柴达木黄牛的群体基因组学研究

发布时间：2024-02-26 23:48

　　柴达木黄牛主要分布在柴达木盆地,是青海省地方优良品种,也是唯一列入《青海省畜禽品种志》的黄牛品种。柴达木黄牛主要生活在海拔高度为2800³000m的柴达木盆地,并具有耐粗放管理的优点,并且对高原低氧严酷生态环境有强大适应能力。近20多年来,由于生产条件差,良种化程度低,柴达木黄牛存栏量呈现逐年下降的趋势。早前对于柴达木黄牛的研究仅停留在表型观察、线粒体分析等小数据体的研究层面,而关于柴达木黄牛的种群遗传特征、特殊环境适应机制等关键问题均未能得到较好的解释。本论文通过构建柴达木黄牛的全基因组遗传变异图谱,并与低海拔黄牛品系进行全面的比较分析,系统调查了柴达木黄牛的遗传多样性和群体遗传结构,并探讨了柴达木黄牛的高海拔适应机制。基于第二代测序技术,我们对9头柴达木黄牛进行全基因组重测序,共产生了173G的原始数据,平均测序深度为11.09×,基因组覆盖度为99.26%,获得柴达木黄牛的高质量的基因组数据。通过获取其它具有代表性的7个低海拔黄牛品种(70个个体)的基因组数据进行SNP分析,共得到1,121万个高质量的SNPs位点信息。进一步的群体遗传学分析显示:柴达木黄牛...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3.1常染色体SNP质量分布图

图3.1常染色体SNP质量分布图Fig.3.1SNPqualityscoredistribution.

图3.2SNP中缺失信息的个体数量Fig.3.2MissingnumberforallthecattleSNPs.

图3.1常染色体SNP质量分布图Fig.3.1SNPqualityscoredistribution.

图3.3常染色体SNP构建的NJ系统发育树

兰州大学硕士研究生学位论文柴达木黄牛的群体基因组学研究3.3基因组学分析3.3.1系统发育关系的鉴定为了检测黄牛不同品系全基因组整体的关系与分化程度，我们通过计算黄牛常染色体基因组SNP的遗传距离，外类群使用牦牛数据，进行系统发育树构建。从系统发育关系（图3.3）可以....

图3.4PCA主成分分析结果(a图为所有个体的主成分分析结果；b图为排除瘤牛秦川牛的主成分分析结果)

兰州大学硕士研究生学位论文柴达木黄牛的群体基因组学研究一半瘤牛血统的秦川牛群体后，再次进行主成分分析（图3.4b）。结果显示第一个主成分（5.37%）将欧洲牛（HOL,FLV,RAN,JER）分开，而其余品系黄牛中的韩牛（HAN），日本和牛（JBC）和柴达木黄牛群体（CDM）....

本文编号：3912046