基于二代测序的刚地弓形虫Chinese 1基因型不同毒力虫株的变异检测

发布时间：2017-08-24 14:28

  本文关键词：基于二代测序的刚地弓形虫Chinese 1基因型不同毒力虫株的变异检测

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【摘要】：背景:刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)是专性细胞内寄生原虫,可影响包括人类在内的温血动物,并具有较高的感染率。弓形虫垂直传播可导致流产,对人类构成严重威胁并可导致畜牧业生产的巨大损失。中国流行弓形虫的种群结构与北美和欧洲明显不同,Chinese 1(Toxo DB#9)是国内的优势基因型。而Chinese 1基因型的Wh3和Wh6在小鼠中呈现不同的毒力。然而,少有关于二者在基因组水平的差异的报道。不同基因型虫株的致病机制和效应分子功能存在明显差异,称为基因型/虫株相关的致病机制(genotype/strain-associated pathogenesis)。深入研究同一基因型明显表型差异虫株的基因组差异,对探寻我国优势基因型虫株的致病机制具有十分重要的意义。目的:探究我国优势Chinese 1基因型虫株Wh3和Wh6虫株在基因组水平的差异,寻找可能导致表型差异的关键性效应分子。方法:取Wh3和Wh6虫株急性感染小鼠腹水,经分离纯化提取基因组DNA,构建基因组测序文库,进行全基因组测序,生物信息学分析检测Wh3和Wh6虫株与I型虫株GT1的差异,并特异性地检索位于相关的毒力效应分子的变异,利用q RT-PCR对相关的效应分子的表达水平进行检测。结果:我们成功地对Wh3和Wh6进行基因组的测序,平均测序深度分别为63.91×和63.61×,两分离虫株与I型GT1株进行比较,分别存在505,645个和505,856个SNP,30,658个和30,004个In Del,4,661个和2,320个SV以及1,942个和3,080个CNV。对弓形虫的部分效应分子进行了变异检索,发现致密颗粒蛋白3(GRA3)和棒状体颈部蛋白3(RON3)分别携带有35个SNP、2个In Del和89个SNP、6个In Del。GRA3和RON3均发现在弱毒的Wh6中存在显著的较高水平的表达。另外,Chinese 1基因型虫株与I、II、III型虫株相比兼具有GRA15II和ROP16I/III的多态性。结论:Chinese 1基因型虫株Wh3和Wh6虫株之间存在显著的差异,其中GRA3和RON3可能为导致表型差异的效应分子,同时Chinese 1虫株兼具有GRA15II和ROP16I/III。
【关键词】：刚地弓形虫 二代测序 变异检测 毒力效应分子
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R382.5
【目录】：

• 英文缩略词对照表5-7
• 中文摘要7-9
• 英文摘要9-11
• 1. 前言11-15
• 2. 材料与方法15-23
• 3. 结果23-40
• 4. 讨论40-43
• 5. 结论43-44
• 6. 参考文献44-50
• 附录50-60
• 附录一 个人简历50-51
• 附录二 致谢51-52
• 附录三 综述52-60
• 参考文献57-60

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本文编号：731820