中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型的分子流行病学特征分析
发布时间：2019-08-17 09:48
【摘要】：目的分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus group A type 10,CA10)流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株彼此间的核苷酸和氨基酸同源性进行计算。结果纳入本研究的中国大陆地区CA10毒株共计218株,中国大陆地区CA10流行毒株的基因型以C型为主。与原型株CA10-Kowalik相比,中国大陆地区CA10毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为69.4%~73.9%和90.6%~93.6%;中国大陆地区CA10毒株内部的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.4%~100.0%和92.9%~100.0%。结论本研究提示应针对CA10毒株流行趋势和基因型分布情况,采取有效措施防控手足口病。
【图文】：
．1CA10毒株核苷酸序列筛选结果本次研究共检索到GenBank核苷酸数据库里具有完整VP1基因核苷酸序列的毒株273株:北京57株，深圳57株，石家庄20株，山东23株，长沙9株，云南20株，安阳32株，法国54株，美国1株。去除国外的55株，中国大陆地区流行株共计218株。2．2CA10毒株时间分布中国大陆地区218株CA10毒株分离时间年份跨度为2004－2016年，主要集中分布在2009－2014年，其中2012年分离毒株最多，为60株，占27.5%，其次为2010年和2009年，毒株数分别为42株和32株，分别占19.3%和14.7%;而2005年和2007年毒株数为0。见图1。2．3CA10毒株地区分布对检索到的中国大陆地区218株CA10毒株的地区分布研究显示，前三位主要集中在北京、深圳和安阳地区，所占构成比分别为26.1%、26.1%和14.7%。见图2。2．4CA10毒株基因型分布通过MEGA6.0软件构建系统进化树，，结果显示所选取的218株中国图1中国大陆地区2004－2016年不同年份CA10毒株分布趋势Figure1Time-distributionprofileofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016图2中国地区2004－2016年CA10毒株地区分布情况Figure2ＲegionaldistributionofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016大陆分离株，其基因型分布如下:B型8株，C型210株，分别占中国大陆CA10分离毒株总数的3.7%和96.3%。国外分离株基因型分布如下:A型毒株为原型株CA10-Kowalik，分离于美国(GenBankaccessingnumber:AF081300.1)，D型毒株均为法国分离株(GenBankaccessingnumber:HE572940.1-HE572989.1、HE572991.1-HE572992.1和HE573016.1);所获取的中国大陆地区2004－2016年CA10毒株以基因型C流行为主，共210株，见图3、表1。2．5核苷酸和氨基酸同源性分析利用MEGA6.0软件对CA10毒株VP1区序列进行核苷酸同源性?
0株，安阳32株，法国54株，美国1株。去除国外的55株，中国大陆地区流行株共计218株。2．2CA10毒株时间分布中国大陆地区218株CA10毒株分离时间年份跨度为2004－2016年，主要集中分布在2009－2014年，其中2012年分离毒株最多，为60株，占27.5%，其次为2010年和2009年，毒株数分别为42株和32株，分别占19.3%和14.7%;而2005年和2007年毒株数为0。见图1。2．3CA10毒株地区分布对检索到的中国大陆地区218株CA10毒株的地区分布研究显示，前三位主要集中在北京、深圳和安阳地区，所占构成比分别为26.1%、26.1%和14.7%。见图2。2．4CA10毒株基因型分布通过MEGA6.0软件构建系统进化树，结果显示所选取的218株中国图1中国大陆地区2004－2016年不同年份CA10毒株分布趋势Figure1Time-distributionprofileofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016图2中国地区2004－2016年CA10毒株地区分布情况Figure2ＲegionaldistributionofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016大陆分离株，其基因型分布如下:B型8株，C型210株，分别占中国大陆CA10分离毒株总数的3.7%和96.3%。国外分离株基因型分布如下:A型毒株为原型株CA10-Kowalik，分离于美国(GenBankaccessingnumber:AF081300.1)，D型毒株均为法国分离株(GenBankaccessingnumber:HE572940.1-HE572989.1、HE572991.1-HE572992.1和HE573016.1);所获取的中国大陆地区2004－2016年CA10毒株以基因型C流行为主，共210株，见图3、表1。2．5核苷酸和氨基酸同源性分析利用MEGA6.0软件对CA10毒株VP1区序列进行核苷酸同源性比较分析，结果显示273株毒株核苷酸和氨基酸平均同源性为89.4%和96.8%。中国大陆地区CA10毒株VP1区序列与基因A型原型株CA10-Kowalik的核苷酸和氨基酸同源性为69.4%～73.9
