一株缺失pMT1质粒鼠疫菌的全基因组序列分析

发布时间：2021-08-30 18:14

　　目的通过基因测序及生物信息学分析,确定O-1菌株基因组的一般特征及与参考菌株的差异,确定O-1菌株的pMT1质粒是否整合至染色体以及可能的整合机制。方法提取O-1鼠疫菌株的全基因组DNA,进行测序组装,获得全基因组序列及圈图;通过与参考菌株比较来描述基因组一般特征;通过序列比对（Blast/Mauve）确定整合位点,再通过引物设计和PCR扩增来验证整合位点。结果 O-1菌株基因组包括一个染色体,两个质粒（70.3Kb,9.6Kb）;O-1菌株染色体基因数目与CO92菌株有差异,染色体的插入序列（尤其是IS100和IS1541）较CO92菌株多;O-1菌株质粒与CO92菌株很相似,但O-1菌株无独立存在的pMT1质粒。pMT1质粒序列位于O-1菌株染色体中,从1429315至1526240,序列长度为96926bp;且整合位点被PCR扩增证实;O-1菌株pMT1质粒序列含有5个IS序列;pMT1序列的插入位点处于O-1染色体的非编码区。结论 O-1菌株的pMT1质粒整合至染色体,而且是完整序列整合。O-1菌株染色体特征与CO92有差异,且插入序列较多。IS1541A介导的同源重组可能是p... 

【文章来源】：现代预防医学. 2019,46(09)北大核心

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【部分图文】：

－1菌株提取DNA电泳结果图注:1，2，3，4，5分别为O－1菌株提取DNA的五个平行管

(续表)菌株名称pPCP1长度(bp)G+C(%)CDSpCD1长度(bp)G+C(%)CDSpMT1长度(bp)G+C(%)CDSCO92961245.2797030544.84979621050.23103KIM51007240.30127100444.7710410099050.16120Antiqua1077745.4497029944.83899647150.249991001960945.26107015944.909810664250.31128D182038960845.2996966544.72689604650.2380注:CDS是编码序列(Codingsequence)的缩写。“－”代表无。图3O－1菌株染色体序列与CO92菌株pMT1序列比对结果(Mauve)图4O－1菌株染色体序列与CO92菌株pMT1序列比对结果(Blast)注:阴影部分为模块间序列的重叠区。2.4pMT1质粒序列的结构及插入点在染色体的位置O－1菌株染色体上整合的pMT1序列含有3种5个IS，分别为2个IS100(位置为1466053－1468005，1504996－1506949)，2个IS1541A(位置为1429321－1430030，1525530－1526239)，1个IS285(位置为1488527－1489841)，其位置见图5。该序列比CO92菌株的pMT1质粒多了一个IS1541A。pMT1序列的插入位点处于O－1染色体的非编码区，且通过寻找插入点附近的基因，将其与CO92相对应的基因比对，未发现基因突变。研究还发现，插入点处也存在一个IS1541A。图5O－1菌株染色体上整合的pMT1序列上的插入序列(IS)位置图现代预防医学2019年第46卷第9期ModernPreventiveMedicine，2019，Vol.46，NO.9·5761·

【参考文献】：
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本文编号：3373267