基于生物信息学探讨弓形虫ROP16 Ⅰ 对A549细胞表达谱的影响

发布时间：2021-06-09 07:28

　　目的采用生物信息学对ROP16_Ⅰ基因转染的A549细胞株的表达谱芯片结果进行数据挖掘,寻找影响Ⅰ型弓形虫疾病的差异表达基因,为揭示Ⅰ型弓形虫疾病的发病机制提供依据。方法通过生物信息学方法对过表达ROP16_Ⅰ的A549细胞株的表达谱进行研究,从中筛选差异表达基因。将得到的数据导入在线分析工具ToppGene和STRING中对差异表达基因进行筛选,同时进行GO分析及KEGG分析。结果本研究共获得了483个差异表达基因,其中上调的基因共有252个,下调的基因共有231个。ToppGene最终筛选得到CCL8、CXCL11、PIAS1及EIF2AK2等14个Ι型弓形虫相关的基因。GO分析和KEGG分析发现,这些候选基因与白介素IL-10、IL-4、IL-13信号通路,细胞因子-细胞因子受体相互作用通路及Toll样受体信号通路等相关。在蛋白-蛋白互作网络中,这14个候选基因恰好处于网络的最核心位置。结论Ⅰ型弓形虫疾病的发生可能与CCL8、CXCL11、PIAS1及EIF2AK2等基因密切相关。 

【文章来源】：中国人兽共患病学报. 2019,35(10)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

图２Ｔｏｐｐｇｅｎｅ筛选的候选基因蛋白互作图Ｆｉｇ．２ＰＰＩｎｅｔｗｏｒｋｏｆｔｈｅｃａｎｄｉｄａｔｅｇｅｎｅｓｓｃｒｅｅｎｅｄｆｒｏｍｔｈｅＴｏｐｐＧｅｎｅ

【参考文献】：
期刊论文
[1]弓形虫棒状体蛋白及其核酸疫苗研究现状[J]. 马荣,孙慧,闫歌,魏庆宽.  中国血吸虫病防治杂志. 2018(01)
[2]弓形虫多态性ROP16效应分子诱导宿主A549细胞基因表达谱的差异研究[J]. 苏雅静,董辉,王云杰,刘学雷,赵志军.  中国人兽共患病学报. 2018(03)
[3]PIAS1与肿瘤[J]. 吴春丽,张顺,蔡挺.  中国生物化学与分子生物学报. 2017(05)
[4]基于CRISPR/Cas9技术的弓形虫rop16I/III缺陷虫株的构建及毒力鉴定[J]. 王聪,程维晟,刘芳,张焰,FaustinaPappoe,罗庆礼,闻慧琴,邓芳,徐元宏,沈继龙.  中国人兽共患病学报. 2017(01)
[5]弓形虫ROP18重组腺病毒载体的构建及其对神经干细胞C17.2凋亡的影响[J]. 张贤,甘小凤,程正阳,都建,罗庆礼,沈继龙,余莉.  中国人兽共患病学报. 2016(03)
[6]趋化因子CCL8及其在疾病研究中的进展[J]. 刘记,岑俊杰,吕志跃,吴忠道.  热带医学杂志. 2015(09)
[7]肺弓形虫病研究进展[J]. 刘晋锋,吕芳丽.  热带医学杂志. 2014(04)
[8]IFN-γ诱导的肾小管上皮细胞CXCL9、CXCL10和CXCL11的表达[J]. 林青,宋艳芳,祝先进,杨顺良,郑健.  细胞与分子免疫学杂志. 2013(02)
[9]桦褐孔菌多糖对弓形虫感染小鼠基因表达谱的影响[J]. 李佳佳,鞠玉琳,张雪梅,李杨,孙福亮.  畜牧兽医学报. 2012(07)
[10]Akirin基因研究进展[J]. 满朝来,李凤,唐高霞,甄鑫,弭晓菊.  中国生物工程杂志. 2012(03)

博士论文
[1]基于基因表达谱的肝纤维化治疗药物筛选及相关实验研究[D]. 陈新美.南方医科大学 2011



本文编号：3220216