基于高通量测序的肥胖儿童和正常体重儿童肠道菌群的结构
发布时间：2020-12-30 06:46
目的:通过16Sr DNA测序分析肥胖儿童和正常体重儿童肠道菌群组成结构及差异性,为解决儿童肥胖的治疗及预防问题打下了一定的基础。方法:选取安徽医科大学第二附属医院门诊的肥胖儿童30名和安徽省某小学正常体重儿童29名,收集粪便,采用16Sr DNA的检测方法,进行DNA的提取与检测,PCR的扩增、产物纯化、文库制备与库检,在机器上对Ion S5 TMXL进行测序,并通过单端测序构建小片段文库用于末端测序,通过切割和过滤读数,OUTs聚类,最后进行物种注释,丰度分析,多样性分析,以了解肠道微生物的组成和肠道菌群之间的差异。结果:在OUT注释中肥胖儿童和正常体重儿童clean reads平均数目分别为79963.3和80860.7,表明肥胖儿童中最终用于后续分析的序列较正常体重组少。在Alpha Diversity中Chaol和ACE两个指数不存在显著性差异,表明肥胖组和正常体重组儿童物种丰富度是一致的。Shannon和Simpson两个指数间也不存在显著性差异,表明肥胖组和正常体重组儿童物种的多样性是一致的。肥胖组儿童和正常体重组儿童在门、纲、目、科、属水平上物种丰度排名前十的物种组成基...
【文章来源】：安徽医科大学安徽省
【文章页数】：55 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
OUT分布venn图
是一种非常适用的方法,用来帮助分析样品的构成部分以及推断样品的物性，所以在进行生物群落及其丰富度的研究时，常常被研究者用来进行样生物群落的多样性的分析。本研究中当样本数量达到 42 时，箱型图的位置缓，说明样本的数量是充分的， 使用 R 软件（Version 2.15.3）绘制稀释曲果表明，当测序深度达 50000reads 时，见图 3，稀释曲线渐渐变得平坦，测序所需求的数据量也随之变的越来越好，即使再增加数据量也很难出现种。由图 4 可知，59 个样品的文库覆盖率（good-coverage）均在 0.99 以明测序深度可以满足后续分析要求。由图 5、6 对两组儿童的 ACE 、 Chao指数进行差异显著性分析 P 值分别 ０.316、0.224 ，均大于 0.05 ，说明数间不存在显著性差异，表明两组儿童肠道微生物的丰富度是一致的。由图两组儿童的 Shannon 和 Simpson 进行差异显著性分析，P 值分别为０.44493 也大于 0.05 ，所以两个指数间差异无统计学意义，表明两组儿童肠道群多样性没有差异。
是一种非常适用的方法,用来帮助分析样品的构成部分以及推断样品的物性，所以在进行生物群落及其丰富度的研究时，常常被研究者用来进行样生物群落的多样性的分析。本研究中当样本数量达到 42 时，箱型图的位置缓，说明样本的数量是充分的， 使用 R 软件（Version 2.15.3）绘制稀释曲果表明，当测序深度达 50000reads 时，见图 3，稀释曲线渐渐变得平坦，测序所需求的数据量也随之变的越来越好，即使再增加数据量也很难出现种。由图 4 可知，59 个样品的文库覆盖率（good-coverage）均在 0.99 以明测序深度可以满足后续分析要求。由图 5、6 对两组儿童的 ACE 、 Chao指数进行差异显著性分析 P 值分别 ０.316、0.224 ，均大于 0.05 ，说明数间不存在显著性差异，表明两组儿童肠道微生物的丰富度是一致的。由图两组儿童的 Shannon 和 Simpson 进行差异显著性分析，P 值分别为０.44493 也大于 0.05 ，所以两个指数间差异无统计学意义，表明两组儿童肠道群多样性没有差异。
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同体质量学龄儿童肠道菌属分布特征分析[J]. 杨华. 转化医学电子杂志. 2015(09)
[2]学龄前肥胖儿童肠道菌群的变化[J]. 李静,路媛媛,樊超男,丁绪,齐可民. 中国儿童保健杂志. 2015(04)
[3]16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展[J]. 李东萍,郭明璋,许文涛. 生物技术通报. 2015(02)
[4]体质指数与儿童支气管哮喘的关系[J]. 徐小红,柳国胜,阮骆阳,田小华,潘凤娟,杨彩兰. 广东医学. 2015(02)
[5]儿童和青少年肥胖与阻塞性睡眠呼吸暂停的关系[J]. 邱志辉,伍颖欣,罗嘉莹,严惠婵. 国际呼吸杂志. 2012 (15)
[6]肠道菌群对动物肠黏膜免疫的调控作用[J]. 雷春龙,董国忠. 动物营养学报. 2012(03)
博士论文
