鄱阳湖流域并殖吸虫宿主动物华溪蟹属淡水蟹类DNA条形码的初步研究

发布时间：2021-01-21 02:55

　　目的:探讨运用DNA条形码标准序列进行鄱阳湖流域并殖吸虫宿主动物华溪蟹属淡水蟹类分类鉴定的可行性,为淡水蟹分类鉴定提供一个标准化的分子分类参照模式。方法:根据不同取材部位对DNA提取效果的影响,优化华溪蟹属淡水蟹类DNA的提取。根据华溪蟹属物种间地理分布、生境模式的差异性,选取分布于鄱阳湖流域的福建华溪蟹（Sinopotamon fukienense）、万载华溪蟹（S.wanzaiense）、修水华溪蟹（S.xiushuiense）、斜缘华溪蟹（S.obliquum）、兰氏华溪蟹（S.lansi）以及资溪华溪蟹（S.zixiense）6个代表性物种,采用线粒体COI、16S r DNA基因片段以及核基因片段ITS2作为分子标记,结合Gen Bank数据库中同属序列片段,经DNA提取、引物筛选、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据处理和分析,在计算得到的遗传距离和所构建系统发生树基础上进行华溪蟹DNA条形码标准基因的选择。结果:使用试剂盒法提取华溪蟹属淡水蟹类步足肌肉,DNA提取浓度可达30 ng/μL,DNA提取效果稳定可靠。在本实验涉及的淡水蟹类个体及类群的识别上,选择16S r DN... 

【文章来源】：南昌大学江西省 211工程院校

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第1章 引言
    1.1 鄱阳湖流域的界定及其自然地理
    1.2 鄱阳湖流域淡水蟹类与作为并殖吸虫第二中间宿主物种的研究概况
        1.2.1 鄱阳湖流域淡水蟹类的研究
        1.2.2 作为并殖吸虫第二中间宿主淡水蟹类的研究（表 1.1）
        1.2.3 鄱阳湖流域华溪蟹属淡水蟹类的种名记述与地理分布
    1.3 淡水蟹类的形态学分类与分子标记及系统发育研究
        1.3.1 淡水蟹类的形态学分类研究
        1.3.2 淡水蟹类的分子标记及系统发育研究
    1.4 华溪蟹属淡水蟹类在分类上面临的主要问题
        1.4.1 形态学分类上的难点
        1.4.2 DNA条形码分类研究
    1.5 DNA条形码研究概况
        1.5.1 DNA条形码的提出与发展
        1.5.2 DNA条形码研究的现状
        1.5.3 DNA条形码存在的争议
    1.6 开展本项探索性实验研究的必要性及其意义
第2章 材料和方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 样本采集、保存与形态学鉴定
        2.1.2 主要实验仪器和试剂
    2.2 实验方法
        2.2.1 组织DNA的提取
        2.2.2 引物筛选
        2.2.3 PCR扩增
第3章 华溪蟹DNA条形码构建
    3.1 DNA条形码标准基因的筛选
    3.2 数据处理
    3.3 华溪蟹DNA条形码分析
        3.3.1 BLAST同源性比对
        3.3.2 SeqMan软件整理、对齐序列
        3.3.3 碱基组成与变异位点
        3.3.4 遗传距离
        3.3.5 NJ法构建分支树
第4章 结果与结论
第5章 展望
致谢
参考文献
攻读学位期间的研究成果
综述
    参考文献



本文编号：2990312