IFNAR1基因SNP与EV71手足口病的易感性相关

发布时间：2017-04-06 05:06

  本文关键词：IFNAR1基因SNP与EV71手足口病的易感性相关，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的:首先探讨I型干扰素(interferon,IFN)信号通路相关基因与肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)手足口病(Hand,foot and mo uth disease,HFMD)的相关性,然后探讨I型IFN受体1(Type I IFN receptor 1,IFNAR1)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphi sms,SNPs)rs2843710与EV71 HFMD易感性及临床表型的相关性,最后对其相关机制进行研究。方法:首先我们利用基因芯片对10例健康志愿者(Healthy donors,HD)、6例轻症EV71 HFMD(Mild EV71 HFMD,M-EV71)、6例重症EV71 HFMD(Sever EV71 HFMD,S-EV71)这3组人群的外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMC)进行全转录组分析,再选取4个基因(IFNAR1、IFNAR2、OAS1和MX1)运用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,q RT-PCR)在另外3组人群(HD、M-EV71和S-EV71,每组n=16)的PBMC中进行验证。在IFNAR1基因上选取4个SNPs(rs2843710、rs1787572、rs113181057和rs1012334)并在1196例EV71 HFMD患者和573例HD中评价IFNAR1基因多态性与EV71HFMD易感性和临床表型的相关性,并进一步根据性别分组,评价在不同性别人群中上述SNPs与EV71 HFMD易感性和临床表型的相关性。进一步q RT-PCR测定I型IFN信号通路相关基因(IFNAR1、IFNAR2、OAS1和MX1)在不同基因型患者PBMC中的表达水平。最后,运用启动子荧光素酶实验验证IFNAR1基因rs2843710 SNP是否为功能性SNP。结果:(1)对HD(n=10)、M-EV71(n=6)和S-EV71(n=6)三组人群的PBM C进行全转录组分析,聚类分析发现43个I型IFN相关基因在HD、M-EV71和S-EV71三组人群中表达水平明显不同,并且根据不同的聚集模型分成2个基因簇。在同一基因簇中,I型IFN信号通路相关基因有相似的表达模式,与HD相比,EV71 HFMD患者PBMC中IFN AR1、IFNAR2、OAS1和MX1基因表达明显降低。(2)q RT-PCR验证发现,与HD相比,EV71 HFMD患者PBMC中IFNA R1、IFNAR2、OAS1和MX1基因表达明显降低,且在S-EV71中上述4个基因表达降低更明显。(3)在HD和EV71 HFMD中,rs2843710、rs1787572、rs113181057和rs1012334均符合哈迪-温伯格平衡定律,处于遗传平衡状态。(4)在这4个SNPs中,rs2843710 G、C等位基因在HD(n=573)和EV71(n=1196)组中的分布频率明显不同,G等位基因与EV71 HFMD的易感性相关(比值比(odds ratio,OR)=1.34;95%可信区间(co nfidence interval,CI),1.15-1.55;P=0.0001)。在基因型水平,在隐性模型(recessive model)中携带有rs2843710 GG基因型的患者患EV71 HFMD的危险性明显增加(OR=1.33,95%CI,1.09-1.63;P=0.005);在相加模型(additive model)中与GG基因型相比,CC基因型和CG基因型明显降低EV71 HFMD的易感性(OR=0.49,95%C I,0.35 0.69,P0.0001;OR=0.58,95%CI,0.42 0.82,P=0.002)。(5)在男性人群中,在相乘模型(multiplicative model)中EV71 HFMD rs2843710 G等位基因的频率明显高于男性HD组(OR=1.57,95%CI,1.29-1.90;P0.0001)。在基因型水平,在隐性模型中携带有rs2843710 GG基因型的男性儿童患EV71 HFMD风险明显增加(OR=1.63,95%CI,1.25-2.11;P=0.0002)。在女性人群中,rs2843710与EV71 HFMD的易感性无关。(6)与M-EV71患者相比,S-EV71患者中rs2843710 G等位基因频率明显增高(OR=1.21,95%CI,1.02-1.44;P=0.028)。(7)在EV71 HFMD患者的PBMC中,IFNAR1基因rs2843710 GG基因型IFNAR1、OAS1和MX1基因表达水平明低于CC或CG基因型,而IFNAR2基因表达在CC、CG、GG基因型中无差别。(8)启动子荧光素酶报告系统显示,在感染EV71后,rs2843710 G等位基因的转录活性明显低于C等位基因,而无EV71感染时,两个等位基因的转染活性无差别。结论:(1)EV71 HFMD与PBMC中I型IFN相关基因表达降低有关。(2)IFNAR1基因rs2843710 SNP与EV71 HFMD的易感性及严重性相关。(3)IFNAR1基因rs2843710 SNP影响IFNAR1、OAS1和MX1基因表达。(4)IFNAR1基因rs2843710 SNP影响IFNAR1启动子转录活性。
【关键词】：Ⅰ型干扰素 单核苷酸多态性 肠道病毒71型 手足口病
【学位授予单位】：南华大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R512.5
【目录】：

• 摘要4-7
• Abstract7-13
• 主要英文缩略语索引13-15
• 第1章 绪论15-19
• 第2章 材料与方法19-37
• 2.1 试剂和仪器19-21
• 2.1.1 主要试剂19
• 2.1.2 主要仪器设备19-20
• 2.1.3 主要试剂配制20-21
• 2.2 研究对象及入组标准21-22
• 2.3 研究方法22-35
• 2.3.1 技术路线22
• 2.3.2 分离血浆及全血PBMC22-23
• 2.3.3 健康人群血浆肠道病毒71型IgG抗体测定23-24
• 2.3.4 提取EV71患者肛拭子病毒总RNA24
• 2.3.5 检测肛拭子中肠道病毒71型核酸24-25
• 2.3.6 人全基因组DNA提取25-26
• 2.3.7 琼脂糖凝胶电泳26
• 2.3.8 筛选和确定与EV71 HFMD发生、预后相关的IFNAR1基因SNP26-27
• 2.3.9 设计SNPs位点扩增引物（Amplification primer）和延伸引物（Extension primer）27-28
• 2.3.10 TOF-质谱技术进行基因SNP分型28-30
• 2.3.11 提取PBMC中的RNA30-31
• 2.3.12 qRT-PCR实验31-32
• 2.3.13 全转录组测序32-34
• 2.3.14 构建质粒和诱导突变34
• 2.3.15 瞬时转染及报告分析34-35
• 2.4 数据分析35-37
• 第3章 结果37-45
• 3.1 EV71 HFMD与PBMC中I型IFN基因表达降低有关37-38
• 3.2 IFNAR1基因rs2843710 SNP与EV71 HFMD的易感性及临床表型相关38-43
• 3.3 IFNAR1基因rs2843710 SNP影响IFNAR1、OAS1和MX1基因表达43-44
• 3.4 IFNAR1基因rs2843710影响IFNAR1启动子转录活性44-45
• 第4章 讨论45-49
• 第5章 结论49-50
• 参考文献50-56
• 附录（综述）56-66
• 参考文献62-66
• 作者攻读学位期间的科研成果66-67
• 致谢67

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