新生儿败血症临床分析及无乳链球菌基因分型研究

发布时间：2018-12-20 18:37

【摘要】：第一章中国新生儿败血症病原菌分布特点及耐药性文献分析目的：虽然围生期保健水平不断提高,但感染仍是新生儿致病和死亡的主要原因。由于新生儿免疫防御功能水平低,留置胃管、气管插管、吸痰等侵人性操作以及广谱抗生素的应用等,使新生儿病房成为医院感染的高发区。研究新生儿病房包括重症监护(NICU)感染流行菌株及其耐药性对于指导新生儿临床医师正确使用抗生素、降低新生儿院内感染发生率具有极其重要的意义。既往研究认为,随着抗生素使用的改变,病原菌也会出现相应的变化,并且存在地区间差异,故我们有必要对我国新生儿败血症病原菌分布特点及耐药性进行研究。方法：系统检索《中国生物医学文献数据库》(CBM)、《相关期刊论文》(CNKI)、《中国科技期刊数据库》(VIP)收录的“核心期刊”中1990年至2013年12月发表的文献,及检索PubMed(1990年至2013年12月)中的文献；选择报告了我国新生儿血流感染病原菌及耐药性无对照观察性研究,摘录有关信息。文献纳入标准：(1)研究对象应来自中国大陆的医院环境；(2)研究内容应报告新生儿败血症病原菌及耐药情况；(3)研究类型应为无对照的观察性研究,以尽量减少原始研究的病例入选标准的影响；(4)血培养阳性例数大于等于50。排除不符合上述标准的文献,以及(1)重复发表的文献,或该文献为某研究的阶段性报告,而另有其他文献已经报告该研究的完整结果；(2)实验室基础研究；(3)文中提到了血流感染病原菌及耐药情况,但实际上是研究其它疾病的文献；(4)只研究某种特定病原菌的文献；(5)综述、评论或讲座。文献中摘录内容包括：题目、发表年份、研究类型(回顾性／前瞻性)、收集病例的时间、收集病例的医院及其所在省(市)、作者所在科室、血流感染病原菌具体分布及重要病原菌的耐药情况。使用SPSS13.0进行Z检验及Excel2010表格中的公式及图表对数据资料进行汇总分析。结果：最终71篇文献符合要求,共含30346菌株,其中阳性菌23118株,阴性菌6955株,真菌273株。菌株主要来自于北京,浙江,上海,湖北,广东,湖南,云南。中国新生儿监护室血流感染1983-2004年病原菌阳性菌前3位依次为凝固酶阴性葡萄球菌(51.33±0.33)%、金黄色葡萄球菌(13.01±0.22)%、肠球菌(4.58±0.14)%；阴性菌前3位依次为大肠埃希菌(7.67±0.18)%、克雷伯菌(3.33±0.12)%、其它肠杆菌(2.67±0.11)%；2005-2012年病菌菌阳性菌前3位依次为凝固酶阴性葡萄球菌(61.35±0.57)%、金黄色葡萄球菌(9.69±0.35)%、肠球菌(5.19±0.26)%；阴性菌前3位依次为大肠埃希菌(6.33±0.28)%、克雷伯菌(5.53±0.27)%、不动杆菌(1.50±0.14)%；两阶段细菌构成比进行Z-检验,所有P0.05,两阶段细菌构成比比较无显著差异,故考虑从整体而言,我国新生儿败血症病原菌分布上无明显变化。病菌耐药性逐年升高,革兰阳性菌金黄色葡萄球菌耐青霉素及氨苄西林率由上世纪80年代50%增加至目前的90%以上,对四环素、红霉素耐药率年代变化不大前者今耐药达50%左右,后者则达80%,耐苯唑西林率由10%增加至65%左右,对头孢唑啉、头孢呋辛耐药率为30%左右,对庆大霉素耐药由50%下降至30%左右而后又上升至60%,环丙沙星耐药一直较低,目前仅30%,万古霉素大都敏感,基本不耐药；革兰阴性菌大肠埃希菌对氨苄西林、哌拉西林耐药率由60%升至80%；对头孢唑啉、头孢呋辛耐药率由不足50%升至80%以上；对头孢唑肟、头孢曲松耐药率一直无明显变化,但也处于50%-60%之间；对头孢哌酮、头孢他定耐药率由30%升至接近50%；头孢吡肟耐药也达45%；对庆大霉素、环丙沙星耐药处于40%左右,对美罗培南、亚胺培南耐药率低,基本不耐药。