棘球属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析

发布时间：2020-12-19 20:49

　　目的利用生物信息学技术分析棘球属绦虫线粒体基因组全序列碱基组成、基因的结构组成及排列、蛋白基因核苷酸序列变异位点、密码子使用情况及偏好性、系统发育等,为研究棘球绦虫系统起源、演化、分类及亲缘关系等提供理论基础。方法从GenBank数据库下载12种棘球属绦虫线mtDNA全序列,并以猪带绦虫作为外类群,构建系统发育树。利用OGDRAW在线分析网站及Vector NTI Express软件,分析mtDNA的组成及排列情况。用Clust-X软件对多个相似序列进行多重序列比对分析;使用Mega4.0软件选择邻接法构建进化树,并分析密码子使用情况;利用RNAfold在线预测网站使用minimum free energy （MFE） and partition function算法预测l-rRNA和s-rRNA二级结构。结果除Eg G1外,棘球绦虫属mtDNA有36个编码基因,包括22个转运RNA基因、12个蛋白基因、2个核糖体RNA基因;但Eg G1 mtDNA最小,只有30个编码基因,在起始编码区缺少6个编码转运RNA的基因,且第一个编码基因不是ND5,而是COX3;编码蛋白的基因核苷酸序列变异... 

【文章来源】：中国人兽共患病学报. 2019年03期 北大核心

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

图３多房棘球绦虫核糖体（ｒＲＮＡ）基因的二级结构ｓ－ｒＲＮＡｌ－ｒＲＮＡ

图４棘球属绦虫系统发育树Ｆｉｇ．４ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆＥｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓｇｅｎｕｓｌａｔａ）分离出一种棘球绦虫，其成虫和幼虫形态、分子遗传特点、寄生宿主范围和地理分布、物种进化等方面与其他棘球属绦虫存在较大差异，具备种间差异条件，并以其首次发现地———四川石渠县命名为石渠棘球绦虫［７－８］。但其能否作为新的种还存在许多疑点，石渠棘球绦虫是否为细粒棘球绦虫或多房棘球绦虫在非适宜宿主中适应性的改变不得而知。由于棘球属绦虫特别是细粒棘球绦虫种内变异现象非常普遍［９］，根据线粒体ＣＯＸ１和ＮＡＤ１基因部分序列的差异，细粒棘球绦虫分为Ｇ１－Ｇ１０１０种不同基因型［１，１０－１２］。随着新的寄生宿主［１３］及生物学特征［１４］被发现，这样的分类依然不尽完善，因此本研究通过分析１２种报道的棘球属绦虫的线粒体基因组序列，为深入了解棘球属绦虫，本文从棘球属绦虫线粒体基因组序列碱基组成、基因结构与排列、密码子使用及偏好、系统发育等进行分析。通过分析发现棘球属线粒体主要有三部分组成包括２２个转运ＲＮＡ基因、１２个蛋白基因、２个核糖体ＲＮＡ基因，但Ｅ．ｇＧ１线粒体基因组发生了重排，只有３０个编码基因，且第一个编码基因不是ＮＤ５，而是ＣＯＸ３，ＮＤ５变为最后一个，重排是种系进化中的稀有事件，重排的规律性可为重建物种演化历史提供重要信息。且Ｅ．ｇＧ１缺少６个编码转运ＲＮＡ，无法转运酪氨酸、亮氨酸、丝氨酸、精氨酸、甘

【参考文献】：
期刊论文
[1]棘球属绦虫分子种系发生研究进展[J]. 李立,娄忠子,闫鸿斌,范彦雷,李建秋,殷宏,贾万忠.  中国人兽共患病学报. 2014(11)
[2]池蝶蚌线粒体基因组全序列分析[J]. 盛军庆,林巧惠,王军花,彭扣,洪一江.  水生生物学报. 2014(02)
[3]线粒体基因在带属绦虫分子分类中的研究进展[J]. 郝桂英.  动物医学进展. 2014(01)

博士论文
[1]林芝藏猪消化道寄生虫调查及蛔虫、细颈囊尾蚴线粒体基因组学研究[D]. 罗厚强.华中农业大学 2017



本文编号：2926552