丙型肝炎病毒基因分型的方法学建立及初步应用

发布时间：2017-06-08 08:06

  本文关键词：丙型肝炎病毒基因分型的方法学建立及初步应用，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV)传播的主要途径是血液传播,能够引起丙型病毒性肝炎(以下简称“丙型肝炎”或“丙肝”).丙肝呈世界范围内流行,在全球范围内的感染率约为2%.HCV的分型是了解该病毒的重要手段之一.一方面,丙肝的治疗则须结合HCV分型结果制定疗程.有研究表明,对于丙肝的6个基因型,干扰素和利巴韦林联合治疗后的敏感性和预后均不同.因此对HCV感染者进行HCV分型有助于优化疗程,合理用药和减少副作用.同时进行HCV分子流行病学调查对于了解HCV的传播特点,在特殊人群和普通人群中的传播关系以及传播链有重要作用,有利于开展疾病的监测和干预.因此建立HCV分型方法,同时了解HCV不同亚型在特定地区和人群的流行情况,具有重要的流行病学意义.目的建立HCV分型的in-house PCR分型方法；获取中国部分地区特殊人群哨点监测人群样本的基因亚型信息和人口学信息并进行分析；研究与HCV型别分布有关联的因素；比较不同地区或者不同人群基因亚型分布的差异.方法根据中国地区HCV主要亚型(主要是1b,2a,3a,3b,6a)检索适合中国部分地区HCV流行株序列,根据已有序列设计合适的引物首先进行小样本评估扩增效率,然后对HCV抗体阳性的样本的NS5B区进行扩增.所得序列选用合适的参考序列和模型做系统进化树,得到样本的亚型和传播关系方面的信息,结合人口学资料进行分析.分类资料采用卡方检验,计量资料采用t检验或者非参数检验结果所选引物使用小样本评估扩增效率,所选的22份HCV RNA阳性样本中,扩增成功20例.可以用于后续大样本研究.本研究共采集样本1315份,其中抗体阳性样本389份,这389份继续进行NS5B区扩增,最终获得可用序列225条,其中广西地区135条,北京地区22条,江西地区22条,湖南地区46条.4个地区采样人群的亚型分布如下：广西,la 6, 1b 38,3a 22,3b 14,6a 37,6e 2,另有16份样本未确定基因型；湖南,lb 2,3a 11,3b 16,6a 17;北京,lb 15,2a,6a 1；江西,1b17,2a 5.结论1.采样的四个地区的基因亚型分布差异较大；2.北京出入境人群,江西地区肾透析人群仍然以1b,2a亚型为主；广西暗娼人群和女子监狱人群,湖南地区吸毒人群6a比例非常大;广西地区暗娼人群和女子监狱人群极少见2型HCV感染者,湖南地区吸毒人群1b亚型感染者少见；3.自建in-house HCV分型方法能够满足科研的需要,效果要优于其他方法.
【关键词】：
【学位授予单位】：中国疾病预防控制中心
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R512.63
【目录】：

• 缩略词表6-7
• 中文摘要7-8
• Abstract8-11
• 1. 前言11-19
• 1.1 HCV概况11-13
• 1.2 HCV分型方法13-14
• 1.3 分型区段的选择14
• 1.4 进化树的构建14-15
• 1.5 HCV基因型与治疗15-18
• 1.6 HCV的预防18-19
• 2. 材料与方法19-35
• 2.1 样本19
• 2.2 参考序列19-21
• 2.3 试剂21
• 2.4 主要仪器21-22
• 2.5 主要耗材22
• 2.6 方法22-35
• 3. 结果35-40
• 3.1 分型方法的验证35
• 3.2 所收集样本的人口学资料以及分型结果35-40
• 4. 讨论40-46
• 4.1 分型方法40-41
• 4.2 广西壮族自治区样本结果讨论41-44
• 4.3 湖南省样本结果讨论44
• 4.4 北京出入境样本结果讨论44-45
• 4.5 江西样本结果讨论45-46
• 5. 结论46-47
• 参考文献47-50
• 综述：HCV基因分型方法研究进展50-59
• 参考文献54-59
• 致谢59-61
• 附录61-74
• 附录161-65
• 附录265-74
• 发表文章74-78

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本文编号：431868