另外,文献中包含有少量耐万古霉素及亚胺培南的细菌,其中,耐万古霉素的细菌中凝固酶阴性葡萄球菌占72%,其次为金黄色葡萄球菌占8%；耐亚胺培南阴性菌中假单胞菌占35%,其次为大肠埃希菌占17%。结论：从我国新生儿室血流感染病原菌特点及耐药性分析中可知,我国细菌耐药严重,需加强细菌监测以指导临床合理用药,减少耐药菌的产生。第二章中国可疑血流感染新生儿行血培养阳性率的meta分析目的：败血症是指由于病原体侵入血液循环,并在其中生长繁殖、产生毒素造成的全身性感染,是新生儿期的危重病症以及造成新生儿死亡的主要原因之一。发病率约占活产婴儿的0.1%-1.0%,占极低出生体重儿(VLBWI)的16.4%,长期住院者发病率可高达30.0%,病死率为10%-50%,存活者可留有后遗症,应引起高度重视。目前诊断新生儿败血症的金标准仍然是血培养。但是,目前我国可疑败血症的新生儿行血培养检查的阳性率情况,缺乏系统的、具有代表性的数据及相关分析。基于此,我们对我国目前已发表的相关文献进行一次系统综述和meta分析了解我国可疑血流感染新生儿行血培养阳性率情况及影响因素。方法：系统检索《中国生物医学文献数据库》(CBM)、《相关期刊论文》(CNKI)、《中国科技期刊数据库》(VIP)收录的“核心期刊”中1990年至2014年3月发表的文献,及检索PubMed(1990年至2014年3月)中的文献；文献纳入标准：(1)研究对象应来自中国大陆的医院环境；(2)研究内容应报告了血培养阳性率,或可用文中报告的数据计算其阳性率；(3)研究类型应为无对照的观察性研究,以尽量减少原始研究的病例入选标准的影响；(4)血培养阳性例数大于等于50。排除不符合上述标准的文献,以及(1)重复发表的文献,或该文献为某研究的阶段性报告,而另有其他文献已经报告该研究的完整结果；(2)实验室基础研究；(3)文中提到了血培养阳性率,但实际上是研究其它疾病的文献；(4)只研究某种特定病原菌进行血培养的阳性率文献；(5)综述、评论或讲座。从文献中摘录以下内容：题目、发表年份、研究类型(回顾性／前瞻性)、收集病例的时间、收集病例的医院及其所在省(市)、作者所在科室、血培养送检标本例数、培养阳性标本数、培养阳性率、血培养采集时采血量、培养瓶种类、标本送检时间、血培养仪器设备型号。运用R3.2.2软件中Meta程序包进行率的Meta分析,采用logit法对率进行转换,转换后进行meta分析,先进行异质性检验,结果若为P0.05,说明纳入文献间是有异质性,进行敏感性检验,剔除异质性文献后再使用固定效应模型进行meta分析。结果：共纳入16篇文献,进行异质性及敏感性检验后剩余7篇文献,采用固定效应模型进行meta分析最后得中国新生儿可疑血流感染行血培养阳性率为12%(95%CI：11.2%-12.2%)。结论：我国可疑血流感染行血培养阳性率不高,需进一步规范血培养标本采集、送检等流程。第三章新生儿败血症的临床分析目的：根据血培养及药敏试验结果选用恰当的抗生素是治疗新生儿败血症的理想方法,但细菌培养不能即刻得到结果,临床上凭经验选用抗生素难免针对性不强,容易造成细菌耐药。国内有研究凝固酶阴性葡萄球菌耐药的文献发现除青霉素、喹诺酮类和万古霉素外,多种抗生素耐药率在不同医院间差异有统计学意义,因此,建立本单位感染性疾病的细菌谱及药敏谱,对指导临床用药,延缓细菌耐药有重要作用。