干扰lnc23后牛骨骼肌卫星细胞转录组测序的生物信息学分析

发布时间：2024-01-31 20:09

　　试验旨在分析lnc23在调控牛骨骼肌卫星细胞分化过程中转录组水平的变化,筛选出可能参与调节骨骼肌卫星细胞生长的调控通路及相关mRNAs。采用第二代测序技术(next-generation sequencing,NGS)基于Illumia hiSeq测序平台对成功构建的lnc23抑制模型及相应对照组的牛骨骼肌卫星细胞进行转录组测序,将数据整理、过滤及评估后,通过生物信息学方法分析样品间基因转录差异表达,对这些差异基因进行GO和KEGG富集分析,并应用实时荧光定量PCR技术对转录组数据结果进行验证。结果显示,转录组测序共鉴定到19 358个基因,筛选到1 297个差异表达基因,其中上调856个,下调441个。差异基因的GO功能分析共包括细胞组分、分子功能和生物学过程3大类222个分支,其中有大量的差异基因与催化活性、分子功能调节、信号转导、生物黏附、新陈代谢相关。KEGG分析显示,差异基因共涉及190个通路,显著富集在PI3K-Akt、P53、TNF、RIG-Ⅰ样受体、神经活性配体受体互作、细胞因子互作等信号通路上,进一步从中筛选出可能参与细胞生长、肌肉发育过程的差异基因,如CCNA2、R...

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【部分图文】：

图1测序数据质量评估图

表2数据过滤统计Table2Datafilteringstatistics样品Samples高质量序列Reads数NumberofCleanReads/个高质量序列碱基数BasepairofCleandata/bp高质量序列Reads占测序Reads的....

图2基因测序深度分布图

表3序列比对区域分布统计Table3Distributionstatisticsofsequencealignmentregion个样品Samples比对事件发生的总数Mapevents比对到基因区域的Reads总数Mappedtogene比对到基....

图3样本表达量分析图

转录组测序总共鉴定到19358个基因,通过DESeq对基因表达进行差异分析,根据表达差异倍数|log2FoldChange|>1,显著性P-value<0.05为条件筛选差异表达基因,共得到1297个差异基因(图4A),其中856个上调基因,根据差异倍数降序排列,差异倍数较大....

图4差异基因表达分析

图3样本表达量分析图2.5差异表达基因的GO和KEGG富集分析

本文编号：3891472