牛种布鲁菌sRNA的预测与鉴定

发布时间：2024-03-09 16:49

　　为了对牛种布鲁菌2308株基因组中的sRNA进行预测和鉴定,提取牛种布鲁菌2308株的总RNA,进行RNA-Seq高通量测序,基于测序结果采用sRNA-Detect算法进行sRNA的预测,并采用反转录PCR对sRNA进行验证。结果显示,共预测筛选出3 523条候选的sRNA,采用反转录PCR验证出14个sRNA可以表达,其中13个sRNA的正常表达与Hfq伴侣蛋白密切相关。本研究在牛种布鲁菌中预测出3 523条sRNA,Hfq蛋白可以调控部分sRNA的正常表达。

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【部分图文】：

图1预测的sRNAs的长度分布

为了对预测结果进行验证,随机选取14个长度在100nt以上的sRNA,采用反转录PCR验证,结果表明14个sRNA在牛种布鲁菌2308株中均可以被转录(图2)。14条sRNA在基因组中的位置信息如表2所示。2.4Hfq伴侣蛋白对sRNA表达的影响

图2反转录PCR对sRNA预测结果的验证

为了检测RNA伴侣蛋白Hfq是否影响这些sRNA的正常表达,通过荧光定量PCR方法对牛种布鲁菌2308株及hfq基因缺失株中14个sRNA的表达量进行了检测,结果显示其中13种sRNA的表达量在hfq缺失株中显著降低(表2)。这一结果预示Hfq蛋白对维持这些sRNA的稳定性存在一....

本文编号：3923640