故本研究对本院新生儿血流感染的临床特点及病原学分布及耐药性进行探讨,以指导临床治疗。方法：对于2009年1月至2014年12月在本院(深圳市龙岗中心医院)新生儿科住院的106例确诊新生儿败血症患儿的临床特点和病原菌分布及耐药性结果进行分析。首先分析6年总体细菌分布情况；并对不同胎龄新生儿败血症进行对比分析,不同发病时间(按早发或晚发败血症分型)新生儿败血症临床特点及病原体分布特点进行分析；最后将近6年新生儿败血症每3年分组,对比两组患儿病原菌特点及耐药变迁情况；结果：1、2009年1月至2014年12月我院新生儿科共收治新生儿14281例次,共诊断新生儿脓毒血症及新生儿败血症共207例次,血培养阳性可确诊新生儿败血症患儿106例,培养阳性率为51.2%；确诊新生儿败血症患儿占住院病人百分比为0.74%；其中男57例,女49例；出生体重(3025/900-4600)g,均值(2995±596)g；胎龄(39/27.14-42.14)w,均值(38.5±2.57)w；早产(37w)22例,占20.75%,足月(≥37w)86例,占79.25%；剖宫产26例,占24.5%,顺产80例,占75.5%；其中本院出生58例,占54.7%,外院出生38例,占35.8%,家中出生10例,占9.4%；母亲年龄(28/19-42)岁,均值(28.08±5.03)岁；母亲有≥1个高危因素中：有早产迹象占28例,占26.4%,产前发热17例占16%,胎膜早破17例,占16%；经治疗后治愈59例,占55.7%,好转39例,占36.8%,死亡8例,占7.5%。早发组出生体重与晚发组比较,差异无统计学意义(t=4.452,P=0.215),早发组胎龄与晚发组比较,差异有统计学差异(t=3.941,P=0.015)。早发组与晚发组出生方式比较,差异无统计学意义(χ2=0.005,P=0.944)；母亲怀孕年龄两者比较,差异无统计学差异(t=0.351,P=0.782)。2、6年来主要致病菌为革兰阳性菌,占83.9%,其中金黄色葡萄球菌占5.7%,其余葡萄球菌归属为凝固酶阴性葡萄球菌,合计占57.5%,粪肠球菌占3.8%,单核增生李斯特菌占0.9%,无乳链球菌占16%；革兰阴性菌占16.1%,其中大肠埃希菌占14.2%,肺炎克雷伯菌占1.9%。2009年1月至2014年12月我院新生儿败血症病原菌前3位依次为凝固酶阴性葡萄球菌57.5%,无乳链球菌16%,大肠埃希菌14.2%。3、按胎龄分,37w主要致病菌前3位依次为凝固酶阴性葡萄球菌41%(含表皮葡萄球菌13.7%,溶血葡萄球菌18.2%,人葡萄球菌人亚种9.1%),大肠埃希菌22.7%,粪肠球菌13.7%；≥37w主要致病菌前3位依次为凝固酶阴性葡萄球菌61.9%(含表皮葡萄球菌25%,溶血葡萄球菌26.2%,人葡萄球菌人亚种7.1%,腐生葡萄球菌1.2%,沃氏葡萄球菌1.2%,产色葡萄球菌1.2%),无乳链球菌17.8%,大肠埃希菌12%；不同胎龄致病菌均以凝固酶阴性球菌及大肠埃希菌菌为主,早产儿粪肠球菌占13.7%,较足月儿1.2%增多,另外,足月儿新生儿败血症中无乳链球菌占17.8%较早产儿9.1%稍多。4、早发组易感因素主要为呼吸道感染48%,早产40%,胎膜早破28%,羊水污染20%,出生窒息8%,皮肤粘膜感染共8%；晚发组易感因素主要为呼吸道感染67.9%,皮肤感染37.1%(含皮肤脓疱疮17.3%,脐炎19.8%),羊水污染23.5%,早产14.8%,胎膜早破12.3%,出生窒息1.2%；两组易感因素中,早产因素在早发组中的比例显著高于晚发组,两者比较差异有显著统计学意义(χ2=7.367,P=0.007),皮肤粘膜感染晚发组37.1%高于早发组8%,两者比较其P值接近0.05。