基因Ⅰ型和Ⅲ型日本脑炎病毒sfRNA亚型鉴定及遗传演化分析

发布时间：2024-01-24 13:55

　　旨在探究基因Ⅰ型和Ⅲ型日本脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)感染细胞产生的黄病毒亚基因组RNA(subgenomic flaviviral RNA, sfRNA)亚型与演化趋势。应用高分辨率Northern blot检测Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染细胞产生sfRNA亚型特征;对美国国立生物技术信息中心(NCBI)收录的99条JEV sfRNA序列通过Mega X软件进行多序列比对及遗传演化分析,用Megalign软件进行核苷酸相似性比较及变异分析。结果表明:Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染细胞产生特征相似的4种亚型sfRNA;JEV sfRNA序列10 440、10 673、10 853位核苷酸差异具有基因型特异性(位点说明以JEV HEN0701为例,GenBank:FJ495189.1);Ⅰ型10 477位核苷酸的变化相较于Ⅲ型更有利于sfRNA PK1结构的碱基配对;Ⅰ型和Ⅲ型sfRNA组间核苷酸序列相似性为79.2%～100%,Ⅰ型sfRNA组内核苷酸序列相似性为81.6%～100%,Ⅲ型sfRNA组内核苷酸序列相似性为85.6%～100%;Ⅰ型和Ⅲ型sf...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 细胞与毒株
    1.2 主要试剂
    1.3 Northern blot检测JEV sfRNA亚型
    1.4 RNA二级结构预测
    1.5 JEV基因序列来源
    1.6 统计与分析
2 结果与分析
    2.1 JEV sfRNA亚型特征
    2.2 JEV sfRNA基因结构
    2.3 JEV sfRNA序列比对
    2.4 JEV sfRNA核苷酸相似性统计与变异趋势分析
    2.5 JEV sfRNA系统进化树的构建
3 讨论



本文编号：3883932