一起GⅡ型诺如病毒混合感染疫情的病原鉴定及分析

发布时间：2019-08-05 17:52

【摘要】：目的对无锡1月份暴发的一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以鉴定其病原体,并对其基因进行进一步分型和分析。方法采用实时荧光定量RT-PCR法对10份疫情样本进行诺如病毒I型和II型检测,诺如病毒II型阳性样本经半巢氏RT-PCR扩增,然后进行产物纯化、测序,基因数据库比对,并用Clustal X、MEGA 5.1等分析软件构建序列进化树。结果 10份疫情样本中7份样本测出诺如病毒II型阳性,阳性样本经基因扩增、测序,所获序列经基因数据库比对后发现3个为GII.4型,其余为GII.7型,系统进化树分析显示本次病毒株的RdRp区和衣壳区的N/S区的同源分类相同,证明了没有重组株的存在。结论序列测定和分析结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是GII.4型和GII.7型诺如病毒混合感染所致。
[Abstract]:Objective To study the pathogenic gene sequencing of an outbreak of Norovirus acute gastroenteritis in Wuxi in January, to identify its pathogen and to further classify and analyze its gene. Methods A real-time fluorescence quantitative RT-PCR method was used to detect the virus type I and type II of the 10 epidemic samples. The positive samples of the virus type II were amplified by half-nested RT-PCR, then the product was purified, sequenced, and the gene database was compared. The analysis software, such as the MEGA 5.1, builds the sequence tree. Results Among the 10 cases,7 samples were positive, and the positive samples were amplified by gene and sequenced. The obtained sequence was found to be in the form of GII.4 and the rest was type GII.7. The phylogenetic tree analysis showed that the homologous classification of the N/ S region of the RdRp region and the capsid region of the virus strain is the same, and the existence of no recombinant strain is proved. Conclusion The results of sequence determination and analysis confirm that the epidemic of acute gastroenteritis in Wuxi is caused by the mixed infection of GII.4 and GII.7.
【作者单位】： 无锡市疾病预防控制中心;
【基金】：2013无锡市科技发展资金资助课题(CSE31N1301)
【分类号】：R373;R446.5

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本文编号：2523251