河南汉族群体短串联重复序列的遗传多态性研究

发布时间：2020-04-18 04:31

【摘要】：短串联重复序列(short tandem repeats，STR)是广泛存在于人类基因组的一类具有长度多态性的DNA序列。一般由2～6个碱基构成一个核心序列，核心序列在长度上呈串联重复排列，重复次数通常在15～30次，核心序列拷贝数目的变化可产生长度多态性。一般认为，人类基因组平均每6～10kb就有一个STR基因座，并具有分布广泛，信息量大，有高度多态性并遵循孟德尔共显性遗传等优点，因此成为基因组物理图谱绘制、遗传连锁分析、肿瘤生化研究、法医学个体识别、亲权鉴定、组织移植评价的理想标记。 STR的变异提供了大量的遗传标记，可以用来描述一个群体的遗传结构，在人类学的研究中有着广泛的用途。河南地处中原，人口众多，汉族群体的遗传学特征对中国北方汉族人群有较好的代表性。本实验通过对河南汉族群体15个STR基因座进行复合PCR扩增，以期获得河南汉族群体这些基因座的群体遗传学数据。材料方法：对进行亲子鉴定并无血缘关系的242名河南汉族个体血样经SDS—蛋白酶K—酚—氯仿抽提法提取基因组DNA，用STR复合位点扩增法对CSF1PO、TPOX、THO1、F13A01、FESFPS、vWA、郑州大学2003研究生毕业论文河南汉族短串联重复序列的遗传多态性研究 D165539、D75820、D135317、D125391、D55818、D18551、PAHI3、 D851179、D351358巧个基因座进行扩增，制备6%变性聚丙烯酞胺凝胶，将PCR产物与等位基因分型标准物同步高压电泳，凝胶经过固定、染色、显色三步处理至带型清晰，通过STR各基因座扩增条带与对照等位基因分型标准物的比对，判读各检测个体的基因型。用才检验判断各STR位点的基因型分布是否符合Hardy一Weinberg平衡定律，Power Stats software软件计算各基因座观察杂合度(H)、期望杂合度(He)、个体识别率(DP)、多态性信息含量(P工C)、非父排除率(PE)及匹配概率(PM)，并计算15个位点累积DP、PIC、PM 等统计量。结果:河南汉族人群CSFIPO基因座共有8个等位基因，30种基因型;TPOX基因座存在7个等位基因，18种基因型;THOI基因座存在7个等位基因，巧种基因型;F13A01存在6个等位基因，14种基因型;FESFPS基因座存在7个等位基因，18种基因型;v从人存在 8个等位基因，30种基因型;D165539基因座存在9个等位基因，28 种基因型;D7S82O存在9个等位基因，26种基因型;D135317基因座存在6个等位基因，14种基因型;D125391基因座存在9个等位基因，26种基因型;D55818基因座存在8个等位基因，22种基因型; D18S51基因座存在n个等位基因，47种基因型;PAH13基因座存在 7个等位基因，20种基因型;D851179基因座存在9个等位基因，33 种基因型;D351358基因座存在7个等位基因，16种基因型;巧个位点基因座个体识别率分别为0.88、0.824、0.824、0.842、0.863、 0 .933、0.944、0.926、0.936、0.934、0.911、0.955、0.869、0.952、郑州大学2003研究生毕业论文河南汉族短串联重复序列的遗传多态性研究 0.856，PIC分别为0.71、0.59、0.60、0.62、0.65、0.79、0.80、 0 .76、0.78、0.79、0.74、0.83、0.68、0.82、0.66，15个STR基因座的累积个体识别率为0.9999999999999997，，累积非父排除率为 0.999915，累积个体偶合率3.422 x 10一‘6。对河南汉族、成都汉族、美国黑人、高加索人、西班牙人D7S82O 各等位基因基因频率分布的才检验表明，除了河南汉族与成都汉族外，其它主要人种间全部存在显著性差异。分析304例亲子鉴定案件，联合排除父权的有29例(均有4个以上STR位点不符)，仅一例案件23个位点扩增中出现孩子与父亲单位点不符，推测可能为单位点突变。提示STR应用于法医亲子鉴定时，任何情况下都不能根据单一的STR遗传标记不符而排除父权。结论:1.对巧个STR遗传多态性分析揭示这9个基因座均具有较好的多态性，尤其是vWA、D165539、D7S82O、D135317、D125391、 D55818、D18551、D851179基因座的DP均大于0.9，P工C均大于0.7，为高度多态性基因座，在法医学和人类遗传学应用方面具有较高的价值。2.统计分析了河南汉族人群巧个基因座的基因频率与基因型频率，得出15个STR位点累积个体识别率为0.9999999999999997，累积非父排除率为0.999915，累积个体偶合率3.422 x 10一‘6，即每2.92x 10‘5个人中会有两个个体的基因型完全相同，为利用sTR进行基因定位、遗传病连锁分析、基因诊断等工作提供了群体遗传学数据。3. D7S82O基因座在河南汉族、成都汉族、美国黑人、高加索人、西班牙人的xZ检验表明，除了河南汉族与成都汉族外，各主要人种间全部郑州大学20仍研究生毕业论文河南汉族短串联重复序列的遗传多态性研究存在显著性差异。4.分析n个基因座在参与联合父权排除的贡献度可见，D125391、vWA、D7S82O参与父权排除率均在50%以上(D125391 65%)，这些基因座可作为亲子鉴定的首选基因座。在304例案件中仅出现一例单位点突变，而排除父权的案例中STR位点均出现4个以上的不符位点。提示1个位点不符不能作为排除父权的依据。5.建立了D55818一D125391、D18551一PAH一D851179一D351358基因座复合位点的扩增方法，既节省了实
【学位授予单位】：郑州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2003
【分类号】：R394

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