急性呼吸道感染患儿HMPV和HCoV-OC43实时荧光定量PCR检测及临床分析
发布时间：2020-10-26 04:34
目的 建立人类偏肺病毒(Human Metapneumovirus HMPV)和人类人类冠状病毒OC43(Human Coronavirus OC43,HCoV-OC43)实时荧光定量PCR (real-time Fluorescent Quantitative FQ- PCR)检测方法,并探讨二者在福州地区急性呼吸道感染(Acute Respiratory Tract Infection ARTI)患儿中感染情况及临床意义。 方法 收集2007年10月～2008年4月福建省立医院ARTI患儿的咽拭子标本,共176例。标本中急性上呼吸道感染( Acute Upper Respiratory Tract Infection AURTI)118例,支气管炎31例,肺炎21例,哮喘6例。利用建立的FQ- PCR方法检测HMPV和HCoV-OC43的N基因部分片段,并对部分阳性产物进行测序鉴定。 结果 1、建立的FQ-PCR法检测HMPV的灵敏度为102copies/μl,批内变异系数(CV)为0.18%,批间CV为1.98%,对RSV、HBoV、HCoV-OC43、HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-HKU1等呼吸道病毒未出现扩增反应。 2、176例标本中,共检出HMPV阳性29例(16.5 %);随机选取HMPV阳性扩增产物2份进行序列测定,结果分析显示核苷酸序列完全一致,与GenBank中HMPV部分代表株序列一致性达100%。 3、AURTI组HMPV阳性率为15.3%(18/118),支气管炎组阳性率19.4%(6/31),肺炎组阳性率19.0%(4/21),哮喘组阳性率16.7%(1/6)。≤2岁者占阳性患儿的75.8%(22/29)。感染月份在11月～3月,高峰期在1月。 4、建立的FQ-PCR法检测HCoV-OC43的灵敏度为102copies/μl,批内变异系数(CV)为0.53%,批间CV为1.46%,对RSV、HBoV、HMPV、HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-HKU1等呼吸道病毒未出现扩增反应。 5、176例标本中,共检出HCoV-OC43阳性8例(4.5%);随机选取HCoV-OC43阳性扩增产物2份进行序列测定,结果分析显示核苷酸序列完全一致,与GenBank中HCoV-OC43部分代表株序列一致性达100%。 6、AURTI组HCoV-OC43阳性率为5.9%(7/118),肺炎组阳性率4.8%(1/21)。≤1岁者占阳性患儿的75%(6/8)。感染月份分布在10月～1月,高峰期在12月。 结论 1、HMPV和HCoV-OC43均是福州地区2007～2008年冬春季急性呼吸道感染患儿的重要病毒病原。 2、HMPV除表现AURTI外,还可表现为支气管炎、肺炎、哮喘,感染年龄以≤2岁为主。HCoV-OC43感染多表现为AURTI,年龄以≤1岁为主。 3、建立的检测HMPV和HCoV-OC43的FQ-PCR法有良好的灵敏度、重复性与特异性。 4、建议开展对ARTI儿童HMPV和HCoV-OC43临床常规检测。
【学位单位】：福建医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2009
【中图分类】：R725.6;R450
【部分图文】：
14图 2 重组质粒 HMPV-N 基因酶切图A ladder)； 2 重组质粒约 48 处出现的条带，即插入的 HMPV质粒测序性的引物扩增重组质粒，扩增T 比较，结果证实所扩增的片段
