基于结构的HIV-1整合酶抑制剂的虚拟筛选

发布时间：2017-10-05 22:09

  本文关键词：基于结构的HIV-1整合酶抑制剂的虚拟筛选

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【摘要】：目的虚拟筛选基于结构的HIV-1整合酶抑制剂。方法从PDB(Protein Data Bank)下载HIV-1整合酶催化核心结构域与LEDGF/p75整合酶结合结构域(integrase binding domain,IBD)的晶体结构(PDB ID:2B4J),通过AutoDockTools对结构进行处理;从ZINC数据库下载化合物结构,用PyRx处理和转换成pdbqt格式,建立一个处理后的化合物数据库;以HIV整合酶为靶点,通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选;分析得到的小分子抑制剂与整合酶之间的结合情况,并用PyMol对小分子抑制剂与整合酶的结合模式进行3D建模。结果经3轮筛选,发现5个高活性的HIV-1整合酶抑制剂ZINC9486894、ZINC47636331、ZINC57383520、ZINC68964708、ZINC73549421;5个小分子抑制剂与整合酶之间的结合主要是氢键结合力和疏水相互作用。结论通过PyRx运行AutoDock Vina,从ZINC数据库的化合物中筛选出5个新的HIV-1整合酶抑制剂。
【作者单位】： 遵义医学院免疫学教研室贵州省免疫学研究生教育创新基地;
【关键词】： 人类免疫缺陷病毒- 整合酶 抑制剂 虚拟筛选 PyRx
【分类号】：R373.9
【正文快照】： HIV-1整合酶(integrase)可以催化前病毒整合进入人类基因组,而整合进入人类基因组是病毒利用人类细胞机制完成其自身的复制和增殖的第一步,也是整个病毒感染周期的关键步骤[1]。有研究表明,除了催化病毒cDNA插入人类基因组以外,整合酶还在病毒复制周期中发挥其他功能,如将病毒

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本文编号：979089