[1]围产期母儿共生菌及其相关性探讨[D]. 黎哲.暨南大学 2018
[2]转cry1Ab/Ac基因水稻对爪蟾生长发育的影响[D]. 朱昊俊.扬州大学 2017
[3]积雪草醇提物对ZDF大鼠胰岛的保护功能及其机制研究[D]. 斯琴.北京中医药大学 2016
[4]鱼油饮食对肥胖模型大鼠血糖、血脂、胰岛素敏感性的影响及其影响机制的实验研究[D]. 赵飞.山东大学 2005
硕士论文
[1]轮作和生物制剂对甜瓜连作障碍土壤的修复作用研究[D]. 马慧.沈阳农业大学 2018
本文编号：2947195
【文章来源】：安徽医科大学安徽省
【文章页数】：55 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
OUT分布venn图
是一种非常适用的方法,用来帮助分析样品的构成部分以及推断样品的物性，所以在进行生物群落及其丰富度的研究时，常常被研究者用来进行样生物群落的多样性的分析。本研究中当样本数量达到 42 时，箱型图的位置缓，说明样本的数量是充分的， 使用 R 软件（Version 2.15.3）绘制稀释曲果表明，当测序深度达 50000reads 时，见图 3，稀释曲线渐渐变得平坦，测序所需求的数据量也随之变的越来越好，即使再增加数据量也很难出现种。由图 4 可知，59 个样品的文库覆盖率（good-coverage）均在 0.99 以明测序深度可以满足后续分析要求。由图 5、6 对两组儿童的 ACE 、 Chao指数进行差异显著性分析 P 值分别 ０.316、0.224 ，均大于 0.05 ，说明数间不存在显著性差异，表明两组儿童肠道微生物的丰富度是一致的。由图两组儿童的 Shannon 和 Simpson 进行差异显著性分析，P 值分别为０.44493 也大于 0.05 ，所以两个指数间差异无统计学意义，表明两组儿童肠道群多样性没有差异。
是一种非常适用的方法,用来帮助分析样品的构成部分以及推断样品的物性，所以在进行生物群落及其丰富度的研究时，常常被研究者用来进行样生物群落的多样性的分析。本研究中当样本数量达到 42 时，箱型图的位置缓，说明样本的数量是充分的， 使用 R 软件（Version 2.15.3）绘制稀释曲果表明，当测序深度达 50000reads 时，见图 3，稀释曲线渐渐变得平坦，测序所需求的数据量也随之变的越来越好，即使再增加数据量也很难出现种。由图 4 可知，59 个样品的文库覆盖率（good-coverage）均在 0.99 以明测序深度可以满足后续分析要求。由图 5、6 对两组儿童的 ACE 、 Chao指数进行差异显著性分析 P 值分别 ０.316、0.224 ，均大于 0.05 ，说明数间不存在显著性差异，表明两组儿童肠道微生物的丰富度是一致的。由图两组儿童的 Shannon 和 Simpson 进行差异显著性分析，P 值分别为０.44493 也大于 0.05 ，所以两个指数间差异无统计学意义，表明两组儿童肠道群多样性没有差异。
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同体质量学龄儿童肠道菌属分布特征分析[J]. 杨华. 转化医学电子杂志. 2015(09)
[2]学龄前肥胖儿童肠道菌群的变化[J]. 李静,路媛媛,樊超男,丁绪,齐可民. 中国儿童保健杂志. 2015(04)
[3]16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展[J]. 李东萍,郭明璋,许文涛. 生物技术通报. 2015(02)
[4]体质指数与儿童支气管哮喘的关系[J]. 徐小红,柳国胜,阮骆阳,田小华,潘凤娟,杨彩兰. 广东医学. 2015(02)
[5]儿童和青少年肥胖与阻塞性睡眠呼吸暂停的关系[J]. 邱志辉,伍颖欣,罗嘉莹,严惠婵. 国际呼吸杂志. 2012 (15)
[6]肠道菌群对动物肠黏膜免疫的调控作用[J]. 雷春龙,董国忠. 动物营养学报. 2012(03)
博士论文
[1]围产期母儿共生菌及其相关性探讨[D]. 黎哲.暨南大学 2018
[2]转cry1Ab/Ac基因水稻对爪蟾生长发育的影响[D]. 朱昊俊.扬州大学 2017
[3]积雪草醇提物对ZDF大鼠胰岛的保护功能及其机制研究[D]. 斯琴.北京中医药大学 2016
[4]鱼油饮食对肥胖模型大鼠血糖、血脂、胰岛素敏感性的影响及其影响机制的实验研究[D]. 赵飞.山东大学 2005
硕士论文
[1]轮作和生物制剂对甜瓜连作障碍土壤的修复作用研究[D]. 马慧.沈阳农业大学 2018
本文编号：2947195
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