结核分枝杆菌pyrF基因的生物信息学分析

发布时间：2024-05-19 08:12

　　目的应用生物信息学软件分析预测结核分枝杆菌乳清酸核苷-5’-磷酸脱羧酶(orotidine 5’-monophosphate decarboxylase,OMPdecase)的结构与生物学特性。方法采用ProtParam,ProtScale,TMPred,SignalP4.1,NetNGlyc1.0,Netphos3.1,SOPMA,SWISS-MODEL和STRING等生物信息学软件对结核分枝杆菌(Mycobacterium Tuberculosis)H37Rv的pyrF基因及其编码蛋白OMPdecase的理化性质、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构、三维结构和蛋白-蛋白相互作用网络等进行预测分析。结果预测结核分枝杆菌pyrF基因编码的OMPdecase为相对分子质量27.4×10³的富含丙氨酸、甘氨酸和缬氨酸的稳定疏水性膜蛋白或胞浆蛋白,不含信号肽,且磷酸化程度较高。α螺旋和无规卷曲为OMPdecase的主要二级结构元件,分别占51.09%和27.37%。同源建模分析显示D93-K95-D98-I99-T102位于活性中心区域内。结论生物信息学方法预测结...

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【部分图文】：

图１ＯＭＰｄｅｃａｓｅ的氨基酸组成Ｆｉｇ．１Ａｍｉｎｏａｃｉｄｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ

点为４．９９，丙氨酸（Ａｌａ）、甘氨酸（Ｇｌｙ）和缬氨酸（Ｖａｌ）含量分别占２１．２％、１２．８％和１０．６％，不含吡咯赖氨酸（Ｐｙｌ）和硒半胱氨酸（Ｓｅｃ）（图１）。其预测半衰期在体外的哺乳动物网织红细胞中为３０ｈ，在酵母菌和大肠杆菌中分别＞２０ｈ和＞１０ｈ；不稳定系数（ｉｎｓ....

图４ＯＭＰｄｅｃａｓｅ磷酸化位点分析Ｆｉｇ．４Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｄｓｉｔｅｓｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ

０．２８，表明所得结构可靠。图４ＯＭＰｄｅｃａｓｅ磷酸化位点分析Ｆｉｇ．４Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｄｓｉｔｅｓｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ图５ＯＭＰｄｅｃａｓｅ三维结构Ｆｉｇ．５Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｔｈｒｅｅ－....

图５ＯＭＰｄｅｃａｓｅ三维结构Ｆｉｇ．５Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｔｈｒｅｅ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ

０．２８，表明所得结构可靠。图４ＯＭＰｄｅｃａｓｅ磷酸化位点分析Ｆｉｇ．４Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｄｓｉｔｅｓｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ图５ＯＭＰｄｅｃａｓｅ三维结构Ｆｉｇ．５Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｔｈｒｅｅ－....

图９嘧啶核苷酸从头合成途径示意图Ｆｉｇ．９Ｓｃｈｅｍａｔｉｃｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｏｆｄｅｎｏｖｏｐｙｒｉｍｉｄｉｎｅｓｙｎｔｈｅｔｉｃｐａｔｈｗａｙ

ｙｒＣ编码的二氢乳清酸酶催化氨甲酰天冬氨酸脱水，形成二氢乳清酸，后者经ｐｙｒＤ编码的二氢乳清酸脱氢酶催化脱氢形成乳清酸，ｐｙｒＥ编码的乳清酸磷酸核糖转移酶催化乳清酸与磷酸核糖焦磷酸化合，生成乳清酸核苷－５＇－磷酸，后者再由ｐｙｒＦ编码的ＯＭＰｄｅｃａｓｅ催化脱去羧基，生成尿嘧啶核....

本文编号：3977840