登革病毒1型Ⅰ～Ⅴ基因亚型的基因组差异分析

发布时间：2021-03-20 14:46

　　目的分析登革病毒1型（Dengue virus type 1,DENV-1）Ⅰ～Ⅴ基因亚型基因组全长核苷酸及氨基酸序列差异。方法通过GenBank搜索DENV-1 5个不同基因亚型的全长基因组序列,获得其相应的氨基酸序列。采用BIOEDIT软件,统计基因亚型间核苷酸突变和氨基酸替代位点,分析其相似度,通过RNA二级结构在线预测网站预测DENV-1不同亚型间3′UTR的二级结构差异,蛋白结构在线预测网站预测主要流行于中国的Ⅰ及ⅤDENV-1基因亚型结构蛋白的二级结构,对其氨基酸组成及编码序列中可能存在的蛋白结合区域等进行差异分析。结果DENV-1 5个基因亚型核苷酸相似性为91. 40%～94. 50%,氨基酸序列相似性为97. 11%～98. 38%,5个基因亚型各自编码3 392个氨基酸,其中共有195个位点有氨基酸的变化。DENV-1不同亚型的3′UTR的二级结构各不相同。DENV-1基因型为Ⅰ、Ⅴ的775个氨基酸中占组成比例最多的均是苏氨酸（T）,Ⅰ型可能的蛋白结合位点有26个,多聚核苷酸结合位点有9个。Ⅴ型可能的蛋白结合位点有24个,多聚核苷酸结合位点有7个。他们均有相同数量的... 

【文章来源】：中国生物制品学杂志. 2019,32(02)CSCD

【文章页数】：5 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 DENV-1病毒基因组
    1.2 DENV-1亚型之间基因组核苷酸和氨基酸序列的相似度分析
    1.3 DENV-1不同亚型的3′UTR的二级结构预测
    1.4 DENV-1基因型为Ⅰ、Ⅴ的结构蛋白的二级结构预测
2 结果
    2.1 DENV-1亚型之间基因组核苷酸和氨基酸序列的相似度分析
    2.2 DENV-1不同亚型的3′UTR的二级结构预测
    2.3 DENV-1基因型结构蛋白的二级结构预测
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]Molecular epidemiology demonstrates that imported and local strains circulated during the 2014 dengue outbreak in Guangzhou,China[J]. Geng Li,Pan Pan,Qiuyan He,Xiujuan Kong,Kailang Wu,Wei Zhang,Yuntao Liu,Huiting Huang,Jianbo Liu,Zhongde Zhang,De Wu,Xiaoping Lai,Xiaohong Liu,Jianguo Wu.  Virologica Sinica. 2017(01)
[2]登革病毒包膜蛋白、衣壳蛋白及膜结合蛋白结构和功能方面的研究现状[J]. 闫菲菲,任杨源,周旋,赵卫.  热带医学杂志. 2012(08)
[3]登革2型病毒中国株3′非编码区RNA元件对翻译的影响[J]. 尉雁,姜涛,李晓峰,赵慧,刘忠钰,邓永强,刘然,秦成峰,秦鄂德.  微生物学报. 2008(05)
[4]登革出血热的免疫机制研究进展[J]. 童裕维,张复春.  传染病信息. 2008(01)

博士论文
[1]登革热病毒抗体依赖增强感染分子机制的体外模型研究[D]. 黄新伟.北京协和医学院 2015



本文编号：3091180