活动期肺结核免疫应答基因调控网络的构建与分析

发布时间：2025-01-04 00:36

　　研究背景及目的:近年来结核病再次呈现区域性暴发的趋势,全球每年新增确诊肺结核患者多达856万例,其中5-15%的患者发展成活动性肺结核。在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染肺部后,机体产生的一系列免疫应答对活动性肺结核的发生及发展至关重要。同时,结核分枝杆菌的基因型与表达型差异变化巨大,传统着眼于单一分子变化的“还原论”研究模式以及目前临床应用的结核诊断靶标已经无法满足当下结核感染早期诊断的需求。因此,整合多学科优势,构建活动期肺结核免疫应答基因调控网络,高通量筛选体液中结核感染的诊断靶标,对深入探究人感染结核分枝杆菌后的特异性免疫应答机制具有重要意义,并为结核病临床早期诊断研究以及特效新药的研发奠定基础。材料及方法:通过NCBI的GEO Datasets数据库,筛选获得活动期肺结核患者体液(全血)基因表达谱数据构成原始数据集,运用R语言Limma包中线性模型-经验贝叶斯统计的方法结合传统t-检验对表达谱数据实施非特异性过滤,筛选出差异表达的基因。应用DAVID(Database for Annotation,Visualization an...

【文章页数】：73 页

【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
英文缩写词表
第1章 绪论
    1.1 肺结核病的概述
        1.1.1 肺结核病的流行现状
        1.1.2 肺结核病的临床诊断现状
        1.1.3 肺结核病的免疫学概况
    1.2 基因芯片技术的概述
        1.2.1 基因芯片技术
        1.2.2 基因芯片技术应用于基因表达分析研究
        1.2.3 基因芯片技术应用于疾病机制研究
        1.2.4 基因芯片技术应用于基因调控网络研究
    1.3 基因芯片数据的分析
        1.3.1 差异基因表达分析
        1.3.2 聚类分析
        1.3.3 基因调控网络分析
    1.4 转录调控网络的概述
        1.4.1 转录因子
        1.4.2 转录因子的调控作用
        1.4.3 基因调控网络的研究现状
        1.4.4 基因调控网络的模型
        1.4.5 转录调控网络建立的意义及应用
第2章 活动期肺结核基因芯片数据的收集与分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 材料
        2.1.2 方法
    2.2 实验结果
        2.2.1 基因芯片数据的检索与分析结果
        2.2.2 差异基因的功能分析
        2.2.3 差异基因的信号通路分析
        2.2.4 差异基因调控网络的构建及分析
    2.3 本章小结
第3章 实验研究及活动期肺结核血液诊断基因集的初步建立
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 实验方法
    3.2 实验结果
        3.2.1 RNA纯度及浓度的测定
        3.2.2 qPCR验证基因调控网络中SPI1、CEBPB、FCGR1A和ICAM1 mRNA的表达情况
        3.2.3 qPCR验证基因调控网络中SPI1、CEBPB、FCGR1A和ICAM1 mRNA的表达水平
        3.2.4 血液诊断基因集的初步建立
    3.3 本章小结
第4章 讨论
第5章 结论
参考文献
附录
作者简介
致谢



本文编号：4022626