细胞内铜离子螯合蛋白质数据库的构建及数据分析

发布时间：2021-08-15 04:04

　　近年来的研究表明，金属离子尤其是铜、铁等过渡金属离子的异常代谢与阿尔茨海默氏病、朊病毒疾病等神经退行性疾病有关。而金属离子的异常代谢又是由于其转运蛋白正常功能发生异常或者是丧失所导致，所以对金属离子螯合蛋白质的研究进行的如火如荼。结合已有的生物信息学优势，本论文拟构建铜离子螯合蛋白质数据库（The Database of Copper-Chelating Proteins，简称DCCP）。虽然国际上有些蛋白质数据库已经收录了部分铜离子螯合蛋白质，但是收录信息不全面，更新速度较慢，蛋白质的结构信息涵盖较少是其主要缺点，DCCP则可以弥补其不足。在构建数据库的基础上，还对DCCP收录的数据进行初步分析，结果将对神经退行性疾病的药物研发有一定的帮助。 DCCP的基本数据来源于GenBank、PIR、SWISS-PROT、PDB等国际上著名的生物信息数据中心，依靠LAMP——Linux、Apache、MySQL、PHP等语言平台的辅助，完成了数据和计算机程序的有机组合——数据库的构建。 DCCP数据库收录了来自蛋白质三维结构数据库的结构信息，蛋白质序列数据库的序列信息，蛋白质定位信... 

【文章来源】：山东师范大学山东省

【文章页数】：50 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

模建的AAF74772的结构

2.1疏水氨基酸和亲水氨基酸含量分析蛋白质的氨基酸组成有一定规律:空间靠近的正负电性氨基酸之间要形成盐键;跨越细胞膜的结构域必须是由疏水性的氨基酸组成的螺旋或折叠等二级结构，如图6.1所示细胞膜上的两个蛋白质，分别以螺旋和折叠结构跨越细胞膜;络合金属离子的位点必须含有特殊的氨基酸残基等。所以这些蛋白质应该具有特殊的氨基酸含量[l’61。也有实验表明，在AD和PD等神经退行性疾病中聚集的多肤或蛋白质分子，在某些非神经系统内聚集的淀粉样分子(Non-neuropathlc别nyloidoses)通常在正常的生理状态下易于采取无规则结构的构象11’刀。DccP数据库中收录的都是鳌合铜离子的蛋白质，很多是疾病相关蛋白，所以统计DCCpes3D中的蛋白质序列中的疏水氨基酸和亲水氨基酸的含量分布，并与负样本(从SwiSS一PROT数据库随机抽取的相同数量的蛋白质序列)进行比较，也许可以得到某些有意义的结论。图6.1跨膜蛋白的外壁，分别是侧面观，顶面观Fig6.1TheouterstrIJeturesoftransmembraneProteins

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3343817