早发组临床表现有气促(40%)、黄疸(24%)、发热(20%)、心率快(20%),反应差(12%),拒奶(8%)；晚发组临床主要体征有发热(54.3%),心率快(46.9%),气促(45.7%),黄疸(35.8%),抽搐(11.1%),拒奶9.9%；两组临床表现基本一致,但晚发组发热较早发组多(χ2=9.053,P=0.003),心率增快也较早发组显著(χ2=5.739,P=0.017),两者比较差异有统计学意义。5、早发组致病.菌分布依次为无乳链球菌40%,凝固酶阴性葡萄球菌16%(含表皮葡萄球菌8%,溶血葡萄球菌8%),大肠埃希菌12%,金黄色葡萄球菌12%,粪肠球菌8%,肺炎克雷伯菌8%；晚发组致病菌分布依次为凝固酶阴性葡萄球菌70.3%(含表皮葡萄球菌27.2%,溶血葡萄球菌29.6%,人葡萄球菌人亚种9.9%,腐生葡萄球菌、沃氏葡萄球菌、产色葡萄球菌各占1.2%),大肠埃希菌14.8%,无乳链球菌8.6%,金黄色葡萄球菌3.7%；即早发败血症致病菌前3位依次为为无乳链球菌,凝固酶阴性葡萄球菌,大肠埃希菌；晚发败血症致病菌前3位依次为凝固酶阴性葡萄球菌,大肠埃希菌,无乳链球菌。6、两阶段血培养共培养出208株菌,2009年至2011年共培养出103株细菌,菌株分布依次为凝固酶阴性葡萄球菌78.6%(含表皮葡萄球菌38.8%,溶血葡萄球菌35%,腐生葡萄球菌、产色葡萄球菌各1.9%,克氏葡萄球菌1%),大肠埃希菌8.7%,金黄色葡萄球菌5.8%,无乳链球菌3.9%,粪肠球菌1%,屎肠球菌1%,肺炎克雷伯菌1%；2012年至2014年血培养共培养出105株细菌,菌株分布依次为凝固酶阴性葡萄球菌41%(含表皮葡萄球菌14.3%,溶血葡萄球菌8.6%,人葡萄球菌人亚种16.2%,沃氏葡萄球菌1.9%),无乳链球菌28.6%,大肠埃希菌19%,粪肠球菌5.7%,金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、单核增生李斯特菌各1.9%；2009年至2011年血培养菌株前3位依次为为凝固酶阴性葡萄球菌,大肠埃希菌,金黄色葡萄球菌；2012年至2014年血培养前3位依次为凝固酶阴性葡萄球菌,无乳链球菌,大肠埃希菌。提示近6年来凝固酶阴性葡萄球菌较前减少,无乳链球菌、大肠埃希菌较前明显增加。7、大肠埃希菌产ESBL菌占30%左右,近3年对氨苄西林耐药增高达60%,对氨苄西林/舒巴坦耐药20%,对头孢类耐药30%左右,对亚胺培南,哌拉西林／他唑巴坦无耐药。环丙沙星耐药性第2阶段较第1阶段显著下降,两阶段比较差异有统计学意义(P=0.007)；复方新诺明第2阶段耐药性较第1阶段显著升高,两阶段比较差异有统计学意义(P=0.011)。第1阶段产ESBL菌3/9(33.3%),第2阶段产ESBL菌6/20(30%),两阶段基本相同。金黄色葡萄球菌中MRSA占50%,近3年对青霉素耐药达100%；凝固酶阴性葡萄球菌MRCNS占86.4%,对青霉素耐药达90%以上,近3年对克林霉素、环丙沙星、红霉素、复方新诺明耐药依次为44.2%、23.2%、62.8%、34.9%；对庆大霉素、左氧氟沙星、莫西沙星耐药依次为11.6%、2.3%、2.3%,对替加环素无耐药,发现有1株耐万古霉素菌株。