婴幼儿时期使用抗菌药物对菌群影响的初步观察

发布时间：2020-05-11 11:08

【摘要】：目的:初步观察使用抗菌药物对肺炎婴幼儿呼吸道及肠道菌群结构和多样性的影响。方法:选取6例1岁以内因社区获得性肺炎住院的患儿,收集抗菌药物治疗前及治疗后5-7天、1个月、3个月的鼻咽拭子、口咽拭子和粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA基因V3-V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果:在抗菌药物使用后5-7天,(1)婴幼儿口咽部及肠道菌群的多样性呈下降趋势,鼻咽部菌群多样性呈上升趋势。口咽部、鼻咽部及肠道的厚壁菌门的平均相对丰度呈上升趋势,变形菌门、梭杆菌门的平均相对丰度呈下降趋势。(2)口咽部的链球菌属、罗氏菌属平均相对丰度呈上升趋势,而韦荣球菌属、普雷沃属、嗜血菌属、莫拉氏菌属、兼性双球菌、放线菌属、纤毛菌属、奈瑟氏菌属、奇异菌属、梭菌属平均相对丰度呈下降趋势;鼻咽部的链球菌属、罗氏菌属、韦荣球菌属、放线菌属、双歧杆菌属、芽孢杆菌属、梭菌属、Dysgonomonas、氨基酸球菌属、巨型球菌属平均相对丰度呈上升趋势,而嗜血菌属、莫拉氏菌属、奈瑟氏菌属、葡萄球菌平均相对丰度呈下降趋势。(3)肠道中的大肠杆菌属、肠球菌属、罗氏菌属、莫拉氏菌属、颗粒链菌属平均相对丰度呈上升趋势,嗜血菌属、普雷沃菌属、梭菌属、双歧杆菌属、巨型球菌属、Hungatell-a、丹毒梭菌、Blautia平均相对丰度呈下降趋势;部分患儿菌群的多样性、结构3个月未能恢复至正常水平。结论:婴幼儿使用抗菌药物治疗肺炎5-7天后,口咽部及肠道菌群的多样性呈下降趋势,鼻咽部菌群多样性呈上升趋势;菌群结构失调,部分患儿的菌群多样性、结构3个月未能恢复至正常水平。
【图文】：

序列,PCR扩增,文库构建,磁珠

O............................................................ 7.5-X μLTotal................................................................. 25μL利用1%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，具体结果见图1，琼脂糖凝胶参数：胶浓度：1%；电压：170V; 电泳时间：30min；图1 部分样本PCR扩增结果鉴定胶图1.2.2.3 PCR产物定量和均一化参照电泳初步定量结果，，将 PCR 产物蓝色荧光定量系统进行检测定量。1.2.2.4 测序文库构建1）对每个样本的16S rDNA V3-4序列加上特异的Index 序列2）连接“Y”字形接头Adaptor3）使用磁珠筛选去除接头自连片段4）利用PCR扩增进行文库模板的富集
【学位授予单位】：遵义医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R725

【参考文献】