基于膜显色结果判读的HCV基因分型检测芯片平台构建

发布时间：2020-04-22 03:03

【摘要】：背景与目的：丙型肝炎是一种流行较为广泛的病毒性疾病，是一个对社会及经济有重要影响的全球问题。据估计，，全球有1.7亿人口，即全世界3％左右的人口感染了丙型肝炎病毒(hepatitis C virus，HCV)(世界卫生组织)。HCV归属黄病毒科(Flaviviridae family)的嗜肝病毒属，与其他RNA病毒一样，HCV在复制过程中由于缺乏有效的修复机制，故易发生变异，逃避宿主免疫监视，因无有效疫苗，其感染率呈上升趋势。按其基因组序列异质性程度高低可分基因型(30％)、亚型(20％)及分离株(10％)。不同的基因型其慢性化程度及对干扰素的反应等也不尽相同。目前实验室检测HCV常用免疫学方法和PCR方法，前者检测灵敏度有一定的局限性，如血清中抗原浓度过低或抗体尚未产生(即“窗口期”)会检测不出，若想诊断出大量基因型，此方法更显得无力；PCR方法检测虽可以缩短“窗口期”，但对基因型的检测不仅操作烦琐、费时，且很难实现。本研究目的在于研制一种DNA芯片，通过杂交，尼龙膜显色方法，达到快速、经济、灵敏、准确检测HCV及其基因型的目的。方法：本研究采取的方法是依据基因型的核酸一级结构序列设计相应的探针，然后将合成好的寡核苷酸探针用点样仪点于玻璃片表面，制成DNA芯片，通过杂交，尼龙膜显色方法进行检测HCV及其基因型。首先，构建了7个含丙型肝炎基因型的标准质粒，包括1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a。以这些标准质粒作为实验的材料及参照。根据HCV 5′端非编码区(5′NCR)设计特异型探针和引物，制作DNA芯片。在实验过程中，我们对PCR条件、杂交条件以及显色条件等进行了优化。实验组为60份HCV RNA阳性血清，对照组为20份健康人血清。获得目的片郑州大学2004届硕士学位论文段后与芯片杂交，最后通过尼龙膜上的显色信息判读基因型。同时以测序法进行双盲HCV基因分型对照检测。结果:实验组HCV芯片检测结果均为阳性，对照组均为阴性。实验组基因分型检测结果与测序结果二者符合率为%.7%。结论:表明用基于膜显色结果判读的DNA芯片来检测HCV基因分型具有快速、经济、高特异性和高灵敏度的特性，可以应用于HCV及其基因分型临床检测。
【学位授予单位】：郑州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2004
【分类号】：R346

【参考文献】