图 3 重组质粒 HMPV-N 基因的部分序列图（三）重组质粒的定量重组质粒的浓度（拷贝/μl）计算。将提取的重组质粒 DNA，用 GeneQuant Pro 仪测其 OD 值，仪器直接计算出其浓度。重组质粒 HMPV-N 基因的浓度为 105.7μg/μl，通过下述公式将重组质粒浓度单位由μg/μl 转换成 copies/μl质粒 DNA 浓度＝ 质粒 DNA 浓度（μg/μl）× 6.2×1023(copies/μl) 660g/mol×碱基对数经换算后得出重组质粒 HMPV-N 基因为 2.1x1010copies/μl三、标准曲线重组质粒HMPV-N基因标准品的标准曲线 以倍比稀释的重组质粒标准品（104-107）copies/μl为模板，在ABI7300扩增仪上进行扩增，得到标准曲线Y=–3.69 X+35.05（其中Y对应Ct值，X为标本拷贝数，图4）
图 3 重组质粒 HMPV-N 基因的部分序列图（三）重组质粒的定量重组质粒的浓度（拷贝/μl）计算。将提取的重组质粒 DNA，用 GeneQuant Pro 仪测其 OD 值，仪器直接计算出其浓度。重组质粒 HMPV-N 基因的浓度为 105.7μg/μl，通过下述公式将重组质粒浓度单位由μg/μl 转换成 copies/μl质粒 DNA 浓度＝ 质粒 DNA 浓度（μg/μl）× 6.2×1023(copies/μl) 660g/mol×碱基对数经换算后得出重组质粒 HMPV-N 基因为 2.1x1010copies/μl三、标准曲线重组质粒HMPV-N基因标准品的标准曲线 以倍比稀释的重组质粒标准品（104-107）copies/μl为模板，在ABI7300扩增仪上进行扩增，得到标准曲线Y=–3.69 X+35.05（其中Y对应Ct值，X为标本拷贝数，图4）
【参考文献】
本文编号：2856500
【学位单位】：福建医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2009
【中图分类】：R725.6;R450
【部分图文】：
14图 2 重组质粒 HMPV-N 基因酶切图A ladder)； 2 重组质粒约 48 处出现的条带，即插入的 HMPV质粒测序性的引物扩增重组质粒，扩增T 比较，结果证实所扩增的片段
图 3 重组质粒 HMPV-N 基因的部分序列图（三）重组质粒的定量重组质粒的浓度（拷贝/μl）计算。将提取的重组质粒 DNA，用 GeneQuant Pro 仪测其 OD 值，仪器直接计算出其浓度。重组质粒 HMPV-N 基因的浓度为 105.7μg/μl，通过下述公式将重组质粒浓度单位由μg/μl 转换成 copies/μl质粒 DNA 浓度＝ 质粒 DNA 浓度（μg/μl）× 6.2×1023(copies/μl) 660g/mol×碱基对数经换算后得出重组质粒 HMPV-N 基因为 2.1x1010copies/μl三、标准曲线重组质粒HMPV-N基因标准品的标准曲线 以倍比稀释的重组质粒标准品（104-107）copies/μl为模板，在ABI7300扩增仪上进行扩增，得到标准曲线Y=–3.69 X+35.05（其中Y对应Ct值，X为标本拷贝数，图4）
图 3 重组质粒 HMPV-N 基因的部分序列图（三）重组质粒的定量重组质粒的浓度（拷贝/μl）计算。将提取的重组质粒 DNA，用 GeneQuant Pro 仪测其 OD 值，仪器直接计算出其浓度。重组质粒 HMPV-N 基因的浓度为 105.7μg/μl，通过下述公式将重组质粒浓度单位由μg/μl 转换成 copies/μl质粒 DNA 浓度＝ 质粒 DNA 浓度（μg/μl）× 6.2×1023(copies/μl) 660g/mol×碱基对数经换算后得出重组质粒 HMPV-N 基因为 2.1x1010copies/μl三、标准曲线重组质粒HMPV-N基因标准品的标准曲线 以倍比稀释的重组质粒标准品（104-107）copies/μl为模板，在ABI7300扩增仪上进行扩增，得到标准曲线Y=–3.69 X+35.05（其中Y对应Ct值，X为标本拷贝数，图4）
【参考文献】
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本文编号：2856500
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