食源性致病菌核糖体RNA高效去除体系的建立

发布时间：2023-10-27 20:03

　　[目的]本文旨在解决转录组技术研究食源性致病菌致病机制过程中核糖体RNA(rRNA)无法高效去除的问题。[方法]以9种常见食源性致病菌的201条rRNA序列为参考对象,设计每条rRNA编码基因的反向互补配对DNA探针,随后将探针与细菌总RNA进行杂交,在RNase H和DNaseⅠ的作用下去除rRNA。以大肠杆菌O157:H7 Sakai、单增李斯特菌EGD-e、肠道沙门氏菌CT18以及铜绿假单胞菌PAO1这4株菌的总RNA为模板,分别使用本研究设计的rRNA去除探针以及建立的rRNA去除体系与Ribo-Zero rRNA Removal Kit(Bacteria)进行rRNA去除,随后用相同方法进行转录组文库构建,并使用Illumina Hi Seq X测序平台进行相同数据量的测序,最后通过生物信息分析比较rRNA去除效果。[结果]共设计rRNA去除探针541条。当总RNA使用量范围为1～5μg,探针使用量为100 pmol,RNase H使用量为2 U,DNaseⅠ保持过量为10 U时,rRNA去除体系的性能达到最优,去除效率达95%以上。使用本研究构建的rRNA去除体系时,4株食...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料与主要试剂
    1.2 试验方法
        1.2.1 菌株总RNA获取
        1.2.2 去rRNA探针设计
        1.2.3 rRNA去除流程
        1.2.4 RT-qPCR
        1.2.5 rRNA去除效率计算
        1.2.6 RNA文库构建
        1.2.7 上机测序与数据分析
2 结果与分析
    2.1 食源性致病菌rRNA去除体系中探针使用量的确定
    2.2 食源性致病菌rRNA去除体系中总RNA使用量的确定
    2.3 食源性致病菌rRNA去除体系中RNase H使用量的确定
    2.4 食源性致病菌rRNA去除体系与商业化试剂盒去除效率的比较
3 讨论



本文编号：3857179