杆菌临床分离株的分型能力,寻找适合湖州地区结核分枝杆菌基因分型的位点。方法 2011年1—4月连续收集湖州地区结核分枝杆菌临床分离株,采用多位点数目多位点串联系复序列(MLVA)分析方法,对15个VNTR位点进行基因多态性检测,分析单个位点以及15个位点组合的基因分型能力(Hunter-gaston指数,HGDI)。结果分辨率较好的多态性位点有2个:Mtub-21和Mtub-39;分辨率中等的多态性位点共7个:ETR-A,ETR-C,MIRU-10,MIRU-23,MIRU-27,MIRU-40和Mtub-30;分辨率较差的多态性位点有6个:ETR-B,ETR-D,ETR-E,MIRU-16和MIRU-26和MIRU-39。通过计算,本次研究运用15个位点进行基因分型的HGDI为0.99,分辨能力好。结论 VNTR位点对结核分枝杆菌基因的分辨力较好,但还需继续寻找其他丰富多态性的VNTR位点,以便快速分型,提高分辨力。
[Abstract]:Objective to evaluate the ability of 15 variable tandem repeat (VNTR) loci for the typing of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates and to find suitable loci for the genotyping of Mycobacterium tuberculosis in Huzhou. Methods the clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis in Huzhou area were collected from January to April 2011. The gene polymorphisms of 15 VNTR loci were detected by multilocus multiple locus tandem sequence analysis. The genotyping ability of single locus and 15 locus combinations was analyzed and the Hunter-gaston index (HGDIA) was analyzed. Results the polymorphic sites with better resolution were 2: Mtub-21 and Mtub-39, and the middle resolution polymorphic loci were 7: ETR-An ETR-C ~ (1 +) MIRU-10 / MIRU-23 / MIRU-27 / MIRU-40 and Mtub-30, and 6: ETR-BETR-DETR-EETR-EMIRU-16, MIRU-26 and MIRU-3939. The HGDI of 15 loci genotyping in this study was 0.99, and the resolution was good. Conclusion the VNTR locus has better resolution to Mycobacterium tuberculosis gene, but it is necessary to continue to search for other rich polymorphic VNTR loci in order to quickly type and improve the resolution.
【作者单位】： 湖州市疾病预防控制中心;
【分类号】：R378.911

【参考文献】

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本文编号：1984240