FLW牛UCP3、THRSP基因单核苷酸多态性与生产性状的关联分析

发布时间：2021-04-20 09:32

随着分子技术的发展和牛基因组计划的初步完成,使得运用分子标记技术进行标记辅助选择(MAS)成为可能,单核苷酸多态性(SNP)作为分子标记技术的热点之一,肉牛育种工作者运用此技术来实现人们生活消费品质为标志的肉品质性状和肉牛生长状态为标志的胴体性状两个目标的选育。此实验通过分子生物学和生物信息学相结合,对65头牛中UCP3和THRSP基因上的12个SNPs多态性与12个性状之间进行了关联分析,同时测定两个基因在不同大理石等级群体中的表达差异,得到了相关数据,获得了如下结果：1.利用测序和PCR-RFLP方法检测到UCP3基因的5个SNPs,利用线性模型对5个SNP多态性位点基因型与胴体性状和肉品质性状进行了关联分析,结果发现：UCP3第五内含子的5个SNPs位点。(1)C786G位点CG型个体脂色等级和脂肪含量明显高于CC型个体(P0.05)；位点CC型个体鲜肉水分含量明显高于CG型个体(P0.05)。(2)C782G位点CG型个体脂色等级和脂肪含量明显高于CC型个体(P0.05)；位点CC型个体鲜肉水分含量明显高于CG型个体(P0.05)。(3)A559G位点AG型个体脂色等级和脂肪含量明显高于AA型个体(P0.05)；位点AA型个体鲜肉水分含量明显高于AG型个体(P0.05)。(4)C508T位点所对应的各个性状均未达到差异显著。(5)G457T位点GT型个体屠宰前重、眼肌肉长、三角牛腩等级、背膘脂肪厚、脂色等级、肉色等级、大理石花纹等级明显高于GG型个体(P0.05);GG型个体鲜肉水分含量高于GT型个体。2.利用测序和PCR-RFLP方法检测到THRSP基因的7个SNP位点,利用线性模型对7个SNP多态性位点基因型与胴体性状和肉品质性状进行了关联分析,结果发现：THRSP第一内含子的6个SNP位点。(1)Intronl中A790C、A724G、T682C、T470C、G378A五个位点所对应的各个性状均未达到差异显著。(2)Intronl中T448C位点TC型个体大理石花纹等级明显高于TT型个体(P0.05)。(3)THRSP第一外显子存在1个SNP位点A193G,此位点AA型对应的鲜肉水含量明显较高(P0.05);AG型个体脂肪含量较高(P0.05)。3.UCP3在大理石花纹等级差异明显的两组个体相应表达量均无显著差异(P0.05);THRSP在大理石花纹等级高的个体相应表达量明显高于等级低的个体(P0.05)。
【学位授予单位】：山西农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S823.92

文章目录

摘要

1 前言

1.1 肉牛发展概况

1.2 UCP3、THRSP基因的研究进展

1.2.1 UCP3基因研究进展

1.2.2 THRSP基因研究进展

1.3 三种常见的SNP检测方法概述

1.3.1 SNP标记在家畜育种中的应用

1.3.2 测序法

1.3.3 PCR-RFLP方法

1.3.4 PCR-SSCP方法

1.4 荧光定量PCR概述

1.4.1 荧光定量PCR的简介

1.4.2 荧光定量PCR的基本原理

1.4.3 荧光定量PCR定量分析的两种方法

1.4.4 荧光定量PCR的优点

1.5 本实验的研究内容及意义

2 材料与方法

2.1 实验材料

2.1.1 实验动物

2.1.2 实验主要试剂耗材

2.1.3 实验主要仪器设备

2.1.4 常用溶液及试剂的配制

2.1.5 主要分子生物学数据库及分析软件

2.2 实验方法

2.2.1 实验动物屠宰及分割

2.2.2 评价指标和计算方法

2.2.3 肌内脂肪含量测定方法

2.2.4 引物设计及分析软件

2.2.5 UCP3基因与THRSP基因SNP位点的确定

2.2.6 利用实时荧光定量PCR技术对肌肉UCP3基因和THRSP基因的mRNA进行相对定量

2.2.7 数据分析

3 结果与分析

3.1 总DNA提取结果

3.2 UCP3与THRSP基因DNA部分片段扩增结果鉴定

3.3 UCP3与THRSP基因SNPs位点的检测及关联分析

3.3.1 UCP3基因SNPs位点的确认及关联分析

3.3.2 THRSP基因SNPs位点的确认及关联分析

3.4 牛的总RNA检测

3.5 UCP3、THRSP、B-ACTIN基因DNA部分片段扩增结果检测

3.6 UCP3、THRSP基因相对定量标准曲线和溶解曲线

3.7 UCP3、THRSP基因相对表达量及相关分析

3.7.1 UCP3基因mRNA表达量测定结果

3.7.2 THRSP基因mRNA表达量测定结果

4 讨论

4.1 全文讨论

4.2 实验动物背景讨论

4.3 实时荧光定量PCR技术讨论

结论

参考文献

Abstract

附录1

附录2

致谢

【参考文献】