两阶段MRCNS比例比较,差异无统计学意义(χ2=0.547,P=0.460)；两阶段产两阶段产p内酰胺酶菌比例比较,差异无统计学意义(χ2=1.904,P=0.168)；两阶段比较耐药率无显著变化,仅环丙沙星第2阶段耐药率较第1阶段显著下降,两者比较差异有统计学意义(χ2=10.355,P=0.001)。无乳链球菌近3年对克林霉素耐药明显达86.7%,对青霉素、氨苄西林、万古霉素无耐药。结论：我院近年来新生儿败血症感染病原菌主要为凝固酶阴性葡萄球菌、无乳链球菌及大肠埃希菌；其中无乳链球菌及大肠埃希菌败血症近年有明显增多趋势；大肠埃希菌对氨苄西林耐药达60%,宜选用含酶抗生素或亚胺培南等治疗；凝固酶阴性葡萄球菌中MRCNS及金黄色葡萄球菌中MRSA比例高,对青霉素耐药严重,达90%左右,考虑此类细菌感染不宜选用青霉素,宜选用含酶制剂或感染严重直接选用万古霉素治疗；无乳链球菌对青霉素、氨苄西林无耐药现象,对克林霉素耐药明显,感染时可选用青霉素或氨苄西林治疗,不宜选用克林霉素。第四章新生儿无乳链球菌感染临床分析及基因分型研究目的：此前对我院新生儿血流感染临床研究发现,近年来我院新生儿无乳链球菌感染明显增加,且高于国内相关文献报导水平,故有必要探讨我院新生儿无乳链球菌败血症的临床特点及耐药性,以指导临床治疗。目前国内尚无关于人感染无乳链球菌细菌分型的报导,故进行无乳链球菌基因分型方法及分型的研究。方法：对于2012年1月至2014年12月在本院新生儿科住院的15例新生儿无乳链球菌败血症患儿的临床特点和细菌耐药结果进行回顾性分析,并对院内梅尼埃细菌鉴定卡GP卡中保存的26株菌进行培养,纯化,提取细菌基因组DNA,使用PCR扩增及基因测序的方法对菌株进行基因分型检测。结果：2012-2014年共诊断新生儿败血症53例,无乳链球菌感染15例,占28.3%；主要集中在2012年,当年确诊新生儿败血症为25例,无乳链球菌感染11例,占44%；15例感染中早发败血症9例占60%,晚发败血症6例,占40%；临床表现发热6例,黄疸5例,肺炎4例(早发感染占3例,占75%),颅内感染5例(晚发感染占4例,占80%)；所有血培养对青霉素、氨苄西林、替加环素和万古霉素、利萘唑胺敏感性100%,莫西沙星88.9%,环丙沙星、左氧氟沙星86.7%,克林霉素13.3%,四环素6.7%。新生儿无乳链球菌感染基因分型Ⅰa 2例(14.3%),Ⅰb 4例(28.6%)Ⅲ8例(57.1%)。泌尿外科尿道感染无乳链球菌基因分型Ⅰa3例(30%),Ⅰb 3例(30%),Ⅲ4例(40%)。结论：我院无乳链球菌败血症近年有增多趋势,2012年尤其明显,早发感染临床表现以呼吸道表现为主,晚发感染常合并颅内感染,需注意完善脑脊液检查。细菌分型以Ⅰ a,Ⅰ b及Ⅲ型为主,治疗上首选青霉素、氨苄西林；克林霉素、四环素耐药性高,不宜临床选用。目前国内新生儿无乳链球菌感染有增多趋势,各级医院新生儿科医生临床工作中可使用梅里埃细菌鉴定卡确诊的无乳链球菌菌株进行无乳链球菌的基因分型检测,检测时注意使用富营养的培养液如脑心浸液培养液等进行细菌培养,使用37℃摇床过夜后处于对数生长期的菌液进行细菌基因组DNA提取,使用本研究所用引物进行PCR及测序分型,可满足几乎全部无乳链球菌的分型,仅极少数不能分型者,可增加基于16S rRNA基因的另一引物对DSF2-DSR1以确诊菌株。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：南方医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R722.131

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