【作者单位】： 盐城市疾病预防控制中心急性传染病防治科;
【分类号】：R725.1
本文编号：2527709
【图文】：
．1CA10毒株核苷酸序列筛选结果本次研究共检索到GenBank核苷酸数据库里具有完整VP1基因核苷酸序列的毒株273株:北京57株，深圳57株，石家庄20株，山东23株，长沙9株，云南20株，安阳32株，法国54株，美国1株。去除国外的55株，中国大陆地区流行株共计218株。2．2CA10毒株时间分布中国大陆地区218株CA10毒株分离时间年份跨度为2004－2016年，主要集中分布在2009－2014年，其中2012年分离毒株最多，为60株，占27.5%，其次为2010年和2009年，毒株数分别为42株和32株，分别占19.3%和14.7%;而2005年和2007年毒株数为0。见图1。2．3CA10毒株地区分布对检索到的中国大陆地区218株CA10毒株的地区分布研究显示，前三位主要集中在北京、深圳和安阳地区，所占构成比分别为26.1%、26.1%和14.7%。见图2。2．4CA10毒株基因型分布通过MEGA6.0软件构建系统进化树，，结果显示所选取的218株中国图1中国大陆地区2004－2016年不同年份CA10毒株分布趋势Figure1Time-distributionprofileofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016图2中国地区2004－2016年CA10毒株地区分布情况Figure2ＲegionaldistributionofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016大陆分离株，其基因型分布如下:B型8株，C型210株，分别占中国大陆CA10分离毒株总数的3.7%和96.3%。国外分离株基因型分布如下:A型毒株为原型株CA10-Kowalik，分离于美国(GenBankaccessingnumber:AF081300.1)，D型毒株均为法国分离株(GenBankaccessingnumber:HE572940.1-HE572989.1、HE572991.1-HE572992.1和HE573016.1);所获取的中国大陆地区2004－2016年CA10毒株以基因型C流行为主，共210株，见图3、表1。2．5核苷酸和氨基酸同源性分析利用MEGA6.0软件对CA10毒株VP1区序列进行核苷酸同源性?
0株，安阳32株，法国54株，美国1株。去除国外的55株，中国大陆地区流行株共计218株。2．2CA10毒株时间分布中国大陆地区218株CA10毒株分离时间年份跨度为2004－2016年，主要集中分布在2009－2014年，其中2012年分离毒株最多，为60株，占27.5%，其次为2010年和2009年，毒株数分别为42株和32株，分别占19.3%和14.7%;而2005年和2007年毒株数为0。见图1。2．3CA10毒株地区分布对检索到的中国大陆地区218株CA10毒株的地区分布研究显示，前三位主要集中在北京、深圳和安阳地区，所占构成比分别为26.1%、26.1%和14.7%。见图2。2．4CA10毒株基因型分布通过MEGA6.0软件构建系统进化树，结果显示所选取的218株中国图1中国大陆地区2004－2016年不同年份CA10毒株分布趋势Figure1Time-distributionprofileofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016图2中国地区2004－2016年CA10毒株地区分布情况Figure2ＲegionaldistributionofCA10isolatesinmainlandChina，2004－2016大陆分离株，其基因型分布如下:B型8株，C型210株，分别占中国大陆CA10分离毒株总数的3.7%和96.3%。国外分离株基因型分布如下:A型毒株为原型株CA10-Kowalik，分离于美国(GenBankaccessingnumber:AF081300.1)，D型毒株均为法国分离株(GenBankaccessingnumber:HE572940.1-HE572989.1、HE572991.1-HE572992.1和HE573016.1);所获取的中国大陆地区2004－2016年CA10毒株以基因型C流行为主，共210株，见图3、表1。2．5核苷酸和氨基酸同源性分析利用MEGA6.0软件对CA10毒株VP1区序列进行核苷酸同源性比较分析，结果显示273株毒株核苷酸和氨基酸平均同源性为89.4%和96.8%。中国大陆地区CA10毒株VP1区序列与基因A型原型株CA10-Kowalik的核苷酸和氨基酸同源性为69.4%～73.9
【作者单位】： 盐城市疾病预防控制中心急性传染病防治科;
【分类号】：R725.1
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本文编号：2527709
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