HEPT类HIV-1逆转录酶衍生物的CoMFA、CoMSIA及HQSAR分析

发布时间：2021-08-18 06:33

　　采用比较分子力场分析法（CoMFA）、比较分子相似因子分析法（CoMSIA）和分子全息定量结构关系（HQSAR）对1-[（2-羟乙氧）甲基]-6-苯硫基胸腺嘧啶（HEPT）类衍生物进行了分子活性构象选择、分子叠合、空间力场范围建立以及相应3D-QSAR模型建立。结果表明:该法所建模型对此类化合物具有良好的预测能力。CoMFA模型显示,交叉验证系数（q2）为0.565,非交互验证系数（r2）为0.892;CoMSIA模型显示,最佳q2为0.636,r2为0.953;最佳的HQSAR模型显示,q2为0.876,r2为0.929,最佳全息长度为97。根据三维等势图和HQSAR色码图设计了7个有较高活性的HEPT类化合物。 

【文章来源】：精细化工. 2019,36(01)北大核心EICSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

图1分子叠合骨架及叠合图

.305EHD0.50480.8910.48053.962–0.3620.4700.168–EHA0.48780.8810.50148.880–0.3380.449–0.213EDA0.14730.4441.03415.412–0.297–0.2700.433HDA0.47670.8710.52244.541––0.5470.2200.234SEHD0.54880.9090.43766.4960.2110.2760.3690.141–SHDA0.51380.9030.45261.6220.241–0.4030.1830.173EHDA0.46180.8670.52943.281–0.2890.3980.1290.183SEDA0.19630.4950.98518.9850.1280.254–0.2410.377SEHA0.53680.9030.45261.6630.2050.2730.352–0.170SEHDA0.51380.8940.47256.0190.1790.2350.3180.1190.149图2CoMFA模型的实际值与预测值散点图Fig.2PoltsofobservedpEC50vs.predictedpEC50forCoMFAmodel图3CoMSIA模型的实际值与预测值散点图Fig.3PoltsofobservedpEC50vs.predictedpEC50forCoMSIAmodelHQSAR模型首先以默认的碎片长度（4~7）、不同碎片区分参数进行组合，考察了这些碎片区分参数组合对模型的影响，结果如表5所示。由表5可知，使用碎片区分参数为A/B/C/Ch，可以得到好的建模结果，其HQSAR模型统计学参数q2、r2分别为0.862、0.930，SEE为0.53，最佳主成分数为NC为6，最佳全息长度HL为353。为建立更好的HQSAR模型，在最佳的碎片区分参数（A/B/C/Ch）基础上选择不同的碎片长度进行考察，结果见表6，由表6可知，碎片长度为9~12时建模结果最佳。该HQSAR模型的统计学参数q2、r2、SEE、NC、HL分别为0.876、0.929、0.50、5和97。图4是训练集和测试集化合物实验值与预测值的相关图，从图中可以看出，所有样本均匀地分布在45线附近，证明该模型能够较好的表征分子结构与生物活性之间的关系。2.2CoMFA模型三维等势图图5是以能量最低的48号分子为模

.03415.412–0.297–0.2700.433HDA0.47670.8710.52244.541––0.5470.2200.234SEHD0.54880.9090.43766.4960.2110.2760.3690.141–SHDA0.51380.9030.45261.6220.241–0.4030.1830.173EHDA0.46180.8670.52943.281–0.2890.3980.1290.183SEDA0.19630.4950.98518.9850.1280.254–0.2410.377SEHA0.53680.9030.45261.6630.2050.2730.352–0.170SEHDA0.51380.8940.47256.0190.1790.2350.3180.1190.149图2CoMFA模型的实际值与预测值散点图Fig.2PoltsofobservedpEC50vs.predictedpEC50forCoMFAmodel图3CoMSIA模型的实际值与预测值散点图Fig.3PoltsofobservedpEC50vs.predictedpEC50forCoMSIAmodelHQSAR模型首先以默认的碎片长度（4~7）、不同碎片区分参数进行组合，考察了这些碎片区分参数组合对模型的影响，结果如表5所示。由表5可知，使用碎片区分参数为A/B/C/Ch，可以得到好的建模结果，其HQSAR模型统计学参数q2、r2分别为0.862、0.930，SEE为0.53，最佳主成分数为NC为6，最佳全息长度HL为353。为建立更好的HQSAR模型，在最佳的碎片区分参数（A/B/C/Ch）基础上选择不同的碎片长度进行考察，结果见表6，由表6可知，碎片长度为9~12时建模结果最佳。该HQSAR模型的统计学参数q2、r2、SEE、NC、HL分别为0.876、0.929、0.50、5和97。图4是训练集和测试集化合物实验值与预测值的相关图，从图中可以看出，所有样本均匀地分布在45线附近，证明该模型能够较好的表征分子结构与生物活性之间的关系。2.2CoMFA模型三维等势图图5是以能量最低的48号分子为模板的CoMFA模型三维等势图，图中软件默认绿色和黄色轮廓的贡献水平值分别保持为80%和20%。图5a为立体场三维等势图，

【参考文献】：
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本